位于竹莲寺正殿上方的「大海慈云」匾额，源自清光绪13年(公元1888年)新竹大旱，知县方祖荫(生卒年不详)祈雨于城隍爷、龙神及观世音菩萨，相传当年观音妈应允降雨后，神像首度踏出竹莲寺遶境，队伍尚未抵达南寮渔港即风雨交加、普降甘霖，特请臺湾巡抚刘铭传（公元1836年-1896年）奏请御书颁赐匾额。「大海慈云」匾额正记录当年新竹大旱历史，样式为金底黑字双龙抢珠，两侧有一对金龙护匾，正面中间则有「光绪御笔之宝」的御印。
竹莲寺正殿神龛共有3尊观音妈神像，均是泥塑金身、顶戴五佛冠，信众暱称大妈、二妈及三妈，位居最后方的大妈，是竹莲寺建庙之初奉祀的神像，二妈迎自南海普陀山法雨寺，也是清光绪13年(公元1888年)新竹大旱祈雨时，出巡遶境的神像，最前面尺寸较小者为年代最为久远的三妈，已3百多年历史。
竹莲寺正殿上方大樑下左右各有一尊双手合十、张开翅膀的神像，为佛教知名的「乾闼婆」，据佛经《妙法莲华经观世音菩萨普门品》中记载观世音菩萨有32种化身，因应众生的需要而现身说法，乾闼婆即为其中之一，全臺湾仅竹莲寺有此设计。
正殿左右护龙十八罗汉神像，相传距今已有170多年历史，作者虽不可考，但凋塑形象十分古朴，还曾一度遭窃。但正殿观音妈指示十八罗汉相约出游，3年内必能找回，果然3年后被海关人员查获请回竹莲寺。
竹莲寺民国40年(公元1951年)的整修以当地人设计监造、当地人施作为主，因此庙内泥塑剪黏及交趾陶，多为名匠苏阳水（公元1894年-1961年）在臺期间传授的唯一弟子新埔朱朝凤(公元1911年-1992年)、人称「阿凤司」所作，少数为陈天乞(公元1906年-1990年)作品。特别是龙、虎堵交趾烧製工作，当时就在正殿后方堆窑直接烧製、现场按装，不仅做工相当精细、构图纯熟，也是当时少见的大型作品。立于次间的「韦驮」和「伽蓝」尊者泥塑塑身神像，也是朱朝凤作品，皆为竹莲寺镇殿之宝。
有别于一般寺庙使用铜製或石材的大香炉，竹莲寺的景泰蓝大香炉显得十分特别。