妈宫城隍庙主祀城隍尊神，「城」指城墙，「隍」则是围绕城墙的护城河，城隍原是城池守护神，从自然神演变为阴间司法体系的司法神，在汉文化信仰观里是官民共祀的神只，敬仰城隍为兼施阴阳两界，职司福善祸淫的公正之神。因而妈宫城隍庙不仅为马公居民所祭祀，更属於澎湖全境的阖澎庙，广受澎湖居民信仰，在澎湖民间信仰庙宇中享有崇高地位。
清乾隆42年（西元1777年）澎湖海防粮补通判谢维祺（生卒年不详）以文澳城隍庙狭隘非敬神之道，倡议在妈宫另建城隍庙，乾隆44年（西元1779年）竣工。今日所见的建筑格局与庙貌为日治昭和8年（西元1933年）地方人士所发起重建，主体为面宽五开间的三落两护龙带拜亭之建筑格局。
澎湖庙宇许多，以前即有「公庙」与「私庙」的分别。公庙又称阖澎庙，大部分建於清代，阖澎庙属於全澎湖岛境内村民共同供奉，包含妈宫城隍庙、天后宫、观音亭、三官殿及武圣殿。
澎湖有文澳城隍庙与妈宫城隍庙，又以文澳城隍庙历史最悠久，并间接促成妈宫之创建。据〈妈宫城隍庙残碑〉内容记述，澎湖在雍正年间已有文澳城隍庙的祭祀纪录，庙址就在厅署衙门旁。乾隆42年（西元1777年）澎湖海防粮补通判谢维祺以文澳城隍庙狭隘，非敬神之道，倡议在妈宫兴建城隍庙，此议获得台湾知府蒋元枢（西元1738-1781年）支持并捐俸相助，乾隆43年（西元1778年）兴工建庙，乾隆44年（西元1779年）竣工。
城隍庙自建成以後，分别在乾隆、嘉庆、道光年间重修，但在清光绪10年（西元1884年）中法战争遭受战火波及烧毁，战後於清光绪11年（西元1885年）由通判程邦基（生卒年不详）捐俸并率领仕绅出资重修。清光绪15年（西元1889年）厅署迁移至妈宫，妈宫城隍庙的官祀地位更为巩固，奠定妈宫城隍庙阁澎庙的信仰地位。
日治时期城隍庙的官庙性质不再，日本当局对城隍信仰不再支持，地方人士锺红樟（生卒年不详）、许合发（生卒年不详）等人於日治昭和8年（西元1933年）发起重建，形成今日城隍庙庙貌与建筑格局。
妈宫城隍庙的主体为面宽五开间的三落两护龙带拜亭之建筑格局，建筑左右对称，构造是由承重墙与木构架系统所共同构筑而成。
正殿与拜殿相连成二间式纵深，山墙成为双连式，室内形成连贯性的空间，室内仅能从正面采光，使得室内终日阴暗而有深邃幽黯的氛围，藉由空间营造来强化城隍神格为阴间司法神的性格。正殿设置木隔屏作为神龛，神龛内供奉尺寸巨大的城隍神像，神龛前的顶桌安奉「灵应侯令」令牌，顶桌与下桌之间摆放座椅，下桌桌面摆放笔架、毛笔、砚台、墨水、朱砂、夜役签筒与火签、刑杖签筒与火签，神龛两旁分列尺寸巨大的文判官与武判官神像，文判官左手持《判册》、右手持毛笔，武判官右手高举钉棍，正殿两侧分列4尊尺寸巨大的鬼差神像，左侧蓝肤色的鬼差持钉棍、洪肤色的鬼差持鲤鱼枷，右侧棕肤色的鬼差持三叉杖、红肤色的鬼差持铁链，正殿陈设出城隍办公的公堂情形。左右护龙供奉六司，左护龙供奉褒善司、阴阳司、注禄司，右护龙供奉罚厄司、速报司、注寿司，六司为城隍的行政幕僚，各有其职司，协助城隍处理相应的行政业务。正殿的左稍间供奉注生娘娘，右稍间供奉临水夫人。
山川门室内左侧供奉谢必安（七爷）与排爷，谢将军手持羽扇与火签，右侧供奉无救（八爷，或称范无赦、范无咎）将军与排爷，范将军手持范将军手持雨伞与火牌，谢、范将军是负责执持拘缉，排爷是城隍麾下负责执杖行罚的皂隶，所以神像手持杖板（竹杯）。
三川门高挂清光绪12年（西元1886年）通判程邦基（生卒年不详）献的「你来了」匾，寓意所有人死後灵魂都要到城隍庙报到，「你来了」匾对面高挂尺寸巨大的算盘，算盘上对联「世事何须空计较，神天自有大乘除」，寓意人死後在城隍庙清算此生的善恶功过。程邦基同时献给城隍庙「悔者迟」匾，从城隍庙内的匾额到柱子对联等散布在建筑物上的文学作品，都在在突显城隍作为司法神的神格，也意在提醒世人修身处事。
三川门两边分别竖立谢将军、范将军、班头的神像。照片为谢将军与班头，分别职司缉捕的任务。
城隍为司法神，城隍神像前陈设办公文具，模拟古代司法官员办案的公文桌。
正殿明间神龛内供奉尺寸巨大的坐姿城隍神像，两旁供奉立姿文判官、武判官神像，这三尊神像是信徒祭拜、凝视的对象。
三川门中门门楣上方悬挂巨大的算盘，象征计算人一生的功过，有警示世人之意。
「你来了」匾，寓意所有人死后灵魂都要到城隍庙报到。
妈宫城隍庙的主体建筑格局为面宽五开间的三落两护龙带拜亭之建筑格局
清光绪12年（公元1886年）石碑记录妈宫城隍庙在中法战争结束后重修的历史。
正殿明间左右各竖立二尊尺寸高大、持不同刑具的鬼差，呈现阴间司法衙门情景。照片为鬼差的其中一尊，手持枷。