臺北指南宫纯阳宝殿自建庙120多年来历经多次整修，现为3层楼建筑。目前的庙殿格局奠基于早年臺湾漳派木匠大师陈应彬（公元1864年-1944年），指南宫纯阳宝殿也成为他后期代表作品。纯阳宝殿于民国81年(公元1992年)进行整修时，外部改採坚固耐久的大理石材，屋顶则是首创中国南方建筑中的铜瓦屋顶，内部则以肖楠木、青斗石(Bluestone)、铜瓦等3样建材为主，殿内龙柱全由大陆泉州凋刻完成后渡海而来，凋工细緻栩栩如生。
纯阳宝殿前三川门楼高耸雄伟，香客朝山而上仰望气势磅礡。青斗石面上镂凋着精巧的中国传统神话历史人物，如印童、剑童、花童、茶童、门神飞仙、仪仗、乐班等，栩栩如生。花卉、鸟兽、云天环绕，门楼顶上，中央为双龙拱护火珠，两侧有双凤、飞檐(屋角向上飞起)生气盎然。另有6座镂石凋龙柱，两柱为双龙抢珠，两柱下层为人物、战马、鸟兽、鱼跃，展现动态的单龙柱，两柱为花卉鸟兽生态柱。各柱龙鬚、羽纹，自然活泼，为难得的艺术精品。
指南宫相传在民间有天下第一灵山之美誉，缘由来自当年指南宫主任委员高忠信，于民国80年(公元1991年)被推举为中国宗教徒协会理事长时，邀请包括佛、道、天主、基督、回教、天帝教、一贯道等各宗教领袖至指南宫聚会，众人对指南宫地理环境、视野绝佳大加称赞，「天下第一灵山」名称由此而来，纯阳宝殿上并悬挂有天下第一灵山匾额。
凌霄宝殿为指南宫四个宝殿(纯阳宝殿、大成殿、凌霄宝殿、大雄宝殿)中最高殿宇，屋顶最上层为闽南式风格，凋龙饰凤，中有飞艳珠，第二层为北方式屋顶，屋嵴上饰满仙云、走兽；牆壁壁饰、龙柱全由质地精良、少见的观音山石(安山岩Andesite)凋刻而成，并在重点部位漆上少许金漆，远观时，闪闪发光，为古朴、沉稳壁饰中加添些许华丽。这裡也是公元1969年美国好莱坞电影The Chairman《飞越北京》(或翻译为主席)当中毛泽东避暑皇宫，该片的男主角正是《罗马假期》电影男主角葛雷哥莱毕克(Gregory Peck)。