新庄文昌祠的主神为文昌帝君,又称为文昌梓潼帝君、梓潼帝君或文昌君,是主掌功名、保佑学子文运与考试的神祇。在清代,淡水厅一共有5座文昌祠,第1座于嘉庆8年(公元1803年)兴建于厅治东门(今新竹)、接着第2、第3座于嘉庆18年(公元1813年)建于新庄与芝兰保(今士林)、同治2年(公元1863年)又于枋桥街(今板桥)兴建文昌祠,至同治6年(公元1867年)年第5座文昌祠建于桃仔园(今桃园)。在5座文昌祠中,新庄文昌祠早于嘉庆年间即兴建,可见当时的新庄已经从早期的移垦小区,转型贸易枢纽;此时仕绅开始注重文化教育及科举功名,文昌信仰亦在嘉庆6年(公元1801年)纳入国家祀典。对于县丞来说,兴建文昌祠等同于推广文风端正士气,为施政的一大政绩。
而在清嘉庆18年(公元1813年)前,新庄一带并没有文昌庙,新庄文昌祠的主神文昌帝君,原本为供奉于新庄慈佑宫偏殿,欲向文昌帝君祈求功名的文人均需到慈佑宫参拜。慈佑宫是新庄地区第1座地方公庙,又被称为「新庄妈祖庙」,主要祭拜妈祖、观音和文昌帝君,始建年不详,现今只能确定清雍正7年(公元1729年)时即存在,并于乾隆18年(公元1753年)从妈祖庙正式改名为慈佑宫。嘉庆18年(公元1813年),由于慈佑宫年久倾颓,艋舺县丞曹汝霖(1877-1966)倡议修建,在修缮工程竣工之后尚有余款,他因此提仪于慈佑宫之右侧兴建文昌庙,独立供奉文昌帝君,并于庙旁设置义塾,为大台北地区第1座文昌祠。
嘉庆年间兴建的文昌祠,培养了不少贡生、秀才,不过随着时空发展,空间逐渐不足,到了光绪元年(公元1875年),艋舺县丞傅端铨(生卒年不详)邀集仕绅陈式璋(生卒年不详)等人捐资,将文昌祠迁到位于大嵙崁溪畔的现址(今碧江街);一来扩建祠宇,现址面积为原址的3倍多大,为三开间二进二廊的四合院式建筑;二来于文昌祠左侧护龙设置崇文阁,作为义塾及祭典使用。
日治时期,日本人为统治方便,全面推展学校教育,教导台湾人日语。因此在明治31年(公元1898年)新庄办务署署长山雄熊式即在新庄文昌祠设立「台北国语传习所新庄分教场」;同年,待公学校令发布之后,改「台北国语传习所新庄分教场」为「兴直公学校」,直到明治45年(公元1911年)「兴直公学校」新校舍(今新庄国小)落成后才全数迁离文昌祠。公学校的设立,取代了原本义塾的功能,但崇文阁仍持续汉文补习教育,直到日治末期,日本人强行推动皇民化运动,禁绝汉文教育,同时禁止民间信仰,文昌祠的香火遂逐渐凋零。
光复后文昌祠快速地选出管理人并于民国37年(公元1948年)举办祭孔仪式,希望恢复文昌祠香火,但民国38年(公元1949年)国民政府来台后,总统府保管历史档案的单位迁入文昌祠办公,为因应档案存放,将三川殿、拜殿以及两过廊靠内埕的地面凿洞,并加装木构隔间,一直到民国50年代初期,各单位才陆续迁出;民国60年(公元1971年)镇公所又借用文昌祠设立「明德幼儿园」,因为长期不对外开放;文昌祠的宗教信仰一度中断。
所幸在民国71年(公元1982年)文化资产保存法通过后3年,新庄文昌祠经过审定为3级国家古迹,「明德幼儿园」也于民国76年(公元1987年)迁出,民国80年(公元1991年)新庄祠重启山门,恢复过往祭仪,翌年更扩大举办文昌帝君诞辰祭礼,现今作为重要的文化资产及信仰中心,不少考生均特别至新庄参拜,香客络绎不绝。
新庄文昌祠的建筑极具特色,典雅静素,凡到这里的香客、学子都会自然产生崇敬之心。首先,其建筑形式是标准传统四合院式格局,依序有三川殿、拜殿及正殿,三川至拜殿间是内埕,而拜殿与正殿屋顶连结在一起,因此仅有两进。庙门外则是前埕和山门。三川殿为硬山单脊燕尾屋顶的三开间建筑,其后则为两侧带廊的内埕,廊的屋顶虽为卷棚式作法,惟匠师却在侧向(靠近丹墀面)加上了单檐燕尾顶,具有强化重要部位之效果。内埕之后则是庙宇主体所在的正殿,亦为硬山单脊燕尾屋顶。祠的右侧则增建有附属的厕所,左侧曾有已遭拆除的护龙,依现有遗址推测,属倒 L形格局。目前文昌祠的东厢房建有文物馆,为举办学术讲座或文物展示之处所。祠堂的建筑典雅静素,凡到这里的香客、士子都会自然产生崇敬与祥宁之心。
文昌祠的大木作与承重墙并用的混合式构造,外观色彩主要由屋顶的黄、檐口的蓝绿及大门的红构成,屋架则以红黄为主色,青绿、蓝白、金色为辅。建筑整体以木作工艺装饰,庙内石雕简约,外型质朴。特别的是新庄文昌祠的柱体均未见任何对联,也没有捐献者或当地仕绅的题字,据在地人的说法,新庄人将文昌祠当作孔庙来崇敬,而文庙按惯例不题楹联(不敢在孔子面前卖弄文章),亦无门神、神轿或辇椅,藉此象征士人古拙朴质之风格。正殿现存1面「世范仪着」匾额,是道光4年(公元1824年)由新庄县丞詹英敬题。祠内照墙上生动的麒麟出自彩绘名师陈玉峰之子陈寿彝(1934-?)之手,另正殿内亦挂有陈寿彝两幅传统吉祥彩绘画作,一幅是以玉兰和牡丹为主体、珊瑚等吉祥物品陪衬,称「玉堂富贵」;另一幅以佛手搭配水仙、灵芝构成吉祥图案,称为「芝僊(仙)祝寿」。
新庄文昌祠中除奉祀主神文昌帝君,于正殿外及其左右侍神天聋、地哑,左厅祀奉魁星星君,和一般文昌庙比较不一样的是,新庄文昌祠还有瘟祖殿及禄马殿。新庄文昌祠瘟祖殿的设立是仿效四川梓潼县文昌帝君祖庙。梓潼地区认为人畜生病、庄稼虫害都是因瘟神所害,传说文昌帝君曾化为「瘟祖」(瘟祖的形象是黑脸怒目,1手持宝剑1手为鹰爪以去邪避灾、收瘟除秽),保佑人畜兴旺、五谷丰登,因此特别祭拜文昌帝君化身的瘟祖。新庄文昌祠是台湾所有文昌庙中唯一祭拜瘟祖的寺庙,为该庙特色。另外,文昌祠在东厢特别设置了禄马殿,殿内为驾马的文昌帝君塑像,两旁由印童和书僮先子随侍。相传文昌帝君的坐骑「禄马」是1只马头、骡身、驴尾、牛蹄、全身雪白的神兽。在当地一向相信「禄马直直跑,官位步步升」,因此文昌祠在扩建时就特别在东厢设置禄马殿,希望取其「附骥千里、一跃龙门」的涵义,保佑信众求取功名。于此,文昌祠主委特别强调,新庄文昌祠不仅保佑信众的功名利禄,也保佑信众的健康。
照壁的「麒麟」生动细腻,出自于陈寿彝(1934-?)之手。
正殿现存1面「世范仪着」匾额,是道光4年(公元1824年)由新庄县丞詹英敬题。
建筑本体主要以木作工艺装饰,雕镂不施铅华,全祠石柱素净,无诗文楹联,藉此谕示士人古拙朴质之风格。