臺灣保存最完整的日本真言宗寺院。建築風格依循日本傳統，不論是正面出軒式入口、帶廊木欄杆、「寶形造」屋面及木構件，均散發典型江戶時期風格，並完整留存神龕、不動明王石雕、百度石、光明真言百萬遍石碑等重要文物。
位在鄭氏當時治臺首府臺南市的鄭氏家廟，可能是臺灣最早奉祀鄭成功的廟宇。
陳德星堂三川門假四垂屋頂為陳應彬所擅長的設計
海山神社留存的參道階梯
聖蹟亭為石條砌成的3層建築，底層有8面象徵八卦，中層為4面象徵四象，頂層是代表六氣、六合的六角形，屋頂中央則是安放葫蘆寶座。
府城隍廟代表陰間的「府衙」，建物刻意採取低矮具壓迫感的尺度，空間左右封閉，進身極長，以營造出神秘肅穆的氣氛。