蓝田书院又称文昌祠，主祀文昌帝君，创建於清道光11年（西元1831年），可称「南投首学」，其过去的历史对南投县之文教发展有相当程度影响。蓝田书院和草屯登瀛书院、集集明新书院并列为南投县三大古蹟书院。蓝田寓意「蓝田种玉」，以教育後代就像种玉一般，希望能青出於蓝，因此定名为「蓝田书院」，有化璞玉为美玉之涵意。
蓝田书院初创时的配置规模，应为三进二厢式格局，但经过几次大的变动而迁至现址後，成为现在样貌的单进二厢式格局，外环以墙围绕，结构壮丽，属於三合院式的对称型态。殿内更拥有精致的木雕艺术装饰，以及清代留下来的多幅古匾，具历史价值。
蓝田书院俗称文昌祠，是南投县三座书院中最早创建者，源於土番社学後的南投义学。清道光11年（西元1831年），南投县丞朱懋（西元？-1832年）请南北投（今南投、草屯）及水沙连（今竹山、鹿谷）两堡的仕绅商议建书院，很快地得到两堡绅民支持，地点位於街後康寿庄菜园中（俗称大菜园，即今南投市康寿里蓝田街）。书院历时两年後竣工，题名为「蓝田书院」，并立有「新建南投蓝田书院碑记」。「蓝田」寓意「蓝田种玉」，以教育後代就像种玉一般，希望能青出於蓝，因此定名为「蓝田书院」，有教化庶民化璞玉为美玉的涵意。
书院主祀文昌帝君，旁为斋舍，两翼备有厢房。蓝田书院建成後，曾於清道光25年（西元1845年）重修，清同治3年（西元1864年）改建於今三民里蓝田街，清光绪10年（西元1884年），书院因白蚁之害而重修。
在日本时代，日本人为了顺利统治台湾，於是废除科举制度，因而使传统书院准备科举考试的功能丧失。日明治29年（西元1896年）南投民军群起抗日，许多房舍遭日军毁损，蓝田书院的右庑也在此时遭焚毁，经地方仕绅曾长茹（西元1840-1907年）募捐才予以修复。日明治44年（西元1911年）因市区改建进行道路与下水道工程，让书院出入口受阻，直到日大正4年（西元1915年）迁建至现今文昌街位址。迁建完全「依原貌转筑」，其中差异甚少，尤其大门两侧的木雕格屏，完全是旧材沿用，所以前後建筑规模亦相似。
民国46年（西元1957年）书院再次修建，成为现今的样貌。民国50年（西元1961年）获准设立鸾堂，并赐号「济化堂」，意为勉励济世劝化，弘扬圣道之所，之後香火日益鼎盛。只是历经了多次迁建、整修，传统原貌已失，其书院功能也已式微，仅留祠祀之用。民国74年（西元1985年）经指定为台闽地区县定古蹟，之後经历民国88年（西元1999年）921大地震重创，经修复後如浴火重生的书院，再度成为南投县之重要文化资产，延续其历史文化命脉。
蓝田书院初创时的配置规模，应为三进二厢式格局，但经过几次大的变动而迁至现址後，变更为现貌的单进两厢式格局，属於三合院式的对称型态。包括中轴线上的三川门及正殿，外带两侧厢房，并以过水廊连接，为小规模的书院建筑。
正殿为硬山单檐燕尾式的屋顶，屋脊曲度平稳缓和，脊顶并饰有「双龙抢珠」剪黏，脊腹则有花草剪黏，繁简适中。在其他装饰方面，蓝田书院因为历次重修，原有装饰不断流失，尤其是正殿的彩绘。但是书院留存的木雕，其手法属上乘，主要装饰分布於正殿栋架及神龛，无论是透雕或浮雕，其气蕴细腻与浑厚兼而有之，是木雕之佳作。
除了建筑的特色外，庙内挂着多幅清朝古匾，例如清道光22年（西元1842年）的「天上文衡」，清同治3年（西元1864年）的「文明气象」，清同治4年（西元1865年）的「奏凯崇文」，清同治7年（西元1868年）的「瑞气如珠」，以及清同治9年（西元1870年）所立的「丕振斯文」，各有其历史典故可循，都是庙内珍贵之文物资产。
蓝田书院坐西朝东，属於三合院闽南式建筑，新建院门设於东南墙角，名为「奇贤门」，具有避邪及护院功能，是国内文庙中少见的设计。前殿庭前设有照壁一面，照壁有对内祈福、对外辟邪象徵。照壁前方有半月池（古时为泮池）一座，池的两边设有旗杆座，是仿古 「华表」之遗风，意寓「中举」，是文庙的特色之一。庙前竖立碑座，依文献记载，可以看到先贤创院以来，辛勤耕耘的轨迹。另於左墙边设置龙池，名为「龙仙水」，与泮池相互对应。
两侧的厢房是传统式迭桁木构架，及老式土埆所砌筑而成。
墨黑底金黄字的「天上文衡」匾，制作于清道光22年（公元1842年）；深红底金黄字的「文明气象」匾，制作于清同治3年（公元1864年）。
蓝底金黄字的蓝田书院衔牌，制作年代为清道光13年（公元1833年），正中为楷书「蓝田书院」4个浑厚字体，下方的龙首装饰也很抢眼。
蓝田书院入口处有水泥建造的奇贤门，此门具有破煞避邪的功能，为一般书院或庙宇少见之建筑。
这幅交趾陶装饰画的是孙真人（唐朝名医孙思邈）画点龙睛的故事。
书院的门很多都是蓝底配上红色的画像或对联，相当醒目。
新建院门「奇贤门」设于东南方墙角，是一般书院少见的建筑方式。