依中华民国73年2月22日颁行之文化资产保存法施行细则第48条综合评定之具历史、文化、艺术价值；具稀少性，不易再现者；具建筑史上之意义，有再利用之价值及潜力者。
开基天后宫，俗称小妈祖庙，因对应于宁靖王府邸改建、俗称「大妈祖庙」的大天后宫而来。创建甚早，是台南府城最早兴建的妈祖庙。郑成功(1624-1662)在明永历17年(公元1662年)攻下普罗民遮城(今赤崁楼)后，选址于当时德庆溪注入台江内海出口南岸的水仔尾兴建此庙，盖庙的砖头是他第2批自厦门来台的舰队所运来的。庙内供奉1尊当年随着郑成功舰队来台的妈祖像，刻制于崇祯13年(公元1640年)，也俗称为「船仔妈」。由于此庙是郑成功军队甫登陆后所建的第1座妈祖庙，故以「开基」冠称，以显其时间上最为久远。
清军来台之后，改建宁靖王府为妈祖庙，但较小的开基妈祖庙并没有被毁弃。因施琅(1621-1696)上奏康熙皇帝封妈祖为天后，连带也改称为「开基天后宫」。在乾隆30年(公元1765年)时，担任福建分巡台湾道的蒋允焄(生卒年不详)捐修该庙，使其更具规模。乾隆42年(公元1777年)时，台湾府知府蒋元枢(1738-1781)又予以修建，将形制改为三进的建筑，并赠与1尊「倾听观音」在新建的后殿供奉。这尊观音是蒋元枢所献的「府城三大观音」之一，另外2尊则在祀典武庙与大天后宫中。嘉庆以后至日治时期屡有修茸，大正15年(公元1926年)时因庙宇年久失修，故境内居民们集资重建于旧址上重建，规制上变化相当有限，目前的建筑配置与样貌，大略上乃此次重修的规制所定成。二战结束前，遭美军轰炸，庙身建筑、文物都受到严重破坏。
战后于民国37年(公元1948年)，境众大修殿宇。民国60年(公元1971年)至民国62年(公元1973年)，士绅境民又募款重修，庙貌焕然一新，更敦聘彩绘画师黄启受(1923-)重新绘制庙门，黄启受承袭已故名画师陈玉峰(1900-1964)画风，人物灵活色彩多样，是当时台南有名匠师。民国67年(公元1978年)的改建，增添了今日所见繁复的表面装饰。民国92年(公元2003年)进行了大修，于民国93年(公元2004年)完成。
民国102年(公元2013年)整修虽然规模不如过往，但模式特别。起于庙方主动进行调查研究，在民国60年绘制的3对、6面门神彩绘因处于半户外的开放空间，经40年风吹日晒的环境影响，已严重膨起剥落、裂痕、细裂纹劣化。且今日由黄启受绘制落款的作品，全台湾已知仅存此6面。以庙方自筹1成、文化部出资9成经费共同维护的方式，聘请台南艺术大学讲师李志上与修复师吴佩锜进行6面门神的修复工程。
现有的开基天后宫，是1座二进纵深式建筑，座东朝西。第一进为前殿，第二进为带拜亭的正殿，但因拜亭与前殿之间，没有内埕分隔，混然成为一体。庙宇左方亦有前、后两护龙，护龙之间为内庭，可由后拜殿之八卦门及三川门左侧通道进出，庙宇后方则是两落的民房住屋，亦可从后方临接坊的沿街侧出入。狭长的格局使之融入于周遭民家之间。窄小的规模，观者难以想象此间为超过3个世纪历史的古老妈祖庙，而对比于宁静王府改建而成、建筑气派、庞大的大天后宫，开基天后宫被人们昵称是「小妈祖庙」。
三川殿面宽为三开间，屋顶迭合7段的「七架楹」混合式构造方式，在屋顶内侧两边的「山墀」头上雕塑有样貌不像汉人的「憨番」，赤裸上身，顶着上梁，雕塑生动，似乎是弯身吃力的扛着庙角。
黄启受所画的门神，板面并不似其他匠师绘制以图像填满门板；而以能容纳全身为基准，使门神图像完整。秦叔宝、尉迟恭皆为立姿做武将扮相，整体重心落在1脚，而另1脚稍微弯曲，使得胯部倾侧。而秦叔宝佩弓，尉迟恭给箭，显示两人合作无间，也暗喻圆满和睦。在门边护裆上绘制有完整的八仙图，传说中八仙皆为凡人得道成仙，且代表福禄寿喜各样人世间美好福份，使得门神不仅是避邪消灾的功用，也带有祝福信徒福禄功名的意义。另外于两侧边间的共4面门板上绘制宫女，4名宫女双髻簪花，手上所持各有不同，有进香、献花、进茶、献菓。以香炉象征香火延绵、茶壶象征有福、牡丹象征富贵、献菓为桃，象征长寿，另1手则各持如意。此亦象征祝福信众。不同于大部分庙宇绘制以满版门神的严肃气氛，开基天后宫的门面有代表福气的八仙及宫女，氛围显得柔和。
正殿的屋身为迭合13架楹来分散承重墙的构造，在两侧山墙顶部各开有八卦形式高窗，方便通风及采光。下方除了有「忠」、「义」、「节」、「孝」大字题字外，并有大幅雕塑2幅，神龛配置在后坡7架与9架楹之间，并于前方两侧各开小门以连接右侧户外及左侧护龙，门板上方则分别提有「龙吟」、「虎啸」等字样。
拜殿屋顶正脊到屋檐之间有一转折，似是停歇之势，这是庙宇常见的「歇山式」屋顶，山墙是像拱起的马背，称为锐形马脊形式，因面宽较窄，正脊采取短小接合的小脊作法，并采仰合瓦屋面等特点，可以说此类形式做法常见于台南市各个拜亭之中。
后殿主体为九架楹承重墙式构造方式，其中在7架楹下方施作曲形寿梁1道，两旁为具有蝙蝠纹样的隔扇门，寿梁下置有草形雀替。
因为开基天后宫为「开基」之庙，年代久远，庙中供奉的妈祖像，是背身刻有「崇祯庚辰年」(公元1640年)字样、随郑成功军士坐船渡海来台的「船仔妈」，此尊妈祖神像为台湾罕见之可溯至明代的古老神像。而在汉人信仰体系中，年代越久远、又与中国大陆原乡的庙宇分灵关系越相近的神像，被认为神力越是强大。所以清朝的历任首长官员，并没有因为规模狭小、邻近已有大天后宫、或因此间是郑成功时期建立的庙宇而敢忽视。无论名义上的加封、实质上的改修皆循时办理。
最为古老的「船仔妈」因其甚为贵重，并未摆设于神坛供人参拜，为防遭窃，早年曾轮祀于信徒家中，现在则由庙方另外妥善收藏。但作为最为古老的妈祖神像，亦不会与信徒全然隔绝。于农历3月妈祖诞辰之时庙方会敦请出来予信众崇拜。
现今居殿堂中的「镇殿」的妈祖像据传亦为明永历年间雕刻，另刻有1尊较小的副尊神像，为少见的「软身」神像，神像手脚关节可以活动。
开基天后宫虽庙宇历史悠久，但今日于仪式表现上，开基天后宫亦有一极特出之处。即每年妈祖诞辰出巡、进香等活动时，由副驾「二妈」出巡(镇殿妈祖像需留庙堂之中)，庙方表示出门需盛装以显礼数，轿窗设置彩绘纱屏，轿口设置纱帘，此时出面巡行的妈祖神像会特意打扮，因为是手关节可活动的软身神像，妈祖手持欧洲精品名牌包、戴上宝石戒指，以现代时尚之姿出现。
如今镇庙之宝之一，为后殿中由乾隆年间台湾知府蒋元枢所捐赠之「倾听观音」，有别于一般神像皆是端坐面向众生，倾听观音是侧着脸，彷佛正听着信徒的祈求祷告。由蒋元枢所捐赠的倾听观音只有3尊，另2尊在大天后宫以及祀典武庙，可见当时开基天后宫地位是极为崇高的。
独步台湾的文物还有现今立于三川门口的两龙柱，乃是目前台湾已知最早的石雕蟠龙柱，也是唯二的三爪龙柱。原本于民国62年(公元1973年)整修时被庙方人员忽略，弃置于庙前的防空洞内，后来被专家提醒，于民国92年(公元2003年)整修之时恢复。此对三爪龙柱年代久远，应在康熙23年(公元1683年)皇帝见施琅奏折、准封妈祖为「天后」之前就做成的作品。此两花岗岩龙柱以三爪降龙为纹，朴拙简练，刀法浑厚有刀，是石雕艺术的佳作。
其他特别的文物是庙中的数方古匾，其中尤以别号「一峰亭」的书画家林朝英手书的「慈慧」、「湄灵肇造」2匾，自成一体，笔力劲秀，最为著名、为人称道。
现今居殿堂中的「镇殿」的妈祖像据传亦为明永历年间雕刻，另刻有一较小的副尊神像，为少见的「软身」神像，其手脚关节可以活动。
庙中的数方古匾中，以别号「一峰亭」由书画家林朝英手书的「慈慧」、「湄灵肇造」2匾，笔力劲秀，最为著名。
立于三川门口的两龙柱，乃是目前台湾已知最早的石雕蟠龙柱，也是唯二的三爪龙柱。花岗岩龙柱以三爪降龙为纹，朴拙简练，刀法浑厚有刀，是石雕艺术的佳作。