碧云寺山门以钢筋水泥和洗石子工法，设计成一「ㄇ」字型四堵牆，泥塑的四大天王分别安置在每堵牆的上半堵，下半堵则泥塑博古(古代大户人家以陶瓷器皿放在茶几、桌上为摆饰，后来被应用在彩绘、泥塑、凋刻题材之称)和花鸟。山门正嵴上的泥塑，也和一般寺庙的双龙抢珠、七宝塔、福禄寿三仙等不同，而是一大人和二小孩站在塑有狮头多角形平台上。虽然山门为洗石子，但匠师为表现木结构特色，簷下也用洗石子做斗栱，但钢筋水泥无法如木材容易表现，而显得朴拙。山门的中门内额写着「小西天」三字，源自于佛教弟子以往生西方淨土为目标之意，让香客感受来到极乐世界的喜悦。製造人安平周老全(生卒年不详)的姓名，则清楚浮凋在碧云寺寺名与门楣间，这也是剪黏、泥塑匠师周老全留存最完整的代表作之一。
碧云寺共有两对龙柱，位在山门前和正殿，跳脱传统寺庙石凋做法，改以洗石子方式呈现，山门前龙柱轮廓以土黄色表现，有别于石凋单一颜色，上面并泥塑中国传统神故事中的「八仙」，龙边有钟离权、吕洞宾、何仙姑、蓝采和，虎边有李铁拐、曹国舅、张果老、韩湘子，样貌古朴，龙柱的柱珠(木造柱子的基座以防水气之用)做成南瓜形，柱顶以洗石子方式做栱，可见匠师当年尝试以洗石子建造传统建筑方式的用心，也表现匠师细腻手工。而正殿的洗石子龙柱造型更为立体，不仅线条优美栩栩如生，如不仔细观察会误以为是石凋，且龙身表面加入细玻璃，透过光线反射更为闪耀。
山门外一对蓝色的泥塑「笑狮」分立两旁，不但色彩少见，龙边公狮咧嘴笑；虎边母狮抿嘴笑，坐在洗石子的圆球上，带着憨厚傻劲的笑脸欢迎香客，有碧云寺亲善大使之称。让香客来此未进山门前就已有好心情，是臺湾难得见到的迷人模样。公狮的台座表面浮凋麒麟(是中国民间传说能镇邪辟灾的瑞兽)，母狮的台座表面浮凋凤凰(是中国民间传说的祥鸟)，两种吉祥动物也是以洗石子方式表现，十分古味。
碧云寺正殿洗石子横樑下，有一力士半蹲式吃力地扛着横樑的动作，一般庙宇多称「憨番扛庙角」，但碧云寺的憨番位在樑柱下，因此名为「飞天力士夯大杉」，这对木凋採「飞天力士」状，当年凋刻时加了一对翅膀，是特有的造型。「憨番」一说为道教金刚力士，另一说法为民间不满明末时期荷兰人殖民臺湾期间的掠夺，于是将力士凋塑成外国人样式，安置在屋角或大樑下承重以表现厌恶之意。
位于正殿龙柱与樑枋交界处的龙形与凤凰雀替(雀替为中国古建筑的构件之一，放置于樑与柱之间交接处，以增加樑枋承载力)，是碧云寺精彩木凋作品之一，龙、凤皆为中国人创造出来的神圣灵兽，中国历代帝王多自託龙转世，中国人则自称龙的传人，并通常以龙象徵男性、凤象徵女性。
碧云寺位处石灰岩地层上，寺前石灰岩块中间有一个「出米洞」，相传早期洞口会流出米来，足够僧人食用，后来有一僧人贪心而挖洞取米，从此，出米洞不再出米。
碧云寺地处火山地形上，上香前点火用的火炉，火源来自关子岭地底下瓦斯，百年来不曾中断，全臺仅碧云寺有此特殊景象。
碧云寺正殿两侧奉祀十八罗汉的洗石子台座表面泥塑非常古朴自然，龙边为「太白醉酒 」，是李白醉卧月下树旁，虎边则是「南柯一梦」，道人卧眠石上，枕书托头怡然自得。副祀的伽蓝菩萨、注生娘娘洗石子台座表面则分别泥塑「岳母刺字」和「仙女送麒麟」。而洗石子台座也分别凋塑花朵、枝叶、长尾鸟、捲草、博古等，最值得欣赏的是十八罗汉台座角落的狮子塑型幽默可爱，小狮咧嘴笑，更添台座幽默与艺术气息。