灵光寺民国38年(公元1949年)重建时，因交通不便，且居民生活环境艰辛财力窘迫，又无宽广道路可运送建材，因此信众就地取石材，利用早期家家都有的打石工具，用最原始一槌一凿纯手工，先观察石块的纹理，再着手分解，将当地岩石直接打凿成大小所需的尺寸，堆叠成牆堵，作为佛寺的地基和牆堵，每一个石块上面，都还留有当年民众斧凿的痕迹。由于石屋非常坚固，历经臺湾921大地震仍毫髮无伤。
民国88年(公元1999年)臺湾发生921大地震，震央附近的灵光寺后方崁斗山顶，直接掉落一颗大石头往灵光寺直冲而下，被佛寺正殿后方的龙眼树和山石挡住，没有直冲庙殿造成毁损，后来，这颗大石平整面刻上「佛」字，并设置说明牌，成为灵光寺景观之一。
灵光寺背倚南投县国姓乡大石村最高峰的崁斗山，前可眺望远山视野极佳，因地处海拔约800公尺的山林中，夏日凉风徐徐十分舒爽，因交通出入动线并非十分方便，来此修行、参访者不多，让佛寺更显静谧之姿。崁斗山后方的九份二山，就是着名的臺湾921大地震震央位置。