芝山巖惠濟宮位於今天臺北市士林區芝山岩山頂偏西處。主祀開漳聖王、觀音菩薩與文昌帝君，是1座儒釋道三教合一的廟宇，也是與漢人地方聚落發展密切相關的地方公廟(地方公廟指的是受到特定地域範圍的居民所信奉，具有公認權威與公共性質的廟宇) 。乾隆年間，入墾臺北士林地區的漳州籍移民在芝山岩上陸續興建了奉祀開漳聖王的惠濟宮、奉祀觀音佛祖的芝山巖(「巖」是閩南漳州、泉州人對靠山佛寺的稱呼，也可作為佛寺所在之山名)、以及奉祀文昌帝君的文昌祠，這3座廟宇經過歷次修建而結合為今天所見的惠濟宮，與士林神農宮、慈諴宮同為士林地區最主要與古老的3座廟宇。
芝山岩上廟宇創立、歷次修建與合併的年代有多種不同說法，可確定的是乾隆17年(公元1752年)時，地主黃國聘(生卒年不詳)獻出土地，由當地仕紳吳廷誥(生卒年不詳)召集鄉人捐獻資金，在圓山仔(今圓山地區)上修建了2座廟宇，東為奉祀觀音佛祖的「芝山巖」，西邊的「惠濟宮」則奉祀漳州移民所帶來的原鄉神祉開漳聖王，於乾隆29年(公元1764年)竣工。開漳聖王的香火為黃澄清(生卒年不詳)從漳州府和平縣來臺時攜帶的香火袋。一個說法提到他將香火袋懸掛在圓山仔的樹上，後來鄰近田地發生蟲害時，人們向聖王香火袋祈求而發生神蹟使蟲害滅除，於是興建廟宇奉祀。另一個說法提到圓山仔本是來自漳州府的富豪黃善(？-1751)的土地與居所，其親族黃澄清前來投靠，將香火袋供奉在黃家廳堂上，隨著聖王顯神蹟使黃家與鄰近田地的蟲害滅除，其神威在八芝蘭地區逐漸顯赫，並因開漳聖王託夢指示，黃家後來即遷離圓山仔，獻地在山上建廟奉祀。
乾隆51年(公元1786年)林爽文反抗起事，叛亂擴張到臺北，從八芝蘭街逃至圓山仔上的漳州人皆被殺害，地主黃文欣(生卒年不詳)於是將圓山仔捐出交給公眾管理。乾隆53年(公元1789年)，士林地方人士募款於山上修建墓塚；咸豐9年(公元1859年)臺北漳泉械鬥在山上戰死之屍骸也合葬於此墓塚，稱為「同歸所」，同受廟方管理。另外，也有說法提到芝山巖是在乾隆53年(公元1789年)才創建；另一說法則是該年重新修建開漳聖王祠，並命名為惠濟宮。
嘉慶8年(公元1803年)、嘉慶17年(公元1812年)與道光5年(公元1825年)，芝山岩上的廟宇因損壞而數次重新修繕。道光19年(公元1839年)，臺北的漳州籍仕紳潘永清(1821-1873)在芝山上修建文昌祠，並設置義塾(由私人創設而不收學費的教學場所)聘人教授鄉人子弟。同治10年(公元1871年)，芝山巖、惠濟宮傾頹，重修時將兩2廟結合為1座2層樓建築。光緒16到18年(公元1890-1892年)間，廟宇因火災焚毀而重修時，則將文昌帝君也納入奉祀，3廟至此併為1廟；另一個說法是同治12年(公元1873年)重修完成時已將文昌帝君納入。
光緒21年，即明治28年(公元1895年)，日本領臺，並在惠濟宮設立臺灣總督府學務部，也於此開設國語學校招收士林鄉紳子弟，為日人在臺教育機構的起點；明治29年(公元1896年)，改設立「國語學校第一附屬學校」，即後來士林公學校前身，至明治37年(公元1904年)才移至士林街上。
日治時期大正6年至12年(公元1917-1922年)，因廟體受白蟻蛀蝕而以紅磚、木材為建材改建前殿，並在後殿兩側添加護龍作為廂房。民國46年到48年(公元1957-1959年)，又因廟宇破損而將前殿以鋼筋混凝土改建；民國56年到59年間(公元1967-1970年)，則將後殿2樓也改建為鋼筋水泥建築，增建龍鐘閣與鳳鼓樓，並於廟宇左側增設懷古園，將歷年改建時棄置的石材、石柱、礎柱、石碑蒐集放置其中。民國59年(公元1970年)重建完工，奠定惠濟宮當代建築樣貌，此後又有歷次小規模翻修，使廟宇愈加莊嚴華麗。
芝山岩上保有的豐富自然生態資源以及體現士林漳州移民拓墾歷史的惠濟宮等史蹟，使得此地時常是中小學校外教學參訪的地點，也成為市民與學子認識士林地方地方歷史發展的重要1站。
芝山巖惠濟宮建築經多次改建後，今日建築為七開間、三殿、兩廊、兩護龍的格局，是民國57年(公元1968年)重建的鋼筋混凝土建築，只在局部鑲嵌了舊有石雕。惠濟宮三川殿採用硬山燕尾屋頂，中門前有蟠龍柱1對，廟門上繪製的4大天王手中分別各持寶劍、琵琶、雨傘、小龍，代表「風（鋒）、調、雨、順」的涵意，而三川殿兩側廂房的2樓則設有鐘樓與鼓樓。正殿供奉宮廟主神開漳聖王，仍保留傳統的木結構，屋頂採用以下層橫樑抬起上層橫樑而有如階梯狀的抬樑式架構，其特徵為柱子較大較粗、柱距也大，是在屋架系統中較高級的做法。
惠濟宮後殿為2層的閣樓式建築，樓下奉祀觀音菩薩，左廂放置有歷代古匾；2樓則是奉祀文昌帝君的文昌閣。芝山岩上文昌祠為士林漳州移民社群的教育中心，也導致後來士林地區具有文風鼎盛、「士子如林」的稱號。惠濟宮與教育的關聯在日治時期仍然延續，在正殿後方可以看到日人所設置的「芝山岩學堂」開校10周年紀念碑，記載有「全臺第一所國民學校」歷史年表。即使今天惠濟宮不再是學校，廟方仍因應當代考試而每年舉辦2次「升學考試學子金榜題名法會」，並在文昌閣內懸掛1支稱作「文昌筆」的大型毛筆，可讓考生觸摸祈求好運，鮮明地呈現出人們祭拜文昌帝君以保佑考試表現與學子成就的信仰，在臺灣民間仍歷久不衰。
與文昌信仰相關聯的是敬惜字紙的習俗，文昌祠內通常也會設置有惜字亭，用來焚燒有文字的紙張。惠濟宮的敬字亭在民國88年(公元1999年)才設置，是臺北市內唯一仍在使用的敬字亭。只是這座敬字亭目前燃燒的不再是字紙，而是在升學法會時學子帶來的准考證影印本，既表示祈福，也使學子認識惜字習俗。這個變遷也具體呈現出宗教儀式可隨社會轉變而調整，同時也被賦予新意義的動態活力。
芝山上設置的文昌祠與義塾，是士林地區教育事業的重要起點，創建者潘永清後來成為協調臺北地區漳泉械鬥、主持遷建士林新街的地方領袖，並在同治年間擔任士林3座公廟的管理委員會主委，主持芝山巖與惠濟宮的重修；惠濟宮在光緒年間的重修，也有潘家人士的參與。從這些地方公廟事務，即可看見特定家族在士林地方發展中的重要角色。一直到都市化過程改變了士林地區的居民結構，當代的惠濟宮仍扮演著延續漳州移民社群人際網絡的角色，寺廟管理委員多數仍是世居士林老家族的後裔。
廟宇左側的懷古園，保存有歷年改建時棄置的石材、石柱、礎柱、石碑等，蒐集放置其中。
今廟為民國57年(公元1968年)重建，多為水泥構造，只嵌入局部舊有石雕。
三開間的前殿用硬山燕尾屋頂，中門立蟠龍柱1對，兩側有新建兩層的鐘、鼓樓各1座。而正殿係為抬樑式架構，其屋頂亦為硬山屋頂，但造型多已現代化。