位于海印寺外左前方的石门关，为金门着名太武山12奇景之一，是一座石楣、石柱带半圆拱，高度不到5公尺的小门，以石块堆砌而成。石门关上并有晚明儒将卢若腾所题横额「海山第一」4个字，根据「重建太武寺碑记」记载：「海上各岛，浯洲最着，诸岛名山，太武最着」。意思是海上各岛屿中，以金门岛最有名，各岛的名山中，以太武山着名。石门关性质早年可能为寺方的自卫设施，原来的石门关范围、石牆规模，也较今日规模更大，现已成佛寺山门。
位于海印寺大雄宝殿后山的古石室，为海印寺最古老的建筑，是利用巨岩之石洞，略加修整而成，据推测应建于宋明时期，形制颇奇特，人工与自然相接合的古建筑深具历史价值。
位置在大雄宝殿下方的安心石，原为海印寺建庙前庙地裡的一块花岗岩巨石，相传抚摸石头，可获得无上能量。在玻璃牆上并有注明祈福方式，以左手摸心、右手摸石，并默念佛号，即可让心情平静。
由安心石侧面进入的安心石室，裡面展示许多海印寺相关文物，包括历次整建所使用的建材、明代遗留下来的花岗岩，以及众多佛教书画。石室中最特别的是多尊年代已不可考的泥塑罗汉凋像，早年凋像全埋于地底，佛寺整修时虽重见天日，但多已呈现破碎状态。后来经专家修补后放置在石室内，每尊凋像恢復欢喜自在的表情，面部、肢体线条表现栩栩如生，且衣饰塑形十分细腻精巧。
海印寺后殿的大雄宝殿，约为公元1970年代重建，屋顶为歇山式，但前后屋坡有断线，样子有如重簷设计。顶层屋顶以硬山搁檩(一种建筑工法，就是横牆间距较小的坡屋面，把横牆上部砌成三角形，直接把檩条支撑在三角形横牆之上，可节省建筑材料)承重牆，下层屋簷为钢筋溷凝土与传统磉石建造。佛殿主祀释迦牟尼佛，正面宽3间，殿内只有2根后金柱，前面设一门，与一般佛寺常见的大雄宝殿格局不同，且外牆体以石条砌成，呈现朴实美感。
钟鼓楼位于正殿前方左右，和多数寺庙钟鼓楼与庙宇建筑主体连结一起的较为不同，为民国57年(公元1968年)所增建的龙楼、凤阁，其中钟楼内的古铜钟为清光绪24年(公元1898年)由一本禅师于日本募铸而来。
石像公园放置32尊海印寺主祀的观世音菩萨，佛像为佛教经典《妙法莲华经观世音菩萨普门品》中所载的32化身，各石像表现观音菩萨随众生机缘而顺应示现。