士林區古稱芝蘭或八芝蘭，慈諴宮創建於清嘉慶元年(公元1796年)，舊名為芝蘭街天后宮，為漳州人之信仰中心，原廟址約在今士林文林路731號一帶，後因該地有劇烈的漳泉械鬥，芝蘭舊街遭泉州人攻入焚毀村莊，廟宇連帶遭燬，漳州人因而遷居至現在士林下樹林一帶並建立新街謀求發展，於清同治3年(公元1864年)由先民潘永清((1821-1873))獻地以及曹七和(生卒年不詳)與信眾的慷慨捐資而將天后宮遷建於現址重建。光緒6年(公元1880年)以書經「諴於小民」，取媽祖慈悲、助民融洽之意，命名為慈諴宮。
慈諴宮主祀天上聖母，陪祀廣澤尊王、張府天師、玄天上帝、關聖帝君、文昌帝君、觀音佛祖、開漳聖王、城隍老爺等神尊，為臺北地區歷史悠久、具有一定宗教地位的媽祖廟。慈諴宮年度重要祭典包括：農曆1月11、12日至北港朝天宮、新港奉天宮、彰化南瑤宮迎請媽祖至慈誠宮駐駕1年，並於每年農曆年底送3地媽祖回宮過年。每年重要的祭儀活動有農曆3月22日與23日舉辦的媽祖聖誕遶境祭典；農曆4月21、22日迎請關渡宮二媽前來慈諴宮作客，舉辦祭典與演戲酬神；農曆7月23日至25日舉辦中元普渡法會，25日為士林街的大型普渡，稱為「眾街普」。
清光緒元年(公元1875年)再度由潘永清與曹七和發起重建，至光緒6年(公元1875年)落成。日治時期昭和2年(公元1927年)，由於年代久遠且受到風雨侵蝕，廟宇有老舊損壞的跡象，因此由重建委員會委員長潘光楷(1890-？)、主任委員何炳奎(1857-1938)等人發起重建，此次工程浩大歷經10年完工，如今慈諴宮廟貌即為此次改建而成，廟體型制美輪美奐，裝飾藝術細緻精巧。
戰後民國43年(公元1954年)於廟前增建3座並立串聯的戲臺，其規模宏偉，於臺灣獨一無二，民國59年至60年間(公元1970-1971年)聘請木雕名師黃龜理(1903-1995)雕造正殿與各殿神龕，此後陸續有幾次修繕，由於建築體保留日治時期建築形式，於民國74年(公元1985年)經內政部公告為國家3級古蹟，後於民國86年(公元1997年)文化資產法修訂之後變更為臺北市市定古蹟。
慈諴宮建築現貌大致完成於昭和2年(公元1927年)，當時將慈諴宮改建為九開間式的廟宇，將龍虎門廳改建為三川脊式，並且聘請兩組不同的藝師施作木雕與交趾陶等裝飾部分，此種作法稱為「對場作」，也就是兩派藝師在同1間廟宇左右兩側以不同的風格形式建造廟宇，外觀大致不會看出明顯差異，但若仔細觀察裝飾部分則能發現兩派匠師的風格與施做差異，藉由兩派匠師同場較勁，除了使廟宇具有同中有異的巧妙趣味之外，更能見到兩邊藝師輸人不輸陣，互相比較施作功力的競賽，使得廟宇在良性競爭之下能得到更好的裝飾作品。
慈諴宮的石雕主要有兩個時期，光緒年間的作品在昭和2年(公元1927年)的改建當中並未拆毀丟棄，而是保留下來繼續使用，因此可以見到清代與日治時期的石柱與石堵，上面所雕之書法對聯與落款皆能看出當時的石雕風格形式，且保留了當時捐獻建廟的業戶姓名，具有歷史價值；石堵上的詩文與圖雕多為名人雅士所撰寫，其中也有以石雕竹葉所構成的詩文，頗具巧思，兼具文學與圖像藝術的美感。
日治時期正殿的木作聘請了李朝根(生卒年不詳)與張老垂(生卒年不詳)兩人施作，東西室延請邱金地(生卒年不詳)、蔣鹽生(生卒年不詳)、曹石頭(生卒年不詳)、張老垂兩組匠師負責，兩派匠師各憑自己的設計在慈諴宮內以不同的裝飾風格表現三川殿的員光與獅座部分，看似相同實際上大異其趣；其兩側小門的交趾陶一樣也屬於對場作，雖不知匠師為何人，但其擺設布局與戲曲的挑選，都差異甚大，龍邊故事採用白蛇傳的水漫金山寺，虎邊則是使用封神演義的九曲黃河陣。兩則故事都是角色眾多、場面壯觀的經典好戲，兩面交趾陶人物表情細膩，姿態生動，且構圖精細，是難得的交趾陶佳作，其中虎邊並有穿著西式服裝的人物點綴其中，更使人驚奇連連。神龕木雕主要為民國50年代至60年代聘請薪傳獎藝師黃龜理(1903-1995)所製作，神龕雕刻十分細膩精巧，其上的人物花鳥走獸相當生動，且架式十足。慈諴宮門神之彩繪由臺南藝師陳玉峰(1900-1964)於民國49年(公元1960年)所繪，陳玉峰筆下的秦瓊與尉遲恭表情溫和，用筆圓潤。雖陳玉峰彩繪過去傳世作品不少，但因為後來北部的廟宇多有修建重繪，使得慈諴宮的門神，顯得十分珍貴。
神龕木雕為薪傳獎藝師黃龜理(1903-1995)所製作，雕刻十分細膩精巧，其上的人物花鳥走獸相當生動，且架式十足。
木構架為漳派風格，尤以三川殿之木構架最具特色，在進深有限的條件下作五架樑二通三瓜，造成極高聳的空間感。
慈諴宮的石雕同時保留了清代與日治2時期的石柱與石堵，上面所雕之書法對聯與落款皆能看出當時的石雕風格形式。