因配天宫具文化资产保存价值、建筑史上之意义，有再利用之价值及潜力及当代地方营造技术流派特色，因此指定为古蹟。
配天宫，原名「朴仔宫」或称「朴树宫」，传创立於清康熙26年（西元1687年），清同治4年（西元1865年）重修工程落成时更名为「配天宫」。在清代、日治、民国等时代皆有大型的增建与修复，历经多位名匠师之手，拥有诸多艺术文化资产。另外，像是保留树根雕刻而成的「镇殿妈」、相传为康熙皇帝御用金杯筊、日治大正11年（西元1922年）蒜头糖场制糖株式会社员工敬赠之青铜香炉与一对青铜大烛台、大正4年（西元1915年）信众以林朝英（西元1739?-1816年）书法制作捐赠的「莫不尊亲」匾额，皆为值得一见的文物。
每年可於农历正月到妈祖诞辰期间观赏「御赐灯花」，相传可追朔至清嘉庆皇帝感念养育水师提督王得禄的兄嫂，为配天宫每年的盛事。
朴子地区於荷治时期称之为「Caatzieu」，後译成汉字为「猴树」，推测此地名音源自平埔族，於《热兰遮城日志》就有猴树渔场与猴树溪（今朴子溪）的记载。根据日治昭和8年（西元1933年）相良吉哉（生卒年不详）主编《台南州祠庙名监》记录，配天宫创立於清康熙26年（西元1687年），原名「朴仔宫」，为某个半月庄人士从鹿港请来，途中在牛稠溪（今朴子溪）南岸的挂茶屋里停留，附近民众请求於此建庙，并依庙旁的朴树为名。亦有一说相传於康熙21年（西元1682年）间，东石半月庄人士林马（生卒年不详）常往来福州、兴化、莆田一带贩卖「福圆肉」，同时经常赴湄洲天后宫膜拜妈祖。有年妈祖托梦特赐其请奉金身一尊返回台湾，回程途经牛稠溪南畔，暂宿朴树下过夜。此後附近居民闻香气氤氲，并纷往膜拜。再啓程时顿觉金身重若泰山，掷筊问卜於神，妈祖乃意驻斯地，爰建茅殿供奉，并以朴树之名称作「朴树宫」，聚落便以此为中心向外发展，亦以「朴仔街」称此街市。
清康熙54年（西元1715年）全面改建「朴仔宫」中殿与拜殿；清乾隆36年（西元1771年）也进行修缮；至清嘉庆20年（西元1815年）地方仕绅王得襄（生卒年不详）、黄志仁（生卒年不详）主导增筑，亦有一说为王得禄（西元1770-1842年）其如夫人林氏（生卒年不详）为叩酬圣母恩覃，捐献钜金扩建神宫。
朴仔宫（另一称为朴树宫）更名为「配天宫」，原因年代众说纷纭，根据较可信的说法是：清同治4年（西元1865年）重修工程落成时，庙方董事将庙名取意「配享千秋馨香、功参天地造化」而更名。日治时期亦有大修缮，於日治大正元年（西元1912年）据信由漳州名师陈应彬（西元1864-1944年）主持，采用「对场作」的方式，并首开日本官方补助台湾庙宇修建之例。战後，陆续有大规模的增、修建。民国102年（西元2013年）遭逢祝融之灾，造成山川、正殿与左右过水廊受灾，县府与庙方争取文化部修复，委托各领域专家共同修复石作、泥塑神像、油漆彩绘、门神彩绘、交趾陶及剪黏泥塑等7大项类别，於2年後修复完成，始成今日样貌。
配天宫的建筑配置大致呈「囬」字型，整体庙宇呈现正方型，中轴线上的空间最为尊贵，依次是华丽的三川殿、高大的正殿和後殿。最左右侧是厢房，作为办公等空间。正殿的两边设置钟楼、鼓楼，以突显华丽的屋顶线条。大正元年（西元1912年）整修时，相传请到当时漳州名师陈应彬（西元1864-1944年）与郭塔（生卒年不详）所主持，是嘉义唯一采对场作的庙宇。庙中巧思还有像是庙沿憨番扛庙角的交趾陶；和东洋风影响下着白西装人物的交趾陶等等。庙内的千里眼、顺风耳，为交趾陶名师叶王（西元1826-1887年）於清同治4年（西元1865年）的作品，堪称是镇庙之宝；另外，配天宫前殿的三幅门神，是日治时代民俗彩绘大师蔡草如（西元1919-2007年）作品，弥足珍贵，後修整时异地保存之。
至民国97年（西元2008年）大整修时，诸多文物已经损毁、风化，此次修复均依古蹟保护法保留原样，邀请彩绘名师陈寿彝（西元1934-2012年）、交趾陶国宝级艺师林再兴（西元1929-2010年）、剪黏大师许哲彦（西元1947年-）等艺师操刀，使配天宫建筑在雕琢彩塑上，增添更多艺术珍宝。民国102年（西元2013年）遭逢祝融之灾後，造成山川殿、正殿及左右过水廊严重毁损，在请托各方大师修复下，经过2年多努力修复完成。值得一提的是，原本的交趾陶出自已故艺师林再兴（西元1929-2010年）之手，此次特别聘请其子林金仓（西元？年-），复原其父生前的作品。
庙中有诸多珍贵的文物，例如像是以巨大朴仔树雕刻而成「镇殿妈」，目前树根仍盘结於地下，被誉为请不动的妈祖；存有湄洲妈祖庙日治大正9年（西元1920年）前往进香相赠，相传为康熙皇帝御用金杯筊；大正11年（西元1922年）蒜头糖场员工集资所献敬赠之青铜香炉与一对大烛台，皆为值得一见的文物。最後每年可於农历正月到妈祖诞辰期间於此观赏「御赐灯花」，相传清嘉庆皇帝为感念养育水师提督王得禄的兄嫂，因此邀请其到北京皇宫内观赏元宵灯花，後期因其老迈不克前往，於是御赐可於自宅中布置，兄嫂以与大家同乐之心，将御赐灯花委托移至配天宫举办至今，传为佳话。
林朝英（公元1739-1816年）书法「莫不尊亲」匾额，为日治大正4年（公元1915年）信众捐赠，今日所见为火劫表面炭化后拼接而成之。
以巨大朴仔树雕刻而成的「镇殿妈」，目前树根仍盘结于地下，被誉为请不动的妈祖。
日治大正11年（公元1922年）制糖株式会社蒜头糖场员工集资所献敬赠之青铜大烛台
日治大正11年（公元1922年）制糖株式会社蒜头糖场员工集资所献敬赠之青铜香炉
相传康熙皇帝御用金杯筊，为日治大正9年（公元1920年）前往湄洲进香时相赠。