南鲲鯓代天府佔地近6万坪，殿宇雄伟壮丽，古蹟本体为一座九开间三进两厢的建筑，由三川殿、正殿及后殿组成，正面角度貌似三座庙宇的组合，正中央是代天府，左右分置城隍衙、中军府。除了古蹟本体，整座庙尚包含民国60年代之后陆续修建的头门拜亭、万善走廊、香客大楼、凌霄宝殿、大鲲园与牌楼等。 古蹟本体外檐装修的主要材质为石材，花岗石和青斗石间杂，技法上则是凹凸凋并用，风格上多为日治时期修建手法。因为由泉州匠师王益顺于日治时期重建，在风格上仍保有许多泉州建筑特色，如山牆的金形鹅头坠、红砖底塑白灰与剪黏的山花。 三川殿的大木架构採取3座四垂顶并立的佈局，正面连成1线，但屋顶线条中高旁低、主从有别。正殿面宽三间，进深四间，屋顶为歇山重簷的四垂顶，内部使用三通五瓜式的大木构架。后殿与三川、正殿连为一气，同样为三开间，因此採光较暗，符合王爷阴神喜暗的特质。
民国72年（公元1983年）增建的山门，为亚洲地区最大的五门式木作牌楼。一般庙宇牌楼多为两立柱间加上「额枋」(即木结构建筑檐柱和檐柱间的横樑)，南鲲鯓代天府牌楼除剪黏、屋瓦和柱珠(柱子最下方防潮的基座)外，全部使用实木接榫建造，12根大木柱取自臺湾已禁砍伐的一整棵红桧木，直径约81公分、高14公尺，屋顶则以重檐设计更显壮观，是出自「溪底派」大木匠王益顺姪子王锦木（公元1909年-1996年）的作品。
凌霄宝殿内以黄金打造的纯金玉旨(即无形界最高主宰玉皇上帝所颁发的诏书指令)，高6.6公尺、宽2公尺、厚60公分，造价高达新臺币6亿元，是南鲲鯓代天府筹画半世纪，将历年信众为助造玉旨而捐献的大大小小黄金金牌，加上部分採购补足10,800两(约405公斤)共同熔铸而成，堪称全球最壮观的黄金玉旨。
位于正殿后牆的「金钱壁」是澎湖内埯内堑宫于日治时期大正15年(公元1926年南鲲鯓代天府重建时，以帆船载运咾咕石前来捐赠兴庙，每块「金钱」以正方形居中，四边作六角形而构成八角形的「八卦龟锦纹」，以象徵「迎财纳福」，成为特殊的装饰艺术。金钱壁右下方留有「大正丙寅年（公元1926年）澎湖郡西屿庄内堑宫敬献」之落款，证明南鲲鯓与澎湖两地的王爷信仰关係，臺湾仅此一堵。
南鲲鯓大鲲园的假山、流水、池塘和凉亭，深具中国江南古典风情，是香客来此进香时小憩之处。裡面设有「南鲲鯓文史馆」，典藏丰富的王爷信仰、历史沿革等文史资料，也可了解随着信仰传播与信徒迁徙，分灵而出的神尊逐渐扩散到全臺各地及分灵寺庙的分佈。
一、进香期(农曆)： (一)4月中下旬：第1个进香期逢大王爷李府千岁诞辰(4月26日)和五王爷范府千岁诞辰(4月27日)，此时为春夏之交，加上大王爷分灵庙较多，进香活动最为频繁。 (二)6月中旬：第2个进香期逢二王爷池府千岁诞辰(6月18日)和观音佛祖诞辰(6月19日)。 (三)8月中下旬：第3个进香期逢四王爷朱府千岁诞辰(8月15日)和万善爷诞辰(8月24日)。 (四)9月中旬：第4个进香期逢三王爷吴府千岁(9月15日)，由于三王爷日治以来的神蹟甚多，广受民间喜爱，分灵庙较多，热闹程度仅次于第1进香期。 二、仪式流程： (一)贴香条：告知庙方与周边民众进香团将来到南鲲鯓进香的事情。 (二)晋庙（神像登记）：包含拜谒、入庙、团拜和点兵等一连串仪式。在进香队伍进庙前要先行整队，由手持乌令(1种长细竹和竹叶支组合成的法器，用以驱邪)的人员在前端挥扫，驱除邪秽，随行的阵头和乩童会沿路摆排场。 (三)候香（进香团休息）：在乩童操五宝护驾下，神轿要行「踏四门」礼、三进三退犁轿大礼，神像才能落轿，进入暂奉区等待。 (四) 交香佮炉(合炉)：经过一番等候，进入正殿后，要行交香合炉，庙方神职人员将南鲲鯓庙的香灰杓入自家神明的小香炉。 (五)过炉：进香团人员捧神像和持法器，到内殿过内炉，以加持南鲲鯓五王的灵力。 (六)回驾（神像请出）：过炉之后，进香团即整队回驾。