芝山岩惠济宫位于今天台北市士林区芝山岩山顶偏西处。主祀开漳圣王、观音菩萨与文昌帝君，是1座儒释道三教合一的庙宇，也是与汉人地方聚落发展密切相关的地方公庙(地方公庙指的是受到特定地域范围的居民所信奉，具有公认权威与公共性质的庙宇) 。乾隆年间，入垦台北士林地区的漳州籍移民在芝山岩上陆续兴建了奉祀开漳圣王的惠济宫、奉祀观音佛祖的芝山岩(「岩」是闽南漳州、泉州人对靠山佛寺的称呼，也可作为佛寺所在之山名)、以及奉祀文昌帝君的文昌祠，这3座庙宇经过历次修建而结合为今天所见的惠济宫，与士林神农宫、慈諴宫同为士林地区最主要与古老的3座庙宇。
芝山岩上庙宇创立、历次修建与合并的年代有多种不同说法，可确定的是乾隆17年(公元1752年)时，地主黄国聘(生卒年不详)献出土地，由当地仕绅吴廷诰(生卒年不详)召集乡人捐献资金，在圆山仔(今圆山地区)上修建了2座庙宇，东为奉祀观音佛祖的「芝山岩」，西边的「惠济宫」则奉祀漳州移民所带来的原乡神祉开漳圣王，于乾隆29年(公元1764年)竣工。开漳圣王的香火为黄澄清(生卒年不详)从漳州府和平县来台时携带的香火袋。一个说法提到他将香火袋悬挂在圆山仔的树上，后来邻近田地发生虫害时，人们向圣王香火袋祈求而发生神迹使虫害灭除，于是兴建庙宇奉祀。另一个说法提到圆山仔本是来自漳州府的富豪黄善(？-1751)的土地与居所，其亲族黄澄清前来投靠，将香火袋供奉在黄家厅堂上，随着圣王显神迹使黄家与邻近田地的虫害灭除，其神威在八芝兰地区逐渐显赫，并因开漳圣王托梦指示，黄家后来即迁离圆山仔，献地在山上建庙奉祀。
乾隆51年(公元1786年)林爽文反抗起事，叛乱扩张到台北，从八芝兰街逃至圆山仔上的漳州人皆被杀害，地主黄文欣(生卒年不详)于是将圆山仔捐出交给公众管理。乾隆53年(公元1789年)，士林地方人士募款于山上修建墓冢；咸丰9年(公元1859年)台北漳泉械斗在山上战死之尸骸也合葬于此墓冢，称为「同归所」，同受庙方管理。另外，也有说法提到芝山岩是在乾隆53年(公元1789年)才创建；另一说法则是该年重新修建开漳圣王祠，并命名为惠济宫。
嘉庆8年(公元1803年)、嘉庆17年(公元1812年)与道光5年(公元1825年)，芝山岩上的庙宇因损坏而数次重新修缮。道光19年(公元1839年)，台北的漳州籍仕绅潘永清(1821-1873)在芝山上修建文昌祠，并设置义塾(由私人创设而不收学费的教学场所)聘人教授乡人子弟。同治10年(公元1871年)，芝山岩、惠济宫倾颓，重修时将两2庙结合为1座2层楼建筑。光绪16到18年(公元1890-1892年)间，庙宇因火灾焚毁而重修时，则将文昌帝君也纳入奉祀，3庙至此并为1庙；另一个说法是同治12年(公元1873年)重修完成时已将文昌帝君纳入。
光绪21年，即明治28年(公元1895年)，日本领台，并在惠济宫设立台湾总督府学务部，也于此开设国语学校招收士林乡绅子弟，为日人在台教育机构的起点；明治29年(公元1896年)，改设立「国语学校第一附属学校」，即后来士林公学校前身，至明治37年(公元1904年)才移至士林街上。
日治时期大正6年至12年(公元1917-1922年)，因庙体受白蚁蛀蚀而以红砖、木材为建材改建前殿，并在后殿两侧添加护龙作为厢房。民国46年到48年(公元1957-1959年)，又因庙宇破损而将前殿以钢筋混凝土改建；民国56年到59年间(公元1967-1970年)，则将后殿2楼也改建为钢筋水泥建筑，增建龙钟阁与凤鼓楼，并于庙宇左侧增设怀古园，将历年改建时弃置的石材、石柱、础柱、石碑搜集放置其中。民国59年(公元1970年)重建完工，奠定惠济宫当代建筑样貌，此后又有历次小规模翻修，使庙宇愈加庄严华丽。
芝山岩上保有的丰富自然生态资源以及体现士林漳州移民拓垦历史的惠济宫等史迹，使得此地时常是中小学校外教学参访的地点，也成为市民与学子认识士林地方地方历史发展的重要1站。
芝山岩惠济宫建筑经多次改建后，今日建筑为七开间、三殿、两廊、两护龙的格局，是民国57年(公元1968年)重建的钢筋混凝土建筑，只在局部镶嵌了旧有石雕。惠济宫三川殿采用硬山燕尾屋顶，中门前有蟠龙柱1对，庙门上绘制的4大天王手中分别各持宝剑、琵琶、雨伞、小龙，代表「风（锋）、调、雨、顺」的涵意，而三川殿两侧厢房的2楼则设有钟楼与鼓楼。正殿供奉宫庙主神开漳圣王，仍保留传统的木结构，屋顶采用以下层横梁抬起上层横梁而有如阶梯状的抬梁式架构，其特征为柱子较大较粗、柱距也大，是在屋架系统中较高级的做法。
惠济宫后殿为2层的阁楼式建筑，楼下奉祀观音菩萨，左厢放置有历代古匾；2楼则是奉祀文昌帝君的文昌阁。芝山岩上文昌祠为士林漳州移民社群的教育中心，也导致后来士林地区具有文风鼎盛、「士子如林」的称号。惠济宫与教育的关联在日治时期仍然延续，在正殿后方可以看到日人所设置的「芝山岩学堂」开校10周年纪念碑，记载有「全台第一所国民学校」历史年表。即使今天惠济宫不再是学校，庙方仍因应当代考试而每年举办2次「升学考试学子金榜题名法会」，并在文昌阁内悬挂1支称作「文昌笔」的大型毛笔，可让考生触摸祈求好运，鲜明地呈现出人们祭拜文昌帝君以保佑考试表现与学子成就的信仰，在台湾民间仍历久不衰。
与文昌信仰相关联的是敬惜字纸的习俗，文昌祠内通常也会设置有惜字亭，用来焚烧有文字的纸张。惠济宫的敬字亭在民国88年(公元1999年)才设置，是台北市内唯一仍在使用的敬字亭。只是这座敬字亭目前燃烧的不再是字纸，而是在升学法会时学子带来的准考证影印本，既表示祈福，也使学子认识惜字习俗。这个变迁也具体呈现出宗教仪式可随社会转变而调整，同时也被赋予新意义的动态活力。
芝山上设置的文昌祠与义塾，是士林地区教育事业的重要起点，创建者潘永清后来成为协调台北地区漳泉械斗、主持迁建士林新街的地方领袖，并在同治年间担任士林3座公庙的管理委员会主委，主持芝山岩与惠济宫的重修；惠济宫在光绪年间的重修，也有潘家人士的参与。从这些地方公庙事务，即可看见特定家族在士林地方发展中的重要角色。一直到都市化过程改变了士林地区的居民结构，当代的惠济宫仍扮演着延续漳州移民社群人际网络的角色，寺庙管理委员多数仍是世居士林老家族的后裔。
庙宇左侧的怀古园，保存有历年改建时弃置的石材、石柱、础柱、石碑等，搜集放置其中。
今庙为民国57年(公元1968年)重建，多为水泥构造，只嵌入局部旧有石雕。
三开间的前殿用硬山燕尾屋顶，中门立蟠龙柱1对，两侧有新建两层的钟、鼓楼各1座。而正殿系为抬梁式架构，其屋顶亦为硬山屋顶，但造型多已现代化。