雷藏寺建筑风格为重檐歇山顶的传统庙宇建筑，主体包括大雄宝殿及左、右两厢房、金母殿、西方境、尊胜陀罗尼塔等，大雄宝殿、厢房及金母殿以金色琉璃瓦为顶，外牆搭配白色水泥，大雄宝殿屋顶两侧有6面山牆，凋刻佛教密宗特有的十字金刚杵(代表定、专一，象徵摧灭三毒与一切魔障，显出佛、菩萨、金刚的威神之力)，是雷藏寺与众不同的标记。
雷藏寺由三栋主建筑物构成，包括大雄宝殿及左、右两厢房。大雄宝殿挑高7层楼，殿堂内面积达5百坪，为臺湾室内庙殿最高的寺庙建筑，大殿内四点金柱为须弥龙柱，刻有诗偈：「请多唸佛佛现前，请常持咒空行仙。坐禅观想证空性，诸善奉行济世人。」地板则舖设西班牙进口米黄色特级玉皇石，四面迴廊使用巴西进口花岗石建材，让大殿呈现雄伟之姿。殿内供奉的阿弥陀佛、观世音菩萨、大势至菩萨金身高32台尺；文殊菩萨、普贤菩萨高26台尺；韦驮菩萨、伽蓝尊者金身高22台尺，殊胜庄严。
位于大雄宝殿下方分为佛部、金刚部、莲华部、城隍殿、财神殿，供奉佛、道、密宗等神祇，包括莲花童子、无极瑶池金母大天尊、五方五佛、真佛宗八大本尊、四大天王，左侧为城隍菩萨，右侧为红财神。
雷藏寺左侧山坡上矗立一座高8公尺的密教着名佛顶尊胜陀罗尼塔，塔身刻有「尊胜陀罗尼咒」，可供信众在塔上以清淨心绕塔、唸佛、持咒，信仰者相信如此可以趋吉避凶。