全臺罕见「双宫奇景」的长和宫与水仙宫，外观为两座宫庙主次双轴平行并列的格局，内部建筑格局相似，虽为不同时间兴建，但应出自同一批匠师系统。长和宫为三进三开间带两廊，第一、二进中夹有天井，拜殿屋顶为捲棚式，採用叠斗座狮，中轴线地板镶有拜石，正殿屋顶以四点金柱架构出三通五瓜，再以后副点金柱形成封闭神龛。后殿为主祀观世音菩萨的「竹安寺」，屋顶也採三通五瓜设计，屋顶稍低于正殿。而同治年间兴建的水仙宫，为二殿二廊式建筑，两庙间隔一巷子，以员光(位于通樑下方，以加强樑柱结构稳定性的较短木造构件)门相通，和长和宫连为一体。步口员光为书卷造型，是较特殊之处，三川殿前后大木构架相对称，为少见作法，民国87年(公元1998年)水仙宫也公告为新竹市市定古蹟。
据载宋太宗雍熙4年（公元987年）妈祖仙逝后，湄洲祖庙保存着其升天后所遗留的一束头髮，并分成3份製成3尊软身神像。相传长和宫正殿内主祀的湄洲祖庙正三妈软身神像，其髮髻来自妈祖遗世真体而弥足珍贵。原来臺时所着凤冠霞披、锦绣袍裙、三寸金莲履和绣花荷包，已超过270多年历史，均已由庙方收藏。
目前由庙方收藏的镇殿之宝「七宝铜炉」，为明朝宣德年间（公元1426年-1435年）铜炉的彷製款，形式十分古朴，而另一只红纹玉石香炉，为清嘉庆25年(公元1820年)恭製的极品，上面刻有「天上圣母」字样。
长和宫与水仙宫的彩绘，出自国宝级彩绘大师潘丽水(公元1914年-1995年 )之子潘岳雄(公元1943年- ) 採用「披麻抓灰」(在木材表面抹灰打底、填补裂缝，再披上麻布、刷灰、上桐油漆，让表面平整后才作画)的方式所作，包括明间的门神「秦叔宝」、「尉迟恭」，以及次间的宫女和屋架上的梁柱，多绘以历史人物和花鸟，几乎无处不彩、无处不画。