新竹水仙宫建於清同治年间，原供奉在新竹长和宫後殿，清同治年间竹堑城众郊户因感庙宇不敷使用，因此决议於长和宫左侧新建水仙宫，历时3年竣工。此时长和宫与水仙宫，共同成为新竹地区商户之间讨论商况与议事的地方。水仙宫兴建期间，新竹各大家族纷纷任职董事、主事等职，一起出钱出力参与兴建。
清代期间，新竹地区的贸易与竹堑港有着密不可分的关系，水仙宫奉祀主神水仙尊王，和同为海上守护神的妈祖成为新竹各行各业之间的共同信仰，也造就庙宇中有许多珍贵之文物，是来到新竹时值得参访的历史名胜。
新竹水仙宫与邻近的长和宫同为新竹大庙之一，水仙宫奉祀主神为水仙尊王，原供奉在长和宫後殿，在清同治2年(西元1863年)堑郊众等，一起决议在长和宫庙东的老抽分会之地兴建水仙宫。此次兴建由新竹林家的林福祥(生卒年不详)担任主事，郑家的郑用监（西元1789-1867年）担任总理。3年後清同治5年(西元1866年)，水仙宫庙宇竣工落成，水仙尊王由长和宫後殿迎请至新庙奉祀，成为妈祖庙与水仙宫并存的庙宇。
水仙宫庙址在北门街上，其街道为清代竹堑港与竹堑城北门的主要通道，连接起港口与市区之间的贸易网络，因此该街道有许多商家林立。此外，庙左侧邻近开台进士郑用锡（西元1788-1858年）的故居进士第、郑氏家庙。
清代时，台湾对外贸易皆需依赖船舶作货物运输，因此护佑航海平安的水仙尊王也是众商户的信仰之一，这也是水仙宫由新竹众郊商倡议兴建的原因之一，该庙与长和宫共同为新竹堑郊议事之地。
民国69年(西元1980年)，长和宫水仙宫增建文昌殿，同年落成，迎奉文昌帝君安座；民国75年(西元1986年)，将文昌帝君迎请至水仙宫正殿虎边供奉；民国86年(西元1997年)，该庙再次修复，此次修复中聘请彩绘大师潘岳雄(西元1943年-？年)，前来参与修复工程，并於这次修复中，在龙边增建神龛供奉关圣帝君。民国92年(西元2003年)，再度整修，民国98年(西元2009年)，庙後方新建文教大楼，成为该庙重要的文化场所。
新竹水仙宫与长和宫百年来护佑新竹地区的各行各业，在北门大街见证了竹堑城的风华，庙中的建筑以及许多文物都是新竹的文化瑰宝。
水仙宫又称水仙王宫，新竹水仙宫为两殿三开间建筑，比邻「外妈祖庙」长和宫，水仙宫主祀神为海上守护神的水仙尊王，两侧供奉文昌帝君及关圣帝君。一般来说这些历史上或神话上的人物，会成为「水仙王」大部分是因为生前和「水」产生了各式各样的关系，而各地供奉的水仙尊王有所不同，例如︰在台湾主要流传的「水仙王」即是「一帝、二王、二大夫」的说法，也就是禹帝（大禹）、奡王（寒奡，寒浞之子）、楚王（项羽）、伍大夫（伍子胥）、屈大夫（屈原）等五位。
水仙宫的三川殿为硬山式建筑，屋脊上有许多精致剪黏作品，中脊以双龙朝珠，两侧则是鳌、鱼。在明间檐柱部分，不同以往大家常见的龙柱，而是以方形石柱上题楹联一对，楹联内容是褒扬水仙尊王的功绩。两侧墙堵则是以龙、虎为题制作成交趾陶；正门墙堵的设计为上面木雕窗花，搭配下方石雕麒麟裙堵呈现；正门前方则有石鼓一对。 进入庙中，可以看到彩绘大师潘岳雄所绘制的门神，沿着两侧回廊可至正殿。正殿屋架以两通三瓜呈现，四点金柱上刻有楹联。神龛部分有水仙尊王、文昌帝君、关圣帝君，两侧皆有精美的木雕窗花、天湾罩等，神龛上也有书写对联，上方的梁、斗拱等绘有许多各式主题的彩绘作品。
水仙宫除了有这些建筑工艺品外，庙中的古匾也是值得观赏。三川殿上有清道光15年(西元1835年)水郊众弟子所敬献的「万世永赖」。正殿神龛上有「盛德在水」匾，为清同治3年(西元1864年)由竹堑城众董事所敬献。这时候为水仙宫兴建期间，此匾见证了当时历史。
「万世永赖」匾，为清道光年间由水郊弟子敬献，从此得知水仙宫与在地郊商的连结。
「盛德在水」匾额，由清同治年间竹堑城众董事所敬献。
水仙宫主祀神为海上守护神的水仙尊王，两侧供奉文昌帝君及关圣帝君。
正殿龙边于民国86年(公元1997年)增建神龛，奉祀关圣帝君。
民国69年(公元1980年)增建文昌殿，后来将文昌帝君迎请至水仙宫正殿虎边供奉。
三川殿门外虎边墙堵的交趾陶，下方有洗石子裙堵，上面还有木雕和彩绘。