為臺灣第一座清真寺，設有兩座喚拜尖塔，早期無廣播設備，因此需建高塔以方便喚拜聲遠播，提醒穆斯林前來禮拜，為清真寺代表性的建築元素。兩座約20公尺高的鋼筋混凝土尖塔矗立於寺院兩側，成為臺北市著名地標之一。
採中軸對稱布局，由塔門、立柱庭院、立柱大廳及祭祀殿依序構成。高聳塔門象徵太陽運行之路，屋頂隨空間逐漸降低、地面漸高，營造莊嚴神聖的氛圍。卡納克神廟與阿布辛貝神廟為代表性建築，展現古埃及宗教建築藝術的高度成就。
公媽籃用竹、藤編製，大約雙手可以拿大小，裝有過去祖先遺留下來的衣服與裝飾品，是儀式中最重要的聖物。每逢傳統歲時祭儀，邵族人必須透過祭司與公媽籃內的祖靈溝通，完成祭祀祖靈的儀式。
李春生紀念基督長老教會正面照，立面入口處仍保持西元1936年原貌。
廟中許多精緻的裝飾，正殿中有6塊清領時期古匾、兩側壁上有書法家楊草仙書寫的狂草「龍飛」、「鳳舞」1對，另有官員葉公超、錢大鈞所寫的對聯。
五妃廟座西南朝東北，是1座「單進兩護龍式」建築，即進正殿前有拜亭，而兩側另建有房間的建築，造型簡潔，色彩十分端重。