依中华民国73年2月22日颁行之文化资产保存法综合评定之具历史、文化、艺术价值。
公元1872年，马偕牧师、医师(George Leslie Mackay，汉名又称偕叡理，1844-1901)初抵淡水，开始沿淡水河传教。马偕最初一面步行巡回布道，一面教导学生，以路边、树下、溪旁、客栈、民家或地方的礼拜堂作为临时的讲堂传讲耶稣。明治9年(公元1876年)3月21日，马偕在凯达格兰族北投社设立了「北投教堂」，此地当时多为平埔族原住民。北投教堂早期的信徒，大部分是附近北投社的平埔族人，其历任的长老多地方知名人士，如：林黑凸、潘水木、李德财等。日本学者伊能嘉矩(1867-1925)在公元1896年至1898年左右对平埔族「北投社」的访问调查中多次提及北投社健壮的「头目」林黑凸。会友中还有当年与与林黑凸争「北投社』头目落败的潘朱山的儿子潘水生，而林黑凸的儿子林佛黎也同在北投教会。起初2人因为父辈的恩怨，不相往来。在教会会友劝说同是上帝子民应彼此相待如兄弟之下，两造终于和好，蔚为佳话。
教堂原本建于「嘎唠别」(今新北市八里乡淡水河畔的挖仔尾)，后来迁建于「番仔厝」(今北投区丰年里)，马偕过世之后，将其30多年来传教的基业交棒给同样出身于加拿大安大略省的传教士吴威廉 (William Gauld，1861-1923)，大正1年(公元1912年)由教友陈近(生卒年不详)先生捐献土地，将北投教会迁建于现址。教堂由吴威廉所设计建造，以红砖与木屋架构建起，风格配置上接近英国乡村的小教堂。北投教会设教历史悠久，也成为长老教会往附近传教的起始据点，后来陆续往邻近地区开设锡安、清江、新北投等教会。
北投教堂在第二次世界大战中，曾一度被日本政府征收做为仓库，在二次大战后期，北投教会亦常是长老教会本宗的台北神学院中的教授兼顾牧养的教会。直至民国35年(公元1946年)聘请林再添牧师(1902-1968)为北投教会第1任独立堂会牧师，因信徒人数逐渐增多，教会建筑稍做扩建。期间一度信徒群体曾经分殖，最后于民国101年(公元2012年)与原清江街的另一「北投教会」复合。
北投教堂也是台北附近仅存的古老教堂之一。民国87年(公元1998年)3月10日，长老教会北投教堂由台北市政会议正式通过为古迹，并于同年3月25日公告。
现今教堂是由接替马偕传教事务的吴威廉牧师设计，吴威廉继续马偕的传教，驻在台湾32年，最后葬于淡水淡江中学的墓园中，可以说毕生菁华岁月都奉献给台湾。吴威廉牧师奠定了北部长老教会的组织制度，他以「合议」的精神开创北部教会的议会制度，成立「台北长老中会」。除了制度上的建立，硬件建筑上他更是20世纪初台湾北部重要的教会建筑师，日本治台时期，曾敦聘他为铁道局设计火车时刻表，后并担任台湾总督府的建筑顾问。
吴威廉牧师在台期间，由其设计的建筑包括台北马偕医院(公元1912年)、淡水淡江中学内的姑娘楼(公元1906年)及牧师楼(公元1909年)、淡水妇学堂(公元1910年)等近30座建筑作品。
北投教堂属于吴威廉牧师中期阶段所设计的建筑，比起其他时期作品，北投教堂显得十分简单。可能的因素一为当时的信徒为当地平埔族人，因为文化不同，采取较简单亲和的风格以融入其中；再则可能经费受限。北投教会座东朝西，正门面对中央南路，虽以今日标准看来街道狭小，但在百年前是北投的主要干道。教会的平面为宽6.5公尺、深16.5公尺的长方形。大门入口突出1个宽3公尺，深2公尺的遮雨庇。入口上方的山墙，红砖砌出弧形与三角形的组合式天际线。在每2个扶壁之间设有窗子，窗上的墙面有红砖砌成的三角楣，设计简单却点出了西洋古典的风格。
教堂两侧为砖墙，可能因为明治42年(公元1909年)发生了震央于台北、造成122人死亡的大地震，使吴威廉牧师于外墙上每隔3.5公尺就设计有突出支撑(称为「扶壁」)结构，用来加强墙体，提高抗震性。
教堂外观用水泥粉刷的横带与墙面上的红砖形成红白相间的外型，就像是英国维多利亚时期的乡间民居。自街上望去，北投教会没有十分明显，像是平凡的街屋。这样巧妙的设计，缩短与民众的距离，让教会不会遥不可及，充分展现亲和力。
由于吴威廉牧师所设计的作品现大部分多已改建，北投教堂是目前尚存的代表作之一，也承载了教会与平埔族的互动，是台湾近代宗教发展上的珍贵纪录，也是北投历史发展的重要见证。
入口上方的山墙，红砖砌出弧形与三角形的组合式天际线。
北投教堂在每2个扶壁之间设有窗子，窗上的墙面有红砖砌成的三角楣，设计简单却点出了西洋古典的风格。
北投教堂属于吴威廉牧师中期阶段所设计的建筑，大门入口突出一个宽3公尺，深2公尺的遮雨庇。