清康熙20年（西元1681年）福建水师提督施琅（西元1621-1696年）率兵攻克台湾，清廷为表彰而封其为靖海候，更在澎湖兴建施将军庙做为施琅的生祠，原址在旧称妈宫澳东街，与海坛馆为邻。
清道光12年（西元1832年）之後的施将军庙除了供奉施琅之外，兼入祀武职亡故者的神主牌，因而改庙为祠，今日的施公祠是日大正3年（西元1914年）庙地遭到日本政府徵收，施公祠与海坛馆一同迁入原属海坛标兵的伙房，由施琅部属之後代项秀明（生卒年不详）重建。
施公祠斜前方的古井为万军井，关於万军井的由来众说纷纭，相传施琅率兵前往攻打台湾时，为了解决数万兵马饮水之急，用宝剑戮地成井，并藉此凝聚清兵的作战意志。
施公祠原称施将军庙，所祭祀的施公即是施琅，原庙位於妈宫澳东街，与海坛馆为邻。清道光12年（西元1832年）《澎湖续编卷上．地理纪．庙祀》指出，施将军庙是「施琅平台有功，封靖海侯，官民建祠祀之」，是施琅仍健在时所建的一座生祠。
嗣後，通判蒋镛查在澎奉差因公遭风殁於王事者，皆无专祀，所以筹捐铜钱三十二千文，发交盐馆生息；又筹捐铜钱四十千文，移营生息，附祭各木主於此以报之。施将军庙在清道光23年（西元1843年）重修，这次重修由海坛右营戍澎各队目兵丁等人集资，在祠庙内嵌入「重修施公祠碑记」，从石碑内容可以知道清道光23年（西元1843年）施将军庙就已改为施公祠，而从施公祠内供奉的神主牌位，推测清道光12年（西元1832年）之後，施将军庙不再做为施琅的专祠，而兼入祀武职亡故者的神主牌，因而改庙为祠。
日大正3年（西元1914年）施公祠的庙地遭到日本政府徵收，施公祠与海坛馆一起迁入原属海坛标兵的伙房，由施琅部属之後代项秀明重建，於民国59年（西元1970年）重修。
施公祠外侧右前方有一口井，原本名称妈宫大井，尔後又有万军井、施井、大井、师泉井之称，关於万军井的由来众说纷纭，有加以附会成施琅为了解决数万兵马饮水之急，以宝剑戮地成井，并藉此凝聚清兵的作战意志。
施公祠主体建筑的基本格局为传统三合院配置，平面布局属於单落两厢带拜亭之建筑格局，以正殿为主，拜亭位於正殿前方，两侧配以护龙，正殿和护龙围起内埕空间，护龙之间建造高耸的院墙，院墙开辟院门与砖砌八角窗，院门上方有门额，门额内书写「施公祠」，门旁对联「施门心路史家论；公庙威仪菊岛瞻」，穿过院门後是内埕，院墙与院门界定出施公祠内外空间。
建筑构造是由承重墙体和木构架所混合构筑而成，民国59年（西元1970年）重修时加入R.C构造，施公祠的四面墙面皆由密实的承重墙体所围绕，使得室内空间显得封闭，厚重的墙体是使用咾咕石与碎红砖混砌而成，并以灰浆粉饰表面。
正殿面宽三开间，构架是由四根R.C点金柱所构筑而成前後用二柱，後二柱之间设置神龛，神龛内主祀施琅神像，配祀五帝爷、天上圣母、海坛城隍等祀神，供桌两旁供奉谢将军与范将军神将，谢将军的颜色为绿色，不同於台湾本岛常见的白色，是受福州神将所影响，正殿的右侧墙前供奉数座清代的神主牌位。
施公祠内尚保存与海坛馆有关的文物，主要有清道光15年（西元1835年）澎湖水师协副将詹功显（西元1779-1854年）所献的「寰海皆春」，匾额的年款「道光十五年岁次乙未葭月吉旦」，题记为「护福建澎湖水师副总兵官詹功显敬立」，以及日明治31年（西元1898年）由海坛镇将兵後人所献的「福曜海山」。
万军井位於施公祠斜前方，其井三边皆是房舍，整体环境相当狭隘，万军井於地平面下的井身是由卵石与清水砖构筑而成，地平面上的井口是由红砖与沙浆叠砌而成。
日明治31年（公元1898年）海坛镇将兵后人所献的「福曜海山」匾
清道光15年（公元1835年）澎湖水师协副将詹功显所献的「寰海皆春」匾
施公祠祀神像；施公祠原称施将军庙，所祭祀的施公即是施琅。
清道光22年（公元1842年）大妈宫天后娘娘香油公石碑