依中華民國73年2月22日頒行之文化資產保存法施行細則第48條綜合評定之具歷史、文化、藝術價值；具稀少性，不易再現者；具建築史上之意義，有再利用之價值及潛力者。
開基天后宮，俗稱小媽祖廟，因對應於寧靖王府邸改建、俗稱「大媽祖廟」的大天后宮而來。創建甚早，是臺南府城最早興建的媽祖廟。鄭成功(1624-1662)在明永曆17年(公元1662年)攻下普羅民遮城(今赤崁樓)後，選址於當時德慶溪注入臺江內海出口南岸的水仔尾興建此廟，蓋廟的磚頭是他第2批自廈門來臺的艦隊所運來的。廟內供奉1尊當年隨著鄭成功艦隊來臺的媽祖像，刻製於崇禎13年(公元1640年)，也俗稱為「船仔媽」。由於此廟是鄭成功軍隊甫登陸後所建的第1座媽祖廟，故以「開基」冠稱，以顯其時間上最為久遠。
清軍來臺之後，改建寧靖王府為媽祖廟，但較小的開基媽祖廟並沒有被毀棄。因施琅(1621-1696)上奏康熙皇帝封媽祖為天后，連帶也改稱為「開基天后宮」。在乾隆30年(公元1765年)時，擔任福建分巡臺灣道的蔣允焄(生卒年不詳)捐修該廟，使其更具規模。乾隆42年(公元1777年)時，臺灣府知府蔣元樞(1738-1781)又予以修建，將形制改為三進的建築，並贈與1尊「傾聽觀音」在新建的後殿供奉。這尊觀音是蔣元樞所獻的「府城三大觀音」之一，另外2尊則在祀典武廟與大天后宮中。嘉慶以後至日治時期屢有修茸，大正15年(公元1926年)時因廟宇年久失修，故境內居民們集資重建於舊址上重建，規制上變化相當有限，目前的建築配置與樣貌，大略上乃此次重修的規制所定成。二戰結束前，遭美軍轟炸，廟身建築、文物都受到嚴重破壞。
戰後於民國37年(公元1948年)，境眾大修殿宇。民國60年(公元1971年)至民國62年(公元1973年)，士紳境民又募款重修，廟貌煥然一新，更敦聘彩繪畫師黃啟受(1923-)重新繪製廟門，黃啟受承襲已故名畫師陳玉峰(1900-1964)畫風，人物靈活色彩多樣，是當時臺南有名匠師。民國67年(公元1978年)的改建，增添了今日所見繁複的表面裝飾。民國92年(公元2003年)進行了大修，於民國93年(公元2004年)完成。
民國102年(公元2013年)整修雖然規模不如過往，但模式特別。起於廟方主動進行調查研究，在民國60年繪製的3對、6面門神彩繪因處於半戶外的開放空間，經40年風吹日曬的環境影響，已嚴重膨起剝落、裂痕、細裂紋劣化。且今日由黃啟受繪製落款的作品，全臺灣已知僅存此6面。以廟方自籌1成、文化部出資9成經費共同維護的方式，聘請臺南藝術大學講師李志上與修復師吳佩錡進行6面門神的修復工程。
現有的開基天后宮，是1座二進縱深式建築，座東朝西。第一進為前殿，第二進為帶拜亭的正殿，但因拜亭與前殿之間，沒有內埕分隔，混然成為一體。廟宇左方亦有前、後兩護龍，護龍之間為內庭，可由後拜殿之八卦門及三川門左側通道進出，廟宇後方則是兩落的民房住屋，亦可從後方臨接坊的沿街側出入。狹長的格局使之融入於周遭民家之間。窄小的規模，觀者難以想像此間為超過3個世紀歷史的古老媽祖廟，而對比於寧靜王府改建而成、建築氣派、龐大的大天后宮，開基天后宮被人們暱稱是「小媽祖廟」。
三川殿面寬為三開間，屋頂疊合7段的「七架楹」混合式構造方式，在屋頂內側兩邊的「山墀」頭上雕塑有樣貌不像漢人的「憨番」，赤裸上身，頂著上樑，雕塑生動，似乎是彎身吃力的扛著廟角。
黃啟受所畫的門神，板面並不似其他匠師繪製以圖像填滿門板；而以能容納全身為基準，使門神圖像完整。秦叔寶、尉遲恭皆為立姿做武將扮相，整體重心落在1腳，而另1腳稍微彎曲，使得胯部傾側。而秦叔寶佩弓，尉遲恭給箭，顯示兩人合作無間，也暗喻圓滿和睦。在門邊護襠上繪製有完整的八仙圖，傳說中八仙皆為凡人得道成仙，且代表福祿壽喜各樣人世間美好福份，使得門神不僅是避邪消災的功用，也帶有祝福信徒福祿功名的意義。另外於兩側邊間的共4面門板上繪製宮女，4名宮女雙髻簪花，手上所持各有不同，有進香、獻花、進茶、獻菓。以香爐象徵香火延綿、茶壺象徵有福、牡丹象徵富貴、獻菓為桃，象徵長壽，另1手則各持如意。此亦象徵祝福信眾。不同於大部分廟宇繪製以滿版門神的嚴肅氣氛，開基天后宮的門面有代表福氣的八仙及宮女，氛圍顯得柔和。
正殿的屋身為疊合13架楹來分散承重牆的構造，在兩側山牆頂部各開有八卦形式高窗，方便通風及採光。下方除了有「忠」、「義」、「節」、「孝」大字題字外，並有大幅雕塑2幅，神龕配置在後坡7架與9架楹之間，並於前方兩側各開小門以連接右側戶外及左側護龍，門板上方則分別提有「龍吟」、「虎嘯」等字樣。
拜殿屋頂正脊到屋簷之間有一轉折，似是停歇之勢，這是廟宇常見的「歇山式」屋頂，山牆是像拱起的馬背，稱為銳形馬脊形式，因面寬較窄，正脊採取短小接合的小脊作法，並採仰合瓦屋面等特點，可以說此類形式做法常見於臺南市各個拜亭之中。
後殿主體為九架楹承重牆式構造方式，其中在7架楹下方施作曲形壽樑1道，兩旁為具有蝙蝠紋樣的隔扇門，壽樑下置有草形雀替。
因為開基天后宮為「開基」之廟，年代久遠，廟中供奉的媽祖像，是背身刻有「崇禎庚辰年」(公元1640年)字樣、隨鄭成功軍士坐船渡海來臺的「船仔媽」，此尊媽祖神像為臺灣罕見之可溯至明代的古老神像。而在漢人信仰體系中，年代越久遠、又與中國大陸原鄉的廟宇分靈關係越相近的神像，被認為神力越是強大。所以清朝的歷任首長官員，並沒有因為規模狹小、鄰近已有大天后宮、或因此間是鄭成功時期建立的廟宇而敢忽視。無論名義上的加封、實質上的改修皆循時辦理。
最為古老的「船仔媽」因其甚為貴重，並未擺設於神壇供人參拜，為防遭竊，早年曾輪祀於信徒家中，現在則由廟方另外妥善收藏。但作為最為古老的媽祖神像，亦不會與信徒全然隔絕。於農曆3月媽祖誕辰之時廟方會敦請出來予信眾崇拜。
現今居殿堂中的「鎮殿」的媽祖像據傳亦為明永曆年間雕刻，另刻有1尊較小的副尊神像，為少見的「軟身」神像，神像手腳關節可以活動。
開基天后宮雖廟宇歷史悠久，但今日於儀式表現上，開基天后宮亦有一極特出之處。即每年媽祖誕辰出巡、進香等活動時，由副駕「二媽」出巡(鎮殿媽祖像需留廟堂之中)，廟方表示出門需盛裝以顯禮數，轎窗設置彩繪紗屏，轎口設置紗簾，此時出面巡行的媽祖神像會特意打扮，因為是手關節可活動的軟身神像，媽祖手持歐洲精品名牌包、戴上寶石戒指，以現代時尚之姿出現。
如今鎮廟之寶之一，為後殿中由乾隆年間臺灣知府蔣元樞所捐贈之「傾聽觀音」，有別於一般神像皆是端坐面向眾生，傾聽觀音是側著臉，彷彿正聽著信徒的祈求禱告。由蔣元樞所捐贈的傾聽觀音只有3尊，另2尊在大天后宮以及祀典武廟，可見當時開基天后宮地位是極為崇高的。
獨步臺灣的文物還有現今立於三川門口的兩龍柱，乃是目前臺灣已知最早的石雕蟠龍柱，也是唯二的三爪龍柱。原本於民國62年(公元1973年)整修時被廟方人員忽略，棄置於廟前的防空洞內，後來被專家提醒，於民國92年(公元2003年)整修之時恢復。此對三爪龍柱年代久遠，應在康熙23年(公元1683年)皇帝見施琅奏折、准封媽祖為「天后」之前就做成的作品。此兩花崗岩龍柱以三爪降龍為紋，樸拙簡練，刀法渾厚有刀，是石雕藝術的佳作。
其他特別的文物是廟中的數方古匾，其中尤以別號「一峰亭」的書畫家林朝英手書的「慈慧」、「湄靈肇造」2匾，自成一體，筆力勁秀，最為著名、為人稱道。
現今居殿堂中的「鎮殿」的媽祖像據傳亦為明永曆年間雕刻，另刻有一較小的副尊神像，為少見的「軟身」神像，其手腳關節可以活動。
廟中的數方古匾中，以別號「一峰亭」由書畫家林朝英手書的「慈慧」、「湄靈肇造」2匾，筆力勁秀，最為著名。
立於三川門口的兩龍柱，乃是目前臺灣已知最早的石雕蟠龍柱，也是唯二的三爪龍柱。花崗岩龍柱以三爪降龍為紋，樸拙簡練，刀法渾厚有刀，是石雕藝術的佳作。