西港刈香与众不同之处在「刈香遶境」及「王醮」两部份同时进行。流程如下： 一、落庙：香科前一年农历正月9日玉皇大帝寿诞日，96庄代表召开会议。 二、杯选主会：香科前一年农历4月15日千岁爷寿诞日举行掷筊，由千岁爷钦定主会首、副会首、协会首、都会首及赞会首等。 三、择日：委由堪舆师选择办理香科日程。 四、船(舟参)仪式(舟参为船只龙骨之意)：包括定(舟参)、取(舟参)、造(舟参)、请(舟参)、安(舟参)、合(舟参)等顺序，由于民间信仰认为(舟参)是王船的灵魂来源所在，因此从选材、取得、制作过程，都必须有一连串仪式，以赋予宗教能力。 五、造船仪式：包括安龙目(赋予灵魂、活化生命)、安崁巾及安兽面镜(祈福避邪作用)、安梁头、王船竖桅(表示工程全部结束)、进水出澳(意谓船只正式启用试航，由众人稍微推动一下，再将水泼洒于船身、地面代表其意)。 六、杯选旗牌官、王船神职人员。 七、起造王府、竖灯篙：于香科正式开始前一个月起造。 八、南巡：刈香前半个月：由庆安宫千岁爷南下台南「南巡」。 九、请王：于刈香前2天，在南埔王船地恭请值年千岁及诸神明王驾，代巡圣临，并恭请千岁起驾回王府安座。 之后刈香遶境流程： 十、请妈祖：于刈香前1天前往鹿耳门天后宫「请妈祖」。 十一、刈香绕境：刈香一连3天，恭请千岁爷辖域96村乡遶境，场面盛大、参与行伍众多，包括60几顶神轿、50多团的阵头，大多由参与村落的神舆及文武阵头组成，并有开路先锋「蜈蚣阵」一连3天上场，为整个香科大醮典的重头戏。 之后王醮流程： 十二、王醮科仪：从刈香前1日，庆安宫举办王醮科仪(为道教醮典，仪式众多繁复，含「关祝五雷神灯」压制群邪以及「和瘟酌献」，藉由和瘟礼仪请邪灵远走他处)、王府行仪和宴王大典(王爷驻驾后，于送王前夕，摆设宴席款待王爷)。 十三、送王：行过「宴王」、「点舱」礼仪，再作「拍（打）船醮」为王船点召兵马众将打通航道开水路，恭送千岁押送瘟神疫鬼离境。
西港刈香遶境队伍内有多元的文武阵头，其中武阵源自香境内村庄间的联合与竞争，形成荣辱与共的小区空间，并藉由武阵凝聚情感，形成特有的「脚巾组织」，脚巾为阵头缠于腰间的长布，俗称脚巾，是早年轿夫、武师等劳动力较大的工作者使用，计有红、黄、蓝、绿、浅绿等5种颜色，是西港刈香的特色。
宋江阵为西港刈香境内保存最多的传统阵头，为台湾早年地方自卫武力，其他如金狮阵、白鹤阵、五虎平西都是由此变化出来，虽然原始战斗功能丧失，却成为宗教庆典最重要阵头之一。
蜈蚣阵为早期台湾宗教庆典中的连结型艺阁，需真人推动，组阁上的题材多为中国古代历史或传奇故事，并以12岁以下孩童装扮故事人物。是遶境队伍中最瞩目、最受欢迎的阵头。
「王醮」最后的送王仪式，由旗牌官清点王船上物品后，道士举行拍船醮，由香境信众合力齐拉至曾文溪畔南海埔的王船地，举行叩谢礼后「五主会」便分头点燃金纸烧化，恭送千岁爷回天庭缴旨，完成押送瘟神疫鬼离境。