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清乾隆至道光年间（西元1736-1820年），闽客与漳泉为争夺地盘而械斗频繁，使原本定居在彰化平原的漳州人与客家人，在械斗中不敌人多势众的泉州人而被迫迁移他处，二百余年来仅遗留下南靖宫这座庙宇见证着漳州人移民鹿港的过往。

清乾隆时期（西元1736-1795年），福建漳州府南靖县商人为祈求平安渡海来台，所以从故乡奉请「关圣帝君」圣像，并於清乾隆48年（西元1783年）集资建庙。早期南靖宫香火鼎盛，原为专属於漳州移民恭奉的信仰中心，并一度与龙山寺、地藏王殿与天后宫，合称鹿港四大灵庙。

鹿港南靖宫为三川殿与正殿构成二进一院的格局，曾於清嘉庆5年（西元1800年）、清道光20年（西元1840年）由漳州的商人重修二次，庙中亦保留许多文人与匠师的作品，例如门神为秦叔宝（西元571-638年）与尉迟恭（西元585-658年）彩绘，是鹿港匠师王鍚河（生卒年不详）之作品；正殿瓜梁结构、神龛等雕刻，由李松林（西元1906-1998年）、李秉圭（西元1948-）父子施作等，由此可见南靖宫除了见证漳州人移民鹿港之历史外，建物本身亦具有丰富的艺术价值。

清康熙22年（西元1683年），施琅（西元1621-1696年）灭明郑政权，清廷於次年采纳施琅等人的建议，颁订三条海禁，限制船只及人民来台，但因福建省的泉、漳米粮不足，所以台湾与中国商人仍贸易来往频繁。早期福建省漳州府的南靖乡民，为祈求渡海来台顺利，奉请原乡的关圣帝君同行，在平安抵达鹿港後又经商顺利，於是这些「厦商」有意为关圣帝君集资兴建庙宇，故於清乾隆48年（西元1783年）以厦郊名义在当时庙前为船筏碇泊之所，旧称「港墘」的埔头街现址兴建南靖宫。

鹿港有三座以原乡移民为信仰性质的「人群庙」，南靖宫为其中一座，虽以前专属福建漳州府南靖县移民的信仰，但於清乾隆至道光年间，台湾漳、泉、闽客族群间为争夺地盘而械斗频传，因不敌人数众多的泉州人，使居住於此的漳州人与客家人被迫迁移他处，而南靖宫也由泉州地方仕绅接管，丧失人群庙性质，成为埔头街附近居民祭拜的「角头庙」。

鹿港南靖宫经过多次修整，清嘉庆5年（西元1800年）创建时，由於庙宇的面积太小，导致不敷使用而扩建，并摇身变成壮阔的宫庙。清道光20年（西元1840年）因建筑老旧，由厦郊商人捐款重修，之後历经百年也无修缮，以致庙貌倾颓。民国58年（西元1969年）商人曾吉庆（生卒年不详）与高雄三保宫分别出资修整前殿和後殿，经过2年完工，民国89年（西元2000年）南靖宫被指定为县定古蹟後，曾於民国92年（西元2003年）进行修复，隔年完工，完整保留鹿港南靖宫的文化资产。

鹿港南靖宫为单间二进一院的建筑格局，特色为面宽窄、进深长，也因宽度较窄，在施作方面，屋身兼具承重墙构造，仅以墙身支撑屋顶，屋顶设计为硬山搁檩式，本身除了桁木和落柱之外，并无其他纵身方向构架。

外观古朴的鹿港南靖宫，与一般庙宇不同之处，在於庙门两侧的门扇并无精致生动之雕饰，仅有简单的红底金字书法及门楣上方斗拱与南靖宫字样；门神为秦叔宝（西元571-638年）与尉迟恭（西元585-658年）彩绘，是鹿港匠师王鍚河（生卒年不详）之作品，其风格沿袭鹿港郭氏彩绘的风格，技法细腻且严谨；正殿瓜梁结构、神龛等雕刻，则是由薪传奖两位大师李松林（西元1906-1998年）、李秉圭（西元1948-？年）父子施作；正门两旁对联，为鹿港文人朱启南（西元1879-1974年）所撰；庙内天井的左边书法是鹿港书画家王汉英（西元1915-1981年）的墨宝，右边则为鹿港书画家王重五（生卒年不详）之作品。

鹿港南靖宫正殿主祀关圣帝君，庙方敬称为伏魔大帝，正殿两侧供奉关平太子与周仓将军，为护法将军随伺左右；内部亦配祀文魁星君、谢府元帅、马爷公与赤兔马，以及神器青龙偃月刀。正殿上方所悬匾额「义凛春秋」，是近代鹿港书法名家欧阳锦华（西元1924-2012年），於民国59年（西元1970年）南靖宫重修时所书，而「义勇凌云」匾额则是民国60年（西元1971年）整修竣工後，庙方祈安祭典时，由陈百川（西元1897-1987年）所留。

鹿港南靖宫不仅记录漳州府南靖移民曾移居鹿港的经过外，也见证鹿港港口淤积成陆地的历史，而庙内所保存着鹿港出身之名家作品，亦具有相当保存价值。