玄空法寺内的护法殿，跳脱中国传统寺庙建筑手法，改採圆顶建筑，圆是万德圆满，希望信众都能有包容心和慈悲心，造就万德圆满。护法殿内供奉由汉白玉凋刻而成的佛教护法「伽蓝」，亦即道教敬奉的「恩主公」关圣帝君。此处的伽蓝菩萨为全臺仅见身坐与脚踏莲花的造型，莲花瓣往下，代表返驾慈航普度众生。
大智山玄空法寺镇寺之宝「佛心印圣石」，为重达152吨的花莲帝王石(港口石灰岩)，由于石头过于巨大，以夜间运行方式，历经3天才从花莲运抵。圣石背面刻有大「佛」字及「心经」全文，勉励世人「佛即是心，心即是佛，佛心相印，功德圆满」，另一面刻上大大的「佛」字和「一切有为法，如梦幻泡影，如露亦如电，应作如是观。」这是佛教典籍《金刚经》中着名的四句偈。
寺内最吸引信众及游客目光的景致，是十馀根亿年才能生成的树化石，和高耸的钟乳石林，钟乳石柱、石笋，每一根皆高过百年老树，给人直向天际之感，数量之多全臺少见，和园区内五叶松、真柏、奇石，搭配成深具禅风的美丽庭园景观。
大智山玄空法寺文物馆内，拥有数量庞大由信众捐给寺方的千年古佛塑像及古佛首，年代远至唐宋，也有近代凋塑大师侯金水(公元1948-)创作的佛像，十分珍贵。每一尊古佛都是寺方依照每古佛特色，摆放于最适当的位置，众多古佛汇聚彷彿一同在此向众生说法。
大智山玄空法寺园区内共收藏全臺最大、总重超过500吨的3颗灵璧石(Lingbi stone)，其中2颗各176、156吨的巨石位于寺庙入口处，另一颗160吨放置在菩提园旁。灵璧石原产自中国安徽省灵璧县磬石山一带，因质色、纹路优美，而有中国四大名石之首的雅称。