六堆天后宫在清嘉庆8年（西元1803年）创建，是六堆最早兴建的妈祖庙，百年来在六堆的民间信仰中享有崇高地位。这座妈祖庙与区域发展有着紧密的关系，庙内保存的〈奉宪封禁古令埔碑〉是族群关系与地方史的重要史料，而清代每当六堆出兵皆是在六堆天后宫誓师，妈祖柔和且具母性特质的象徵，成为出征者与地方居民祈求生活安定的对象。
历经清代几次修建後，目前属於两落带拜亭之建筑格局，拜亭位於三川门与正殿之间，拜亭的两侧附有龙、虎天井，这种空间组构使庙内形成连贯性的空间，是台湾南部庙宇常见的做法。日治大正2年（西元1913年）重修时，在左侧增建厢房，使得庙宇与左邻的昌黎祠相连，形成今日所见的庙貌。
六堆天后宫主祀天上圣母，「六堆」之名源自清康熙60年（西元1721年）朱一贵（西元1690-1722年）及杜君英（西元1667-1721年）民变，事件扩大扰及屏东一带的客家聚落，地方人士组织义勇负责维护地方安宁，事件过後仍维持团练，演变成先锋堆、前堆、後堆、左堆、右堆、中堆，於是「六堆」成为客家族群、聚落之概念性统称。六堆天后宫所在的内埔乡属於後堆的范围。
清朝嘉庆年间，蔡牵（西元1761-1809年）骚扰台湾南部，连带的影响到六堆居民的生存安全，锺麟江（西元1757-1829年）从厦门转往湄州分灵妈祖香火来台，经由六堆居民与各个尝会（祖先的祭祀公业）、神明会共同捐款，在清嘉庆8年（西元1803年）兴筑天后宫，清嘉庆10年（西元1805年）庙宇落成，妈祖信仰在蔡牵之乱中成为稳定人心的力量，天后宫发展为六堆民众集体信仰中心，因而庙名冠上「六堆」，而称为「六堆天后宫」。
该庙自创建以来即在六堆享有崇高的信仰地位，历次修建皆有六堆各聚落参与。清道光28年（西元1848年）建筑已呈现老旧倾圮状。六堆各聚落遂推举锺桂龄（生卒年不详）主持重建，工程於隔年10月开工，清咸丰元年（西元1851年）12月竣工，这次重修大致维持原有格局，未有太大改变。
日治大正2年（西元1913年）再次进行修建，这次重修在主体建筑左侧增建厢房，使得六堆天后宫与昌黎祠相连。日治末期受到宗教政策的影响，神像被迫迁出，直到战後才迎回奉祀。
六堆天后宫的方位坐北朝南偏西，平面布局属於两落带拜亭、厢房之建筑格局，两落即三川门与正殿，拜亭位於三川门与正殿之间，拜亭的两侧附有龙、虎天井，这种空间组构使两建筑之间藉由拜亭作联系，形成连贯性的空间，是台湾南部庙宇常见的做法。
六堆天后宫的构造为擡梁式构造及硬山搁檩承重墙系统混合，三川门面宽三开间，前後用四柱，前檐口柱为石雕龙柱，外檐装修落在前金柱边，立面采用板门与隔扇的组合，入口作三门，中门绘龙，右门绘文官，左门绘武将，点金柱架内采二通二瓜叠斗式，屋顶采双坡水硬山单檐翘脊式屋顶，屋脊为三川脊，屋面铺设筒板瓦。
正殿做不装设门扇之敞厅式，前後用4柱，檐口柱为石雕龙柱，中央点金柱栋架架内做法是通梁上用斗座草，上承方斗，斗上再接童柱，童柱承楹，这样的做法近似潮汕地区的屋架做法，屋顶采双坡水单檐翘脊式屋顶，屋面铺设素烧筒板瓦，正殿的步口经由过水门可通往左厢房。
正殿的内檐装修最主要是表现在供奉神像的神龛与牌楼看架，神龛位於後点金柱之间，神龛内供奉尺寸巨大的镇殿天上圣母神像，正殿的次间作砖砌方台，左次间供奉注生娘娘与婆姐，右次间供奉福德正神，左厢房供奉观音佛祖。
六堆天后宫的历史悠久，是六堆客家地区重要的信仰庙宇，百年来保存许多文物，这些留传下来的珍贵文物，可以做为研究区域发展史最具体而重要的史料，尤其是镶嵌在三川门的〈奉宪封禁古令埔碑〉。古令埔是指今日屏东县万峦乡五沟水东北方，原是马卡道族的土地。清嘉庆年间时汉人抢夺土地水源，嘉庆20年（ 西元1815年）凤山县府立碑严禁汉人入垦。碑文具历史意义，日本政府於日治昭和10年（西元1935年）12月5日将石碑依《史蹟名胜天然纪念物保存法》列为国家级史蹟，名称为「民蕃境界古令埔碑」。
清嘉庆20年（公元1815年）凤山知县吴性诚（生卒年不详）所献「河清海晏」匾
六堆天后宫的香炉置于垫炉石上方，这种做法保存客家古老风俗，在台湾庙宇中较为少见。
三川门、拜亭、正殿的栋架虽是各自独立的系统，但之间以札牵梁相互连系，使三川门、拜亭、正殿形成连贯性的空间。
镶嵌在三川门的〈奉宪封禁古令埔碑〉，日治时期列为国家级史迹，照片为石碑现况。