以「最美麗白色山牆」聞名，側面山牆由三川門、拜殿、正殿至後殿層層相連，燕尾脊與鳥踏勾勒出優美輪廓。宮內保存泥塑名師江清露與彩繪名師陳玉峰罕有聯手創作的泥塑彩繪作品，廟門門神彩繪更是陳玉峰保存最完整的代表作。
萬金聖母聖殿的造型構成，基本上是一種西式正面雙塔式的小型教堂，裝飾設計卻融入漢人的文化元素，如「天主堂」花崗石門匾即為其一大特色。
全世界唯一有閩南式燕翹脊屋頂的日本神社
在臺南市3個尚存的校內神社中，以鹽水國小保存的樣貌最是完整。神社規模很小，位於1個基座之上，屬於正式神社的簡易化版本，座東朝西。
嘉義城隍廟三川門的屋頂為假四垂式
全臺僅存使用魚鱗瓦的教堂