南崁五福宫的镇庙之宝，是道光3年（公元1823年）举行祈安建醮所留下之天炉(石香炉)，上面刻有「道光参年冬，南崁暨各庄，元帅庙，祈安建醮，捐缘众子弟同立」文字，至今已近200年历史。这座天炉与一般传统香炉设计不同，上方为八角型修饰，刻以花卉鸟兽，下方为立柱，直径57公分、高度80公分，重约达120公斤。因当地民众深信摸天炉可以带来好运，许多前往拜拜的信众，都会双手顺时针绕摸3圈许愿祈求。早年这座天炉因庙宇改建放置仓库收藏，被耆老发现后改移至大殿前展示。
南崁五福宫后殿有使者公蛇洞，也是臺湾唯一在庙内饲养锦蛇的寺庙，相传早年五福宫所在的营盘坑附近皆是大榕树，神蛇日出夜归以茅草庙为家，被视为神明的使者。神蛇虽不伤人，为避免惊扰香客，民国66年(公元1977年)，庙方重建后殿时，也兴建使者公蛇洞，而喂食使者公的鸡蛋由信徒奉献。
南崁五福宫内传统建筑艺术装饰，除了廖石城、徐清、黄龟理（公元1903年-1995年）的木凋，庙内交趾陶作品吸引行家目光，位于正殿左右龙虎壁堵，为日治时期大正14年(公元1925年)，出自泉州籍交趾陶大师苏阳水(公元1894年-1961年)之手，为目前苏阳水留在臺湾的少数作品之一，不仅是臺湾之宝，也是五福宫镇庙宝物之一。
南崁五福宫同治5年(公元1866年)增建圣蹟亭，供焚化字纸、祭文、祭器等，原本位于牌楼旁，为避免来往车辆撞损，民国94年(公元2005年)迁移至庙左侧金炉旁公园内。红砖建造两层亭身，每层翼角均有龙凤吉兽装饰，上面有「圣蹟」二字，旁边立有一石碑记载此事和详列各界捐款内容。