北埔慈天宫为金广福垦民的精神堡垒，台湾於17世纪中叶开始有大量的汉人进入垦殖。自汉人入垦後，步步向内陆丘陵及山区前进，新竹北埔地区自古为平埔族道卡斯族与高山族泰雅族所活动的区域，清道光14年（西元1834年）淡水同知李嗣邺（西元？-1839年）为推展抚「番」事业，乃促成时任九芎林庄总理的粤人姜秀銮（西元1783-1846年），与竹堑城的闽人周邦正（西元1781-1847年）合组「金广福」垦号，朝向东南山区开垦。
在有效的垦隘中心建立後，为保护垦民、安定人心，结合闽粤共同信仰观音菩萨及妈祖，并融合原乡泉州、客家等建筑特色的北埔慈天宫也随之创建。慈天宫一直是北埔地区民间信仰的重心，不仅见证新竹山区的垦拓，也记录本地闽粤合作、尊重多元族群信仰的过程。
竹堑地区的正式开发，从清康熙年间大量的汉人进入垦殖後从未停歇，到清乾隆初年，拓垦的热潮转向内陆山地丘陵地区。至清道光年间，汉人拓垦转往头前溪、凤山溪中下游一带，逼近内山，垦业开始遭遇原住民族的抵抗，常面临中止而束手无策。於是垦民结合隘防的「隘设垦随」形式，在接近生番界时就会形成。
在这样的背景下，号称全台之冠的大隘―金广福垦号就此组成，清道光14年（西元1834年）淡水同知李嗣邺、九芎林庄总理粤人姜秀銮与竹堑闽人周邦正合组金广福垦号，先从三角城（今竹东镇三重里）及宝斗仁（今宝山乡宝斗村）方面入垦，继而进驻北埔，在此设民隘，并以此为隘务指挥中心。
金广福成立之初曾面临资金不足的窘境，加上清道光15年至17年（西元1835-1837年）间，与高山族原住民发生多次激战，垦民死亡人数高达十分之一以上，为安定垦民、守护大隘，拥有一座「护隘庙宇」是民心所趋之事，北埔慈天宫在这样的历史背景下建立。该宫创建年代说法不一，但应建立於道光15年（西元1835年）之後，起初由粤籍垦首姜秀銮自大陆奉迎而来观音菩萨像，在今秀銮山下搭建一座小公厝为最原始的型态。
北埔是金广福垦隘之重镇，位於北埔市街尾核心的慈天宫，是为北埔聚落中心，为当地首庙，因地理位置佳，庙堂空间除宗教功能外，也具有处理公众事务、商业、休闲娱乐等机能。慈天宫也与金广福首脑人物息息相关。它不仅是北埔地区最重要的大庙，也是清代道光年间之後，新竹山区拓垦史的重要见证；更是闽粤合作，消弭族群对峙的重要见证。
清道光18年（西元1838年）新垦隘的安全趋於稳定，开始有粮食的收益，垦民为答谢观音菩萨的庇护和表虔诚，开启第一次的修建。道光26年（西元1846年）以姜秀銮为首进行第一次重建，改建为木造庙宇供奉，同年底姜秀銮逝世，此时的北埔与月眉两庄田园开垦已达千余甲，人口有千余户，市街形成，北埔也在道光末年已经完成一座有城门与刺竹围成之聚落。至此依据文献记录，百年来经历两次重建四次重修，其中以清同治13年（西元1874年）的大改建为主，奠定慈天宫的面貌，至今庙内仍可见同治年间的大木作品，特别是吊筒上具有翅膀的飞天仙人素材，颇值玩味。
慈天宫在台湾庙宇建筑史上的价值非同小可，为台湾清代中晚期庙宇的代表作，是座闽粤合筑庙宇，平面布局是客家地区典型的「双堂二横式」建筑，也就是由两殿两廊两横屋（护龙）所组成的，大殿与前殿呈现闽南泉州的建筑特色。墙体主要为斗子砌构造，前後殿及两廊均为双面斗子砌工法，横屋则为单面斗子砌，在空间上有明显的尊卑区分。
三川殿的屋顶采用三川脊式的做法，步口檐廊左右石雕蟠龙龙柱均采升龙造型、复合式柱础、十八罗汉以附在龙柱上的形式，为台湾少有的作法。另外，庙内的二组二十四孝石柱，雕工流畅而有韵味，亦为全台庙宇所仅见。其装饰艺术反映当时的历史背景，不论是孔明征南蛮、七擒孟获等带有征服及感化「蛮夷」意味的作品；或是以姜子牙（姜家远祖）为灵魂人物的《封神演义》之装饰作品，都反映当时的背景，从其中可见金广福与慈天宫密切的关系，以及金广福垦民对於垦首及李同知的感戴。
战後，续有若干修缮，其中以民国60年（西元1971年）全面修建，成为今日的面貌。该宫并祀观音佛祖与天上圣母，主神观音佛祖为姜家祖传，这尊观音菩萨後来被垦民称为「护隘观音」，姜家自然而然地以垦首之尊，成为这座护隘庙宇的管理者。後期配祀诸神愈多，诸神合祀、佛道不分现象在台湾庙宇虽是常见，但对慈天宫而言，却因众神合祀，淡化了闽粤垦民祖籍界限。
正殿清光绪8年（公元1882年）首垦姜荣华（生卒年不详）所具名的「福荫羣生」匾额
步口檐廊左右石雕蟠龙龙柱均采升龙造型、复合式柱础、十八罗汉以附在龙柱上的形式，为台湾少有的作法。
庙内的二组二十四孝石柱，雕工流畅而有韵味，亦为全台庙宇仅见。