现今澎湖天后宫的格局样貌，为日据时期大正11年(公元1922年)所重修，当时主持重建工程者为原籍广东潮州匠师蓝木(公元1872年-卒年不详)，因此与当时臺湾寺庙建筑多以闽南风格为主有所不同。整体布局为3殿2院型式，包括三川殿、正殿及后殿的清风阁所组成，3殿之间共有2个天井分隔，并用护龙和廊道连接。因庙宇盖在斜坡上，入庙后随地形由外向内依序抬升，建筑外牆并使用澎湖特有的硓(石古)石为一大特色。庙埕进入三川殿之间的石阶，设计成多角形，由于臺湾庙宇石阶多设计成圆形或方形，多角石阶亦为独一无二设计。三川殿三开间，左右与护龙相接，主要为防风沙作用，是澎湖当地特殊建筑风格，也是刺花、彩绘等装饰艺术精华集中处。最精彩的木凋多以樟木表现，表现近代臺湾寺庙凋刻的精緻与写实手法，为华丽璀璨的木凋艺术立下典范。而牌楼看架上向前倾斜的弯枋(为牌楼面上成弯曲的枋木)、吊筒柱小凋花大、柱子多为「方形」，牌楼上的弯枋和连栱在紧接封柱处加斗等，均为潮州派澎湖匠师明显特徵。
放置于清风阁内收藏的「沉有容谕退红毛番韦麻郎」花岗石碑，高194公分、宽29公分，其年代为臺湾地区历史最久，有「臺湾第一碑」之称。石碑纪录明朝万曆32年（公元1604年），联合东印度公司由提都韦麻郎率领兵船来中国要求贸易，因在广州遇暴风，于是转至澎湖。明朝由福建总兵施德政(生卒年不详)派都司沉有容（公元1557年-1627年）至澎湖交涉，荷兰人乃退出，为纪念此一外交折冲成就而立碑。
位于三川殿步口(为房屋前面以屋簷延伸为顶的走廊空间)上方架栋的凋花，其凋刻手法因木匠受岭南画派影响，以内枝外叶的手法，表现出凹凸的前后层次，展现细腻工法，题材为历史故事或花鸟，为天后宫装饰艺术中最重要的部份，也是全臺庙宇中最优秀作品之一。
天后宫彩绘艺术「擂金画」，均施作于正殿神龛左右两侧，包括大楣有3幅、神龛有4幅，均出自福建漳州木匠「水林师」朱锡甘(公元1895年-公元1940年)之手，擂金画是庙宇彩绘技术中的异数，製作特色为使用金箔粉，画在尚未完全乾燥的黑漆底色之上，以金粉的疏密来表现浓淡，难度技巧高，但视觉效果则更加华丽高贵。擂金画在臺湾本岛不多见，澎湖也仅天后宫有多幅作品，题材以人物为主，是天后宫彩绘装饰重要成就之一，修护后已加装玻璃保护。
位于正殿神龛内的金面妈祖，头带后冠，雍容和蔼，清康熙22年(公元1683年)福建水师提督施琅（公元1621年-1696年）打败明郑守军攻佔澎湖，认为妈祖显灵保佑，因此，奏请皇帝于清康熙23年(公元1684年)敕封妈祖为「天后」、赐「金面」，庙名也改为「天后宫」。
位于正殿前方的屏堵，共有8扇门，日治时期大正12年(公元1923年)天后宫重修完工后，正殿原本为加装屏门，而是光復(公元1945年)后，为防止颱风雨水泼入而装设，分别凋刻花鸟与四季吉祥主题，象徵富贵与幸福同在之意。手法相当精巧，为木凋的上乘之作。
位在正殿左侧通道上方的「功庇斯文」匾额，为开澎进士蔡廷兰于清道光24年(公元1844年)考中进士回乡祭祖，适逢天后宫道光25年(公元1845年)重修完成，为感谢妈祖庇佑学子，特赠此匾。匾额以黑底金字阴刻文，十分特别，匾额原大正12年（公元1923年）重修完成后挂于清风阁二楼，目前移至正殿左侧通道上的第二进前落东次间上方。
后殿的清风阁又称公善楼，为当时文人聚会之处，为日据时期大正14年(公元1925年)天后宫改建后增加的建筑，取名清风阁为登高楼清风徐徐而来之意，许多木凋细部，皆反应出潮州建筑特色。清风阁内部主要为陈列澎湖天后宫历史文物与旧照，其中包括「沉有容谕退红毛番韦麻郎等石碑」、荷兰人所绘的「澎湖港口图」、天后宫改建碑记拓本、「功庇斯文」匾拓本，以及以往的修护纪录图册、和天后宫与重修时拆卸的旧料构件等。