外觀以洗石子、丁掛磚與鏤空花磚裝飾，教堂以非對稱形式設計，搭配Ｖ形檐柱，獨特的支柱系統，讓樓面挑高且寬闊，呈現樓層間獨立而非對稱的視覺效果，整體建築帶有濃厚的現代主義風格。
為宜蘭冬山地區特有的習俗，早期移墾環境艱困，居民會將小孩給神明當契子，祈求平安成長。孩童滿月後至十六歲前，皆可向石聖爺求貫，經擲筊允准後，將繫有紅線的平安貫掛於頸上。
早期移民移墾不易，醫藥缺乏，居民會將小孩給神明當契子(乾兒子、乾女兒)，希望讓神明保佑，讓小孩子可以平安長大。
儀式進行時，「做十六歲」者祭拜織女後，須由七娘媽亭下匍匐鑽過去，象徵已由少年轉為成人。
萬金聖母聖殿的造型構成，基本上是一種西式正面雙塔式的小型教堂，裝飾設計卻融入漢人的文化元素，如「天主堂」花崗石門匾即為其一大特色。
四結基督長老教會的設計概念引自諾亞方舟，主體為長方體的紅磚建築。