慈祐宫为三川五门三进(即入口有5个门，纵深有3个殿)的建筑，正殿有三层重簷，左翼钟楼与右翼鼓楼遥相对望，三川殿气派庄严，屋嵴并以双龙朝福、禄、寿三仙，取其保佑之意。屋顶装饰的剪黏、交趾陶作品，多数以龙凤图案、中国古代历史故事为主，中央门上书「慈祐宫」，龙门曰「左辅」，虎门称「右弼」。后殿是一座5层楼建筑，远望近观均呈现金碧辉煌气象。
位于松山慈祐宫大门口的一对石狮，刻于清朝嘉庆8年(公元1803年)，距今已有200多年历史，与一般庙宇门口的石狮造型有所不同，除较少繁複的修饰，线条呈现古朴之姿，且母狮子嘴巴为闭着，公狮子则开嘴吐舌，为象徵乾坤阴阳的镇殿之宝。石狮在庙殿翻修过程中，曾一度被废弃在他处，后来被发现重新置于三川殿前。
位于正殿神龛神桌上，来自大陆仙游妈祖总庙、造型古朴的妈祖神像，双手持笏于胸前，已有200多年历史，在大陆总共凋塑3尊，经福建莆田市之仙游仙霞妈祖庙来臺溯源，发现该庙妈祖神像係分灵自松山慈祐宫，文化大革命时曾避难于民家，其中1尊遗失，另1尊于民国101年(公元2012年)由松山慈祐宫连同「锡口天上圣母圣意牌」一起迎回臺湾。
目前由庙方珍藏的大殿的「锡口天上圣母圣意牌」，为清朝嘉庆、道光年间张姓船商自锡口妈祖宫恭请，并由庙方提供经费，回到大陆仙游供奉建庙，又自锡口妈祖宫分灵到仙霞妈祖庙。后来两岸关係断绝，直到民国101年(公元2012年)才又寻回，圣意牌见证「妈祖从臺湾回传福建」的历史。
松山慈祐宫开山祖师林守义来臺创建锡口妈祖宫后，见弘法有成并感念圣母庇佑，于清乾隆48年(公元1783年)回到家乡仙游另建一座妈祖庙「龙兴宫」，并获乾隆皇帝御赐「利济参天」匾额。此匾额因当时赐给龙兴宫，无法带回臺湾，衡真和尚遂与十三街庄居民再恭製一块，落款为「阖淡绅衿士庶所献」。民国100年(公元2011年)慈祐宫至大陆民家再寻回原古匾，两块匾额现已一同高挂于正殿。
位于松山慈祐宫后方松河街上，靠近堤防牆面的「松山慈祐宫石凋艺术区」，主要放置慈祐宫建立两2百多年来，前后经7次扩建与大火之后，庙殿内所遗留下来的各种石凋作品，包括龙柱、石堵等。其中最特别两根石柱，和一般的龙柱完全不同，上面刻有人物骑乘各种动物石凋装饰，颠复常人对于坐骑的印象，包括兔子、公鸡、青蛙、螃蟹等，由上而下依序绕着石柱排列，虽历经岁月洗礼，仍保存珍贵样貌。