1.延平郡王祠自清领时期沈葆祯（西元1820-1879年）奏准建祠为开山王庙，经日治时期改建为开山神社，直至民国52年（西元1963年）重建延平郡王祠，其建祠地点均在此地，地理位置的历史价值深具意义。毗邻之郑成功文物馆也在民国52年（西元1963年）园区整体规划时，一并设计兴建完成，与延平郡王祠有不可分割之关系，且为郑成功时期历史文化及文物之展示场所，具纪念郑成功之意义。
2.祠中珍贵文书丰富，留有沈葆祯建祠奏请书、清光绪元年（西元1875年）准建祠圣旨及追赠「忠节」諡号谕旨全文等匾额与诰命箱，同时自清领时期以来文人墨客留下之对联众多，极具历史价值。
延平郡王祠的前身为民间祭祀郑成功（西元1624-1662年）的开山王庙，延平郡王是明永历9年（西元1655年）永历皇帝敕封郑成功的郡王爵位。清光绪元年（西元1875年）清廷允准沈葆桢等人奏请，在台南兴建专祠供奉郑成功，在全台供奉郑成功的祠庙中，延平郡王祠是最具正统性的一座。
沈葆桢主持兴建的是一座福州风格建筑的祠庙。至日治时期，考量郑成功的政治意义，於是在明治30年（西元1897年）将延平郡王祠列为「开山神社」，是日本占领台湾後设立的第一座神社，也是唯一一座由台湾本地庙宇改建神社者。至民国52年（西元1963年）进行全面改建，新建建筑为钢筋混凝土仿北方宫殿式建筑，同时在园区内兴建展览馆。
延平郡王祠前身为民间祭祀郑成功的开山王庙，而延平郡王祠正式建立则源自清朝福建船政大臣沈葆桢等人奏请朝廷，希望追諡郑成功，并建立专祠与编入祀典，光绪元年（西元1875年）朝廷准奏，由沈葆桢募资兴建，工程聘请福州匠师来台负责营造，材料也全来自福州，工程在同年8月竣工。
日治明治29年（西元1896年）台南县知事矶贝静藏（西元1849-1910年）禀申，隔年日本政府遂将延平郡王祠列为县社，社号「开山神社」，是日治时代首座神社，也是唯一一座由台湾本地庙宇改为神社者。第一代开山神社的本殿等主体建筑沿用清光绪年间兴建的延平郡王祠建筑，另增建日本神社应有的鸟居、手水舍、社务所等建筑。日治昭和14年（西元1939年）在清代延平郡王祠右侧另建日式神社建筑，是为第二代开山神社，并在昭和16年（西元1941年）举行迁座式。
战後撤除日治时期开山神社，民国38年（西元1949年）由台南市政府委托西佛国粧佛店雕刻郑成功像作为正殿神像，其余神像被迫迁出。民国52年（西元1963年）延平郡王祠进行全面改建，这次工程拆除清代延平郡王祠建筑，改建为钢筋混凝土仿北方宫殿式建筑，并委杨英风（西元1926-1997年）塑造正殿郑成功像。
今日位於延平郡王祠园区右侧的郑成功文物馆，源自日治时期台湾总督府於日治昭和5年（西元1930年）举办的「台湾文化三百年纪念会」，这场活动在台南神社的史料展览会现场展出古籍、化石等文物。昭和7年（西元1932年）则在安平清代税务司公馆成立「台湾史料馆」，昭和12年（西元1937年）文物移至台南市立历史馆，馆址在大正公园（今汤德章纪念公园），昭和20年（西元1945年）考量战争威胁而将文物迁出。到了民国52年（西元1963年）延平郡王祠改建，包括新建展览馆，工程在隔年6月17日竣工，馆舍命名为「台南市民族文物馆」，展览战火幸存的部分文物，民国92年（西元2003年）改称「郑成功文物馆」。
今日所见之延平郡王祠是民国52年（西元1963年）所建，位於开山路、建业街、大埔街所形成的街廓内，呈现近似三角形，基地内设置园林造景，庭院内配置祠庙与郑成功文物馆，原本设置院门与院墙界圈围出庭院范围，院门位於开山路上，民国94年（西元2005年）将院墙拆除，院门则原地保留。祠庙中轴线由外至内依序为照壁、香炉、石牌坊、院门、大殿、後殿，主体建筑的平面布局呈现「回」字形，由院门、後殿、东西庑共同围成合院，大殿配置於合院中成为空间的核心。
庭院的院门是一座单檐歇山顶建筑，门洞作壶门造型，门上镶嵌「明延平郡王祠」石碑，祠庙的院门与庭院的院门一样，祠庙的院门於墙上镶嵌「奉旨祭祀」石碑，门框上悬挂「前无古人」匾。
正殿面宽三开间，周围回廊，屋顶为单檐歇山顶，明间供奉的郑成功像是民国50年（西元1961年）杨英风以水泥所塑造，形象参考国立台湾博物馆典藏之郑成功画像，前面供奉3组郑成功、甘辉、张万礼神像，分别是「诚心敬」、「心同敬」、「合心堂」神明会的神像，这3组神像在战後迁出，至民国97年（西元2008年）由台南市政府陆续请回延平郡王祠供奉。
後殿面宽五开间，前设廊道，屋顶为单檐歇山顶，明间与次间作为太妃祠，室内神龛供奉郑成功生母的牌位，牌位书写「翁太妃本姓田川氏之神位」，左稍间为甯靖郡王祠，室内供奉朱术桂（西元1617-1683年）与五妃，右稍间为监国祠，室内供奉的是郑成功之孙郑克臧（西元1662-1681年）夫妻的牌位。
正殿两侧厢房前设廊道，屋顶为单檐悬山顶，东西庑配享明末战死官兵与殉死官员的牌位，东厢之南段另外设置甘辉将军祠，祠内供奉手持印函的甘辉（西元？-1659年）塑像，西厢之南段另外设置张万礼将军祠，祠内供奉手持长剑的张万礼（西元？-1658年）塑像。
「郑成功文物馆」不定期举办特展，民国97年（公元2018年）「台南孔庙御匾特展」展出台南孔庙八方清代御匾。
民国52年（公元1963年）建造之「台南市民族文物馆」，于民国92年（公元2003年）改称「郑成功文物馆」。
日治时期延平郡王祠改为开山神社，照片是开山神社的日式神舆。
日治时期延平郡王祠改为开山神社，战后于神社鸟居放置国民党党徽，改造成为牌坊。
悬挂在正殿天花板的「诰命箱」是为存放圣旨之用，圣旨原文另雕刻成匾额悬挂于门楣上方。
镇殿延平郡王像为杨英风所塑造，前方供奉「诚心敬」、「心同敬」、「合心堂」神明会的神像。