為傳統歐式教堂建築，以紅磚砌築並結合洗石子工法，搭配大型尖拱窗與頂端十字架為特色。正門三扇並列尖拱窗象徵基督教三位一體教義，從內部望向窗戶，下方可見「神」字設計，為亞洲教會特有之傳教表現方式。
為全臺罕見設有風水建築的文廟，入口採偏門配置，並設置具有破煞避邪寓意的奇賢門，依傳統「九星寸白法」規制興建，鑲嵌圓形銅鏡並飾以漢白玉螭虎紋，信眾須由兩側繞行進出，展現傳統風水觀念與文廟建築藝術融合的獨特景觀。
東山吉貝耍夜祭「牽曲」儀式由舞者手交叉圍成圈，配合簡單進退的舞步邊唱邊跳，除了感念過往的保佑，也祈求祖先持續庇蔭。
臺東天后宮正面照
基國派教堂是今日復興區尚存的7座石造老教堂中保存最為完整的。其承襲19世紀蘇格蘭長老會教堂的形制，建築時選擇鄰近的蝙蝠洞石材為材料。
今日所見之鹿港新祖宮為民國63年（西元1974年）重新修建。