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1.「鹿港新祖宫」於清乾隆52年（西元1787年）建庙，历史久远，为全台唯一官设妈祖庙，具稀少性，虽现有庙体为後期改建之结果，但仍属重要之历史见证，尤以庙中之碑石及石香炉极具历史价值。
2.正殿木结构具营建美学价值，表现较晚近年代之营建工法与特色。

鹿港新祖宫的创建源自清乾隆51年（西元1786年）林爽文事件，随着事件扩大，清廷派将军福康安（西元1754-1796年）自泉州府惠安崇武澳出航渡台，於鹿港登岸。林爽文事件後，官方选择在鹿港宽敞处兴建妈祖宫，工程经费多由官方拨款，不足处由日茂行捐输，於乾隆53年（西元1788年）入火安座。因鹿港已有兴建天后宫，於是官方新建的天后宫便称为「新妈祖宫」，简称新祖宫、新宫，後多以「新祖宫」作为庙名至今。

今日所见庙貌为民国44年（西元1955年）与民国63年（西元1974年）所形成，建筑格局由前至後依序为山门、庙埕、拜亭与正殿，庙埕龙边为两层楼水泥造之圣德楼，庙埕虎边为金炉与石碑。

鹿港新祖宫原称「新妈祖宫」，因新祖宫创建前鹿港已建有妈祖宫，即今日鹿港天后宫，於是新建的妈祖宫旧称新妈祖宫，简称新祖宫、新宫，而鹿港天后宫则称旧妈祖宫，简称旧祖宫、旧宫。

新祖宫的创建，源自於清乾隆51年（西元1786年）林爽文事件，乾隆52年（西元1787年）10月28日福康安（西元1754-1796年）率军自泉州府惠安的崇武澳出航渡台，29日抵达鹿港，随着大军展开大规模剿灭行动，於乾隆53年（西元1788年）2月平定林爽文事件。事件平息後，清朝官方决定在鹿港择一处宽敞处兴建妈祖庙，建庙工程由後补知县德明额（生卒年不详）负责，工程经费绝大部分是由官方拨款支付，不足之处则由董事林振嵩捐输，因为建庙动机、建庙经费皆与清朝官方有密切关系，因而鹿港新祖宫被尊奉为官建妈祖庙。

新祖宫在清朝乾隆52年（西元1787年）12月砌基竖梁，隔年工程竣工，迎请神像入庙安座。日治明治28年（西元1895年）日军将新祖宫作为仓库之用，战後新祖宫的庙貌更形颓败，民国44年（西元1955年）在周定山（西元1898年-1975年）主持下开始进行整修，拆除庙宇建筑将可用的木料、石雕全移作正殿使用。民国63年（西元1974年）将大殿主体结构以钢筋混凝土构造仿传统木造建筑，并在正殿前兴建钢筋混凝土的拜亭与相关附属设施。

新祖宫是乾隆年间由官方所创建，正门对联描写妈祖信仰与施琅（西元1621-1696年）、福康安的关系，这座清代由官方方出资兴建、祭祀的官庙，至今用於妈祖出巡的54付仪仗中，执事牌还写有「奉旨特察」与「文武官香」，都凸显了曾有的官庙色彩。

现今所见的建筑格局由前至後依序为山门、庙埕、拜亭与正殿，庙埕龙边为两层楼水泥造之圣德楼，庙埕虎边为金炉与石碑。正殿面宽七开间，明间神龛供奉主神天上圣母，镇殿妈祖神像是一尊软身神像，镇殿神像之前为开基妈祖，开基妈祖神像左侧供奉持日扇女官、捧印女官与顺风耳，右侧供奉持月扇女官、持剑女官与千里眼，千里眼与顺风耳神像作身着官服的扮相。

左次间神龛供奉三官大帝，右次间神龛供奉境主尊神与龙王尊神。鹿港地区庙宇凡是建醮等重要法会有迎请三官大帝的习俗，因而新祖宫供奉的三官大帝是在约民国40年代因应信徒迎请所需而设。次间通过弯光门可进入稍间，左稍间分别供奉分灵妈祖神像，左尽间供奉太岁星君神牌，右稍间供奉文昌帝君神像，右尽间供奉注生娘娘与两位婆姐神像。

新祖宫庙保存的文物有清咸丰元年（西元1851年）的石雕展耳马槽方炉，以及清乾隆53年（西元1788年）福康安献的「后德则天」匾、明治41年（西元1908年）辜显荣献的「表海扬休」匾，「表海扬休」匾记录了辜显荣向日本政府陈情将新祖宫归还鹿港的历史，年款的使用也反映了当时台湾人的认同情节。另外立於庙外的「敕建天后宫碑记」、「天后宫田产碑记」、「重修庙宇碑记」、「重修天後宫碑记」，石碑的历史横跨清乾隆至清道光，为新祖宫重要史料。

与新祖宫妈祖信仰有关的民俗活动中，规模最大的是鹿港同安寮地区的迎妈祖，每年妈祖圣诞前至鹿港新祖宫与天后宫迎请妈祖神像展开为期2日的遶境，彰化县政府在民国103年（西元2014年）公告「同安寮十二庄迎妈祖」为民俗。