碧雲寺山門以鋼筋水泥和洗石子工法，設計成一「ㄇ」字型四堵牆，泥塑的四大天王分別安置在每堵牆的上半堵，下半堵則泥塑博古(古代大戶人家以陶瓷器皿放在茶几、桌上為擺飾，後來被應用在彩繪、泥塑、雕刻題材之稱)和花鳥。山門正脊上的泥塑，也和一般寺廟的雙龍搶珠、七寶塔、福祿壽三仙等不同，而是一大人和二小孩站在塑有獅頭多角形平台上。雖然山門為洗石子，但匠師為表現木結構特色，簷下也用洗石子做斗栱，但鋼筋水泥無法如木材容易表現，而顯得樸拙。山門的中門內額寫著「小西天」三字，源自於佛教弟子以往生西方淨土為目標之意，讓香客感受來到極樂世界的喜悅。製造人安平周老全(生卒年不詳)的姓名，則清楚浮雕在碧雲寺寺名與門楣間，這也是剪黏、泥塑匠師周老全留存最完整的代表作之一。
碧雲寺共有兩對龍柱，位在山門前和正殿，跳脫傳統寺廟石雕做法，改以洗石子方式呈現，山門前龍柱輪廓以土黃色表現，有別於石雕單一顏色，上面並泥塑中國傳統神故事中的「八仙」，龍邊有鐘離權、呂洞賓、何仙姑、藍采和，虎邊有李鐵拐、曹國舅、張果老、韓湘子，樣貌古樸，龍柱的柱珠(木造柱子的基座以防水氣之用)做成南瓜形，柱頂以洗石子方式做栱，可見匠師當年嘗試以洗石子建造傳統建築方式的用心，也表現匠師細膩手工。而正殿的洗石子龍柱造型更為立體，不僅線條優美栩栩如生，如不仔細觀察會誤以為是石雕，且龍身表面加入細玻璃，透過光線反射更為閃耀。
山門外一對藍色的泥塑「笑獅」分立兩旁，不但色彩少見，龍邊公獅咧嘴笑；虎邊母獅抿嘴笑，坐在洗石子的圓球上，帶著憨厚傻勁的笑臉歡迎香客，有碧雲寺親善大使之稱。讓香客來此未進山門前就已有好心情，是臺灣難得見到的迷人模樣。公獅的台座表面浮雕麒麟(是中國民間傳說能鎮邪辟災的瑞獸)，母獅的台座表面浮雕鳳凰(是中國民間傳說的祥鳥)，兩種吉祥動物也是以洗石子方式表現，十分古味。
碧雲寺正殿洗石子橫樑下，有一力士半蹲式吃力地扛著橫樑的動作，一般廟宇多稱「憨番扛廟角」，但碧雲寺的憨番位在樑柱下，因此名為「飛天力士夯大杉」，這對木雕採「飛天力士」狀，當年雕刻時加了一對翅膀，是特有的造型。「憨番」一說為道教金剛力士，另一說法為民間不滿明末時期荷蘭人殖民臺灣期間的掠奪，於是將力士雕塑成外國人樣式，安置在屋角或大樑下承重以表現厭惡之意。
位於正殿龍柱與樑枋交界處的龍形與鳳凰雀替(雀替為中國古建築的構件之一，放置於樑與柱之間交接處，以增加樑枋承載力)，是碧雲寺精彩木雕作品之一，龍、鳳皆為中國人創造出來的神聖靈獸，中國歷代帝王多自託龍轉世，中國人則自稱龍的傳人，並通常以龍象徵男性、鳳象徵女性。
碧雲寺位處石灰岩地層上，寺前石灰岩塊中間有一個「出米洞」，相傳早期洞口會流出米來，足夠僧人食用，後來有一僧人貪心而挖洞取米，從此，出米洞不再出米。
碧雲寺地處火山地形上，上香前點火用的火爐，火源來自關子嶺地底下瓦斯，百年來不曾中斷，全臺僅碧雲寺有此特殊景象。
碧雲寺正殿兩側奉祀十八羅漢的洗石子台座表面泥塑非常古樸自然，龍邊為「太白醉酒 」，是李白醉臥月下樹旁，虎邊則是「南柯一夢」，道人臥眠石上，枕書托頭怡然自得。副祀的伽藍菩薩、註生娘娘洗石子台座表面則分別泥塑「岳母刺字」和「仙女送麒麟」。而洗石子台座也分別雕塑花朵、枝葉、長尾鳥、捲草、博古等，最值得欣賞的是十八羅漢台座角落的獅子塑型幽默可愛，小獅咧嘴笑，更添台座幽默與藝術氣息。