因海印寺目前为县定古迹，考虑周遭环境与地景的协调，建议列入历史建筑或与海印寺同划定为县定古迹范围内。
海印寺又称太武岩寺，建于宋度宗咸淳年间(公元1265至1274年)，当时主祀通远仙翁。通远仙翁原为泉州永春乐山一带的信仰，又称白须公、通远王或乐山王。关于通远仙翁的生事及姓名今已不可考，或说是唐高宗时来永春避难的四川进士李元溥(生卒年不详)，或说是北宋初年人士，隐居于永春乐山，因其外型又被称为白须公，他常常头戴花草，携带葫芦在村市之间边走边唱着：「好酒吃三杯，好花插一支，思量古今是，安乐是便宜」。而后相传羽化成仙，被奉为山神。至北宋嘉佑3年(公元1060年)时逢大旱，郡守蔡忠惠(1012-1067)为泉州守时，因为向通远仙翁祈雨有验，而请封为善利王，并加封广福显济，而后因屡次祈雨均灵验而不断加封。北宋末年，通远仙翁已由原乐山地区的山神转变成能穿说于惊滔骇浪之中，保佑渔船平安的海神，又至南宋淳佑年间后，泉州多处村落均开始立庙祭祀通远仙翁，此时原属于永春地区的地方信仰开始普及于泉州各个地区。
金门太武山之所以建祠奉祀通远仙翁，除了泉州地缘信仰关系的影响外，今相传主要有2个原因：首先有神迹玉笏从天而降，居民遂开始兴建寺庙，奉祀当时泉属各邑普遍信仰的通远仙翁。根据《同安县志》。记载，在宋朝咸淳年间，即有居民面祠堂祭拜，祠西有倒影塔，每到夜晚其灯火就能为渔民指引方向，祈求风雨也特别地灵验。而后至万历年间，同安县有贼犯越狱而逃，知县金枝作梦时，梦到自己登太武山遇到神民显灵指示贼犯藏身之处；知县醒后遂渡海至金门祈求祷告，而后按照梦谕果真顺利抓到犯人，因此捐助金钱于明万历8年(公元1580年)修建寺庙，又于万历28年(公元1600年)2度重修，呈现今规模。
其后由于祠宇中的庙众，于夜间见到观音菩萨现身于其间，乃改奉祀观音佛像，海印寺也就变成1座主祀佛像的佛寺，根据寺方所撰的《海印寺源考》，最晚在永历15年(公元1661年)的重修时，海印寺便已成为一佛寺，并更名为今之「海印寺」。
海印寺现为金门地区的佛教圣地，内供奉近上百年历史的观世音佛像及十八罗汉，平日游客登山参访礼佛，一方面强身，一方面游历名胜古迹。海印寺原始布局与现况大致相同，建筑群配合山谷地形兴建，由前向后依序为鼓楼、方池、拜亭、大殿、后殿、侧室与石室，占地虽小却十分工整。由于海印寺在八二三炮战时严重毁损，现今所见的建物主要为民国49年(公元1960年)后修建而成，因此除了部分台基、柱体、墙体仍保留石材和木材外，多数构件已采用钢筋混泥土建造。
钟鼓楼分别为「龙楼」与「凤阁」，乃于民国78年(公元1969年)所新建，平面近方形，采单檐歇山顶(歇山顶即为歇山式屋顶，此类型屋顶共有9条屋脊，分别是正脊、4条垂脊和4条戗脊，因此又称九脊顶。由于其正脊两端到屋檐处中间有折角，分为垂脊和戗脊，好像「歇」了一歇，故名歇山顶。歇山顶结合了直线和斜线，在视觉效果上给人以棱角分明、结构清晰的感觉)。
位于拜殿之前的方池，称「醮月池」，呈长方形，四周石栏围绕，水质清净。而大殿与拜亭相连，可归类为「殿前带轩」的形式。拜殿的栋架使用「六架卷棚」，屋顶则采歇山单檐，不作燕尾脊，出八字规，不做吊桶，整体形势简洁。
正殿供奉观世音，建筑为面宽3开间，进深4间的形制。屋顶为坡度平缓的两坡硬山顶(硬山顶即为硬山式屋顶，由1条正脊和4条垂脊组成。和悬山顶不同，硬山顶最大的特色就是两侧山墙将檩头全部包封住，使得屋檐不出山墙，故名硬山。硬山顶擅防风，因此沿海或如金门等海岛地区多使用硬山顶)。正殿后墙则是左右双门，可达后殿大雄宝殿及古石室。
后殿大雄宝殿平面近方形，面宽3间，殿内只有2根后金柱，前面辟1门，与古制大雄宝殿先去甚远。屋顶为歇山式，但前后屋坡又加1圈单坡顶屋面，看起来类似断折，外型则像重檐。墙体则皆为石条砌成，外观朴实。而后山的「古石室」，它利用巨岩之石洞略加修整而成，形制颇奇特。
海印寺最著名的安心石，位于大雄宝殿下方，相传以左手摸心，右手摸石，默念3声「南无大慈大悲观世音菩萨」，可以平静心灵。
海印寺最著名的安心石，位于大雄宝殿下方，相传以左手摸心，右手摸石，默念3声「南无大慈大悲观世音菩萨」，可以平静心灵。
钟鼓楼分别为「龙楼」与「凤阁」，乃于民国58年(公元1969年)所新建，平面近方形，采单檐歇山顶。
现今所见的建物主要为民国49年(公元1960年)后修建而成，因此除了部分台基、柱体、墙体仍保留石材和木材外，多数构件已采用钢筋混泥土建造。