水仙宫内保存多幅民国37年(公元1948年)整修时的泥塑加彩绘作品，其中位于正殿后面的「富贵图考」是描述唐代名将郭子仪（公元698年或697年-781年）老年富贵生活，而大殿旁还有「忠心孝恩」、「神枪暗传」、「辕门斩子」及另一斑剥不可考的作品。这些泥塑加彩绘数十年来经「盐化」而产生剥落，反而增生古色古香的味道。泥塑由名师江清露（公元1914年-1994年）完成，之后再由彩绘名师陈玉峰（公元1900年-1964年）上色，这种组合全臺仅见。而前过水廊左右还有四面美人图，包括拾玉环、貂蝉叹月、贵妃醉酒、送京娘，虽有剥落依然风姿卓绝。
后殿两侧山牆上已历160馀年的「南极垒辉月」、「瑶姬献寿」泥塑图，精细美观，足见早期作工绘画之精细。
新港水仙宫门神彩绘施作于三川门明间和左右次间共6扇门上，是彩绘大师陈玉峰全臺遗作中保存最为完整的庙门，门神画面饱满有生气、威武中不带严肃，民国98年(公元2009年)还特聘德国壁画修復大师以復原式古蹟修復法进行修復，是国内首度以国际博物馆级方式修復传统庙门。
位于正殿前一对蟠龙石柱造型古朴、线条简洁却不失浑厚之感，上面落款时间为清乾隆45年(公元1780年)，由笨港贡生林开周(生卒年不详)所捐赠，成为水仙宫建庙落成的重要证物。
水仙宫侧面山牆从三川门、前过水廊、拜殿、正殿、后过水廊到后殿，燕尾嵴嵴尾飞扬、曲线优美、层层相连，形成一道美丽白色山牆。和下方的鸟踏(山牆外面凸出的水平线条)，构成极佳视觉效果。