台南开元寺原为明郑时期所建「北园别馆」，清康熙29年(1690年)创建，初名「海会寺」，清咸丰9年(1859年)订名「开元寺」，系为七开间五落双护龙之合院建筑，占地辽阔，寺内遗存跨越明郑、清代、日治及民国等时期。格局完整、建筑高雅、环境清幽，衬托出佛家净土氛围，为台湾最具历史之古剎之一。寺内文物包括郑经井、七弦竹、匾额及碑记等珍贵史料，以及多位重要名家之作品(书法、诗作、彩绘、木雕、古钟、画作、石碑等)，具历史、文化及艺术价值，表现各时期地方营造技术流派特色以及稀少性。符合「古迹指定及废止审查办法」第2条第1、2、3、4、5款。
开元寺原为郑成功嗣子郑经(1642-1681)于明永历34年(公元1680年)建造之园亭，称之为北园别馆。当时因为郑军于金门、厦门一带战事节节败退，老臣部将陈永华(1634-1680)、柯平(？-1680)等人又相继过世，被迫撤军退守台湾。郑经在当时称洲仔尾的海边建造亭园楼阁，一说为使其母董氏于园林中居住安享晚年，另一方面则立庶出的儿子郑钦(1662-1681)为监国掌管政事，自己也退居于此，故亦称为「承天府行台」。郑经后来在此离世。
清领台后，别馆因乏人管理而逐渐荒废，直至清康熙29年(公元1690年)，总镇王化行(生卒年不详)、台厦道王效宗(？-1691)有鉴于台湾未有佛寺，因而就北园别馆故址改建为寺宇，称之「海会寺」，此即为开元寺建寺的开端。
开元寺肇建至今，寺名屡经更改，初始称之为海会寺，在清康熙33年(公元1694年)高拱干(生卒年不详)修的《台湾府志》和清康熙49年(公元1710年)周元文(生卒年不详)的《重修台湾府志》中均以海会寺称之；开元寺1名最早出现在清康熙59年(公元1720年)陈文达(生卒年不详)修的《台湾县志》中，而后乾隆42年(公元1777年)，台湾知府蒋元枢(1738-1781)加以大规模修建，增筑各殿、妆塑雕像，定下从山门、弥勒殿、大雄宝殿到大士殿的中轴建筑规制及左右厢房等，修后冠称「开元寺」，并留有碑图及文字说明。直至清嘉庆1年(公元1796年)，台湾挂印镇总兵哈当阿(？-1799)重修时，为庆祝皇帝登基，遂取「圣天子缓靖海疆至意」，更名「海靖寺」。镇总兵哈当阿并题3匾:「三宝殿」、「弹指优昙」、「不二法门」。其后因此寺规模宏大，为台湾之冠，因此在咸丰9年(公元1859年)重修时，孝廉陈乃嘉(生卒年不详)所作「代募官修郡北开元寺序」即以开元寺称之，而后即均以开元寺称之。
日人治台后，明治36年(公元1903年)，由住持玄精上人(1875-1921)邀请永定禅师(1877-1939)为监院，重修三宝殿(大雄宝殿)，采取传统修葺技术。大正元年(公元1912年)由得圆和尚(1882-1946)主持，重修山门、后又陆续增设僧伽学堂、圆光宝塔。昭和7年(公元1932年)信徒郑玉记捐修天王殿，后又改称弥勒殿。
政府实施「三七五减租」时期，拥有大片土地的开元寺发生寺产风波，民国47年(公元1958年)5月欠税寺产险遭查封，让开元寺陷入动荡。数年后印明和尚方集资修理佛像、重修山门。民国49年(公元1960年)募捐重修大雄宝殿，并雕塑十八罗汉像，增建外山门，同时修理3丈余高的大士殿，于民国52至56年间(公元1963-1967年)改建为钢筋混凝土建筑。民国58年(公元1969年)悟慈和尚(1925-2005)继任方丈后重修寺院，于民国59年(公元1970年)开办开元幼儿园，并且增建2层楼钢筋混凝土厢房。民国61年(公元1972年)左右，委由艺术家杨英风(1926-1997)修理大雄宝殿两侧房为钢筋混凝土梁顶，并由潘丽水(1914-1995)、洪钟山(生卒年不详)、蔡草如(1919-2007)等人进行彩绘。被中央政府指定为古迹之后，民国86年至89年(公元1997-2000年)，进行古迹整修。
乾隆42年(公元1777年)蒋元枢的修建工程不仅定名此寺庙为「开元寺」，也奠定格局基础：增筑各殿，妆塑佛像，寺中从山门、弥勒殿、大雄宝殿到大士殿的中轴。这样的建筑形制仍维持典型佛寺的「伽蓝格局」，为前后五进，左右各2道厢房，五进顺序依次为外山门、山门、弥勒殿、大雄宝殿及大士殿。各进间以庭院相分隔，在整体空间组织严谨，院落间层次分明，在台湾的佛寺中殊属少见。
山门于修复时特别着重正立面，格外精美，面宽广达到五开间，为六立柱式，前廊有步口及并且屋檐延伸为「出檐」，两侧内墙在前廊之上段绘彩画为佛教的故事；中下段均为彩绘之泥塑、浮雕；正立面共有6面门神，为彩绘名匠师蔡草如之作品。中门上绘制的是伽蓝及韦驮菩萨，此为佛寺特有的门神，不同于其他寺庙常见的秦叔宝与尉迟敬德。技法上蔡草如也以间色的色彩处理，少了墨线勾勒，衣带飘扬有动感但不失规律，纹饰繁复华丽但不失庄严。两侧边门绘有「封神演义」里的四大天王，分持宝剑、琵琶、伞及花貂，头上一样也加上1圈头光以代表其神职。人物表情庄重，神情威严。
山门门上悬有清朝嘉庆年间的府城名文人林朝英(1739-1816)的三体对联(虫草体、香篆体及竹叶体)，蔚为一绝。虫草体蜷曲而形体流线:「元宗妙道色相俱空，开辟真机细缊无滞」；香篆体束圆为字：「开化十方壹瓶壹钵，元机参透无我无人」，蕴含佛理并将「开元」2字藏于对联中。竹叶体拟竹叶之姿态而为诗文，并且佐以竹枝装饰:「寺古僧闲云作伴，山深世隔月为朋；修心须悟存心妙，炼性当知养性高。」，呼应着古寺幽远情怀。
弥勒殿：和大雄宝殿同样为具大跨距的空间，但因弥勒殿分隔为前廊、前厅、后厅、面阔三名间，中央放置弥勒佛座，左右又置四大金刚，两侧室又分隔为地藏王菩萨及延平郡王殿，后室均为禅房。
与弥勒殿稍宽进深的大雄宝殿，整体面宽横向原为五开间六立柱式，公元1972年修护时改为三开间前檐柱四柱而室内仅四金柱而已。
开元寺内供奉的神像多于中国大陆传统佛寺。弥勒殿供弥勒佛，开山堂供延平郡王神位、日本的弘法大师塑像、历代祖师神位，墙上挂的是郑成功夫妇和第6任住持玄精上人(1875-1921)的肖像。左护龙除了禅房外，还有客堂、父母堂、以及供祀众多灵位的空间﹔右护龙最后1间上有匾额「禅堂」，为祖师殿，供奉禅宗的开山祖师「菩提达摩」。开元寺所崇拜的不单是佛教之佛祖、祖师，还有郑成功及其家人等，这种历史人物死后被认为成神、为「王爷」，带有浓厚的民间信仰色彩。崇祀郑成功，也同时反映了开元寺过往曾作为郑家居所的历史事实。而在侧面的大小功德堂中奉祀诸多过往信众祖先牌位，则加入了儒教崇敬父母、祭祖的传统。
单就佛教本身而言，开元寺也是包容并续多个宗派。开山住持志山法师是来自泉州承天寺的临济宗僧人，寺内右护龙奉祀禅宗达摩祖师，而在民国68年(公元1979年)所创办「慧光图书馆」中的南山堂，则是纪念佛教南山律宗创始人道宣而建。
而历史传承上，开元寺作为台南府城最古老的佛寺，颇具社会影响力，在入世利他与出世修道之间都有特出的事例。得圆法师不惜力抗佛教的商业化的压力、其徒证峰法师更是致力于佛教改革与关怀社会弱势之举。入世济人的路线自证光法师被处决的「高执德事件」之后影响力式微，但证光法师为佛教所做的改革，在档案逐渐解密的现在，这段历史也渐被重拾与重视。
开元寺的包容，也显现于容纳文学的异议抵抗。日治初期连横(1878-1936)、陈渭川(1879-1912)、赵云石(1863-1936)及谢石秋(1879-1921)等人聚议而起，以古典汉语诗文为交流媒介的诗社「南社」最常以开元寺为聚会场所。今于大士殿左侧禅房北边七弦竹旁有座诗魂碑，即是昭和5年(公元1930年)，因当时推行皇民化运动，在寺中活动的南社哀痛于汉文将被日本政府压制禁止，将长年以来的诗稿皆埋于地下，立碑以志。
在佛教多方限制的清代，僧人要独立建寺是困难重重，即使透过士绅官宦的协助，建寺募资仍是一大挑战。如今在大雄宝殿中存有1座康熙34年(公元1695年)为募化铸成的古铜钟，重11,600台斤(约6,960公斤)，为开山住持志中法师当年募缘所铸，是台湾年代最古的铜钟。钟面上字迹依然清晰可见，是少见的极品珍物。
开元寺还保存许多明郑时期的遗物，功德堂里有北园别馆时的古井，因郑经的生活起居用水来自此井，故名郑经井。另外，在墙上有郑成功像和海战图数幅，以及当年凿井挖出的白色海螺化石，乃镇寺之宝，同时也是研究郑氏家族的重要史料。
建筑形制仍维持典型佛寺的「伽蓝格局」，为前后五进，左右各两道厢房，各进间以庭院相分隔，整体空间组织严谨，院落间层次分明。
此图为彩绘名匠师蔡草如于中门上绘制的伽蓝及韦驮菩萨，为佛寺特有的门神，不同与其他寺庙常见的秦叔宝与尉迟敬德。
在山门之上外挂有「开元寺」匾，内则挂「小西天」匾，「小西天」意指佛门胜地，此匾为清光绪18年(公元1892年)所置。