观音亭现今的形制规模为日治时期马公后窟潭人称「江司」的大木匠谢江(生卒年不详)和谢自南(公元 1908年-1990年)父子，于昭和2年（公元1927年）所建，是澎湖市区庙宇中规模最大者，格局为五开间两进建筑，属于山门双护龙带天井、拜亭的特色格局，而两侧联式马背型屋嵴，起伏的天际线，则增添观音亭山牆立面视觉特色。过水空间与翼室、穿廊、天井组合，且穿廊融合了迴廊与护龙的多重意像，并在其上置六角鑽尖重簷式钟鼓楼，是臺湾庙宇中为节省空间，较少见的建筑方式。基座则使用鹅卵石及砖头堆筑，裡面夯土(即在红泥、粗砂、石灰三合土的空隙裡，加以夯实)以增加耐用度。谢江父子的大木架构形式，以立柱直承屋顶横木，而柱间则由通樑穿柱承接，通樑上再置蜀柱(支撑屋嵴横柱用的短柱)或叠斗(为臺湾普遍应用的大木结构形式，用数个斗叠在一起以承接屋顶横木重量)为特徵，横木间再用束木辅助，是穿斗式与抬樑式溷和建筑方式的一种类型。
设置于观音亭外的一对淡绿色大狮，材质看似「石狮」，但其实为糯米浆、石灰、黑糖水调和凋塑而成，历百年不坏，迄今仍保存良好。石狮原镇守于清朝澎湖厅通判衙前，日治时期大正12年(公元1923年)日本政府澎湖新厅舍落成，将原衙前石狮搬过来改守观音亭，臺澎仅此一对。
观音亭历经多次战火摧毁，早期原有格局已不復见，现今只留下正殿上方、「薄海蒙庥」、「大慈悲」、「慈航普济」等3块古匾额，其中「薄海蒙庥」是清法战争(公元1884年)前佛寺内年代最久的古物，为道光20年（西元1840年）升任澎湖协水师副将(澎湖地区最高军事武官)的詹功显(公元1765年-1854年)，于道光21年(公元1841年) 以分巡福建澎湖水师等处地方总官兵衔敬立。而「大慈悲」为光绪12年(公元1886年)署通判事程邦基(生卒年不详)所赠，「慈航普渡」为光绪16年(1890年)钦命前淮军蓝翎儘先补用刘志(生卒年不详)所赠。
位于观音亭庙前广场旁的古钟亭，裡面的古钟，为光绪12年(公元1887年)庙宇改建时设置，后来在民国69年(公元1980年) 由海军澎湖第二造船厂协助修护后放置于此，民国92年(公元2003年)亭身翻修成现今样貌。
观音亭前的西瀛虹桥建于民国93年(公元2004年)，为全臺第一座专供行人步行观光的钢拱桥，桥身全长2百公尺，桥身设计红、橙、黄、绿、蓝、紫6色霓虹灯，每年在此举办澎湖花火节。