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1.具高度历史、艺术或科学价值者：护济宫创建於清乾隆年间（西元1736-1795年），做为地区信仰的中心，保存麻豆地区特有的传统文化活动「十八媱」，其二百多年间的庙宇历史，见证地方发展过程，具有重要文化及历史意义。建筑装饰包含大木作、泥塑剪黏、彩绘、雕刻等甚多名师之作，具高度艺术价值。
2.表现各时代营造技术流派特色者：现有建物大致为民国44年（西元1955年）重建之形貌，但保留清末传统庙宇风格，整体格局形制完备，庙体木构架与承重砖墙保存完整，构件精致。重建时大木作、剪黏、彩绘等工项聘请国内知名匠师施作，极具传统庙宇建筑之美感与特色。民国107年（西元2018年）完成之修复工程均循保存原样之原则进行，增添当代修复技术特色，亦为当代修复史之见证，有助於文化资产价值提升。

麻豆护济宫创建於清乾隆年间（西元1736-1795年），主祀湄州妈祖，配祀注生娘娘与福德正神。明代末年，湄州妈祖渡海，为先民来台的保护神，护济宫创建之後，香火鼎盛，於乾隆末年在周边形成热闹街市。清道光年间（西元1821-1850年），麻豆分出顶街与下街，顶街在上帝庙四周，下街即是以护济宫为中心。

护济宫为麻豆地方信仰之中心，麻豆地区的着名传统活动「十八媱（嫐）」（迎暗艺，或称迎暗香）就是从这里发迹，早年与盐水蜂炮齐名，後来日本时代被下令停办，直至民国87年（西元1998年）才复办。目前庙体重建於民国44年（西元1955年），迄今也超过50年。

护济宫的创建年代在麻豆区域属於相当晚，不仅晚於清雍正年间（西元1723-1735年）在水堀头的关帝庙、清乾隆初年的北极殿，甚至也晚於在倒风内海内诸多内港口之妈祖庙，原因导源於汉番势力的消长。在清乾隆中期汉番势力渐增，原本的麻豆社人除了融入汉人社会，也外迁到官田或其他地区；而原本以水堀头为核心的街市，也转移到後来的麻豆街，於是陆续开始有庙宇落成，而护济宫亦在清乾隆46年（西元1781年）创建。

清乾隆51年（西元1786年）爆发林爽文（西元1756-1788年）事件，护济宫被毁，弭平事件後於清乾隆58年（西元1793年）由麻豆保头人石泮水（生卒年不详）提议重建庙宇，当年重建时已经有其他聚落所奉献之牌匾，可见护济宫在当时已经扩大祭祀圈，成为一方公庙，非其他聚落的角头庙。可惜并未有详细文字资料记述，无法得知其祭祀圈实际之涵盖范围。

从之後的多次重修规模来看，於清道光15年（西元1835年）重修，即由麻豆保总理郭振煌（生卒年不详）所发起，并献「光昭谷里」匾额。此时护济宫已经是麻豆保之公建庙宇，许多庙会活动也由护济宫的妈祖主理其事，甚至日本时代的庄（庄）役场、信用组合亦曾设在护济宫内，可见其在麻豆街上之公共事务里占有重要地位。目前最後一次修建则在民国44年（西元1955年），为今所见的护济宫规模。

清期时，护济宫可算是麻豆保的公共建筑，依例由麻豆保总理主事，而保内的迎香绕境等宗教活动，也尊护济宫的天上圣母为主事。当年麻豆街上有名的民俗活动「十八媱（嫐）」（即迎暗艺，或称迎暗香），每年的元宵节之际，由顶、下街阵头拚场，下街即以护济宫为主体，并由所奉祀的地藏王菩萨押阵。媱（嫐）是女性轻佻之意，因为拚场时的阵头都会装扮成女性在街上扭腰摆臀；而十八则有年轻或者十八般武艺的意思，也有人认为代表是农历正月十八日举办。

除了主祀妈祖信仰，日大正2年（西元1913年）护济宫右侧设置金莲寺，将原本於庙中奉祀的地藏王菩萨移祀过去。此外，比较特别的是护济宫也设有鸾堂（称为复明社勖善堂），开设於民国40年（西元1951年），庙里的管理干部多同时兼任鸾堂执事。

当年皇民化运动时护济宫衰颓，但战後鸾堂兴盛，引来不少信徒，护济宫也随之再度兴起。鸾堂是以「扶鸾」为主要仪典的宗教团体，也称为「斋教」。神明透过扶鸾表达神意，信徒再以笔记录，内容多是诗词歌赋，教导人们行善行德。这些纪录集结成书，称为「金章」，勖善堂已完成十科金章，最後一部为「激浊扬清」金章，民国85年（西元1996年）成书，隔年出版。目前已经不再扶鸾，但其堂务还是正常运作。

麻豆护济宫位置坐北朝南，空间格局方正，由三川殿、过水廊与正殿组成，为二进一落的合院建筑。现今样貌为民国44年（西元1955年）重修，根据口访资料，当年重修时间与兴建麻豆代天府同时，所以护济宫直接聘请参与代天府工程的匠师们加入护济宫重建工程。

目前可考的参与匠师有漳州派大木作陈专琳（西元1909-？年，人称「煌司」，薪传奖得主）、剪黏与泥塑由陈专友（西元1911-1981年，陈专琳之弟）与石连池（西元1904-1981年）联手负责，而府城彩绘名师陈玉峰（西元1900-1964年）与其子陈寿彝（西元1934-2012年），亦有参与庙里的彩绘。