士林区古称芝兰或八芝兰，慈諴宫创建于清嘉庆元年(公元1796年)，旧名为芝兰街天后宫，为漳州人之信仰中心，原庙址约在今士林文林路731号一带，后因该地有剧烈的漳泉械斗，芝兰旧街遭泉州人攻入焚毁村庄，庙宇连带遭毁，漳州人因而迁居至现在士林下树林一带并建立新街谋求发展，于清同治3年(公元1864年)由先民潘永清((1821-1873))献地以及曹七和(生卒年不详)与信众的慷慨捐资而将天后宫迁建于现址重建。光绪6年(公元1880年)以书经「諴于小民」，取妈祖慈悲、助民融洽之意，命名为慈諴宫。
慈諴宫主祀天上圣母，陪祀广泽尊王、张府天师、玄天上帝、关圣帝君、文昌帝君、观音佛祖、开漳圣王、城隍老爷等神尊，为台北地区历史悠久、具有一定宗教地位的妈祖庙。慈諴宫年度重要祭典包括：农历1月11、12日至北港朝天宫、新港奉天宫、彰化南瑶宫迎请妈祖至慈诚宫驻驾1年，并于每年农历年底送3地妈祖回宫过年。每年重要的祭仪活动有农历3月22日与23日举办的妈祖圣诞绕境祭典；农历4月21、22日迎请关渡宫二妈前来慈諴宫作客，举办祭典与演戏酬神；农历7月23日至25日举办中元普渡法会，25日为士林街的大型普渡，称为「众街普」。
清光绪元年(公元1875年)再度由潘永清与曹七和发起重建，至光绪6年(公元1875年)落成。日治时期昭和2年(公元1927年)，由于年代久远且受到风雨侵蚀，庙宇有老旧损坏的迹象，因此由重建委员会委员长潘光楷(1890-？)、主任委员何炳奎(1857-1938)等人发起重建，此次工程浩大历经10年完工，如今慈諴宫庙貌即为此次改建而成，庙体型制美轮美奂，装饰艺术细致精巧。
战后民国43年(公元1954年)于庙前增建3座并立串联的戏台，其规模宏伟，于台湾独一无二，民国59年至60年间(公元1970-1971年)聘请木雕名师黄龟理(1903-1995)雕造正殿与各殿神龛，此后陆续有几次修缮，由于建筑体保留日治时期建筑形式，于民国74年(公元1985年)经内政部公告为国家3级古迹，后于民国86年(公元1997年)文化资产法修订之后变更为台北市市定古迹。
慈諴宫建筑现貌大致完成于昭和2年(公元1927年)，当时将慈諴宫改建为九开间式的庙宇，将龙虎门厅改建为三川脊式，并且聘请两组不同的艺师施作木雕与交趾陶等装饰部分，此种作法称为「对场作」，也就是两派艺师在同1间庙宇左右两侧以不同的风格形式建造庙宇，外观大致不会看出明显差异，但若仔细观察装饰部分则能发现两派匠师的风格与施做差异，藉由两派匠师同场较劲，除了使庙宇具有同中有异的巧妙趣味之外，更能见到两边艺师输人不输阵，互相比较施作功力的竞赛，使得庙宇在良性竞争之下能得到更好的装饰作品。
慈諴宫的石雕主要有两个时期，光绪年间的作品在昭和2年(公元1927年)的改建当中并未拆毁丢弃，而是保留下来继续使用，因此可以见到清代与日治时期的石柱与石堵，上面所雕之书法对联与落款皆能看出当时的石雕风格形式，且保留了当时捐献建庙的业户姓名，具有历史价值；石堵上的诗文与图雕多为名人雅士所撰写，其中也有以石雕竹叶所构成的诗文，颇具巧思，兼具文学与图像艺术的美感。
日治时期正殿的木作聘请了李朝根(生卒年不详)与张老垂(生卒年不详)两人施作，东西室延请邱金地(生卒年不详)、蒋盐生(生卒年不详)、曹石头(生卒年不详)、张老垂两组匠师负责，两派匠师各凭自己的设计在慈諴宫内以不同的装饰风格表现三川殿的员光与狮座部分，看似相同实际上大异其趣；其两侧小门的交趾陶一样也属于对场作，虽不知匠师为何人，但其摆设布局与戏曲的挑选，都差异甚大，龙边故事采用白蛇传的水漫金山寺，虎边则是使用封神演义的九曲黄河阵。两则故事都是角色众多、场面壮观的经典好戏，两面交趾陶人物表情细腻，姿态生动，且构图精细，是难得的交趾陶佳作，其中虎边并有穿着西式服装的人物点缀其中，更使人惊奇连连。神龛木雕主要为民国50年代至60年代聘请薪传奖艺师黄龟理(1903-1995)所制作，神龛雕刻十分细腻精巧，其上的人物花鸟走兽相当生动，且架式十足。慈諴宫门神之彩绘由台南艺师陈玉峰(1900-1964)于民国49年(公元1960年)所绘，陈玉峰笔下的秦琼与尉迟恭表情温和，用笔圆润。虽陈玉峰彩绘过去传世作品不少，但因为后来北部的庙宇多有修建重绘，使得慈諴宫的门神，显得十分珍贵。
神龛木雕为薪传奖艺师黄龟理(1903-1995)所制作，雕刻十分细腻精巧，其上的人物花鸟走兽相当生动，且架式十足。
木构架为漳派风格，尤以三川殿之木构架最具特色，在进深有限的条件下作五架梁二通三瓜，造成极高耸的空间感。
慈諴宫的石雕同时保留了清代与日治2时期的石柱与石堵，上面所雕之书法对联与落款皆能看出当时的石雕风格形式。