真护宫的王船祭每3年1科(3年举办1次)，分别为逢农曆的丑、辰、未、戌「四土」年举行，时间均在3月上旬前后。流程包括： 一、「桮选主事」：于科年(举办年)前1年的8月中旬举行，「桮选主事」即掷筊选辕门官1人、正副「主会首」10人和其他工作人员、贊助委员等。其中。「辕门官」、正副「五主会首」和「八甲首」为醮祭核心组织成员。 二、「祭活动」：在科年前1年中秋后举行，辕门官于祭典后开始打理所有祭典仪式与流程。 三、建造王船：时间需在科年前1年的年底前完成。 四、王船出澳：于科年当年的2月初前后，相关仪式在王船造船厂内完成后，王船就停泊在此供信众膜拜。 五、5朝王醮：于科年2月举行，为长达5天的祭神仪式。 六、请王云庄：为入醮当日迎请3尊代天巡狩神像遶境。期间必遶巡该科年的「辕门官」所在之庄头及地方庄庙。 七、送王烧船：时间则在科年 2月底或3月初上午，地点在庙前不远的空地，王船放满各项日常用品与食材后由兵将先行，接着代天巡狩用伞护送上船，参与王船祭仪式的辕门官、醮首、会所等人员均穿着清代官服，而王船工作人员也戴清帽着白色长袍，彷若回到清朝时代，以示遵古礼进行。王船启程送往真护宫外面约2百公尺的「王船地」烧化，在万人夹道下，往往要超过1小时才能抵达，王船的前方，须沿路洒水，象徵洒下一条水路，供王船前进，最后吉辰一到随即火化送行，为活动的最高潮。
真护宫庙前船厂内放置一艘永祀桧木王船，长13尺6(4.84公尺)、宽7尺(2.12公尺)，于民国47年(公元1958年)以臺湾桧木打造，王船上安装有引擎、方向盘和轮子，外观为彷中国古代战船样式，船艏有避邪吉祥物「剑狮」图腾，船身佈满彩绘，船上的船舱彷真护宫的缩小版，前祀五府千岁、后祀湄洲天上圣母及普陀山观音佛祖，此王船供王爷南巡北狩之用，为真护宫镇殿神物。
火化用的王船造船工作繁琐，除了请神明坐镇，从开斧、安龙骨到竖桅都要举行仪式，因是代天巡狩的神明所搭的船(意谓航行时间会很久)，船内设备琳琅满目，从航行、仪仗、文案等必备物，到日常生活用品，也要有起居、梳洗用品和菸、赌具等消遣用品。每次王船建造的规格和样貌也不同，必须由庙方人员请示神明后，再决定建造方式，但大多为长10公尺、宽3公尺、中桅高10公尺左右规模，外观彷中国古代战船样式，外部加以彩绘，上面则插上王爷令旗和纸煳神明金身，于火化吉辰烧化送王。