慈云寺坐落于台北市万华区，奉祀观音菩萨、释迦牟尼与文殊普贤菩萨，属斋教龙华派的斋堂。龙华派的起源可以追溯至15世纪明朝的「罗教」，其教祖为罗因，着有龙华派最重要的经典「五部六册」：大略是参杂儒道两教思想，解释佛教金刚般若波罗蜜经。而龙华派传入台湾约莫是康熙末年、十祖陈普月主导的时期。陈普月在福建观音埔建立「壹是堂」，并派下门生前往台湾传教，立下龙华派基础。
慈云寺创立于清道光20年(公元1840年)，创立者为智真大师，自浙江舟山群岛普陀山恭迎观音佛祖来台，在艋舺建立「慈云佛堂」草庵供奉。依清代《淡水厅志》记载，慈云寺原建于艋舺街竹巷尾(现今康定路、雅江街一带)，后来因竹巷尾火灾频传，烧毁后才迁移到现址。慈云寺曾历经多次改建，日治时期明治元年(公元1868年)，斋友陈普庆(本名喜，生卒年不详)将原本的草庵改建成土造瓦屋。明治31年(公元1898年)因淡水河泛滥，土造斋堂全毁，张普茹堂主(本名加来)募建砖造3厅献佛殿，殿前围一庭院。大正13年(公元1924年)，日本政府实施市区改正、堤防道路拓宽的都市计划，加上当时地势低矮、水害频传，张普茹堂主再度自捐与募款改建为钢筋水泥红砖造2楼式斋堂，亦即今日的样貌。日昭和17年(公元1942年)佛堂更名为慈云寺，张坤艮为第1代住持。
斋教和佛教并不能直接画上等号，但斋教自日治中期起，逐渐佛教化；日本政府整肃宗教活动，迫使许多斋堂向日本佛教、或与其关系良好的本土佛教靠拢，或参加地方联合组织活动以寻求保护。战后佛教化情形并未改善，旧有的斋堂消失或转为民宅、佛寺或私庙。近年来，斋教文化重新受到重视，兴起保护斋教文化的潮流。尽管数目尚不多，各地区斋堂有逐渐复苏趋势，也因此慈云寺于民国89年(公元2000年)受台北市政府指定为市定古迹。民国94年(公元2005年)进行9年共7期修复工程。
在建筑方面，慈云寺为少见的街屋式斋堂，包括主堂与斋房，主堂的入口就在骑楼旁，巧妙结合了骑楼住宅与传统庙堂，这在台湾相当少见。2楼为大殿，拥有传统的燕尾脊形式，内部全为传统的木结构。此外，前方还有阳台作为前埕、檐廊、以及前步口；檐廊以石柱支撑，柱头雕饰莲花并设置石雕之施食台。正殿供奉观世音菩萨、释迦牟尼佛、文殊、普贤菩萨；楼下则为讲堂，祭祀弥勒尊佛和九玄七祖，时常举办演说讲道。
因为慈云寺是在日治时期都市计划实施之后才建造的，因而寺前设置的砖栱廊配合了骑楼宽度，有如一拜亭，3个连接的砖栱施工精美。1楼立面为三开间，楼板亦为工字钢梁。慈云寺即使在之后经过数次修建，仍保留大正时代钢筋水泥红砖造的主体，显现在当时就相当进步的构造。
慈云寺内香火并不旺盛，因为其主要作为斋友聚集之处，同时为住持的居所。此外，慈云寺的外观比起一般寺庙，更像是民宅。其实，斋教被清朝政府视为邪教，因此斋堂大部份都是斋友私下设立的；许多斋堂都是暂时设立在自宅中，等到达一定人数之后才进一步共创斋堂。
由于斋堂通常是采用民宅的外型，所以空间格局也跟民宅相似。但不论格局如何、不论属于斋教中哪个派别，主堂都是斋堂中最重要的空间。龙华派斋堂神龛内部俗称「内家乡」或「内殿」，主祀观音佛祖；常见配祀神则有金童、玉女、韦驮爷、关帝爷等。日治时期后受到佛教的影响，主祀神改为释迦牟尼佛、三宝佛、阿弥陀佛。其它护法使者虽然偶有出现，但整体而言还是以观音佛祖为主。此外，「内家乡」通常不允许无关的人士进入，甚至会设立栅栏阻绝。在举行法会时，还会请出代表3位祖师的3张椅子「三公椅」，形成一个特别的秘密空间。而嘉义以北的龙华派斋堂往往还会有土地公跟城隍爷陪祀。
除了神佛空间之外，左右两侧还有祖先崇拜的神祖空间。龙华派与金幢派相同，在佛祖厅两侧设有祈求具有贡献之堂主、斋友延年益寿的「禄位厅」，以及供奉历代斋友、九玄七祖的「七祖厅」，具体展现了祖先崇拜的理念。其他常见的空间还有供举办法会的老师或巡查堂内的教务暂居的「护法房」、供皈依入教的斋友居住的「新众房」、准备供佛用的茶水供品的「敬茶房」。虽然已经闲置不用，在慈云寺里仍然可见这些传统龙华派空间。
图为1楼讲堂，祭祀弥勒尊佛和九玄七祖，并时常举办演说讲道。
主堂的入口就在骑楼旁，巧妙结合了骑楼住宅与传统庙堂，这在台湾相当少见。
慈云寺2楼为大殿，拥有传统的燕尾脊形式，而内部全为传统的木结构。此外，前方还有阳台作为前埕、檐廊、以及前步口。檐廊以石柱支撑，且柱头有雕饰莲花作为装饰。