依民国73年(西元1984年)2月22日颁行之文化资产保存法施行细则第68条综合评定之
台南水仙宫位於永乐市场与水仙宫市场内,被摊贩层层包围,庙址为旧时五条港的南势港,地控五条港枢纽,主祀职司水的水仙尊王,清代广受与航运有关的贸易商人所崇信。清乾隆6年(西元1741年)三郊(清代地区型商业公会组织)曾於宫内设置「三益堂」处理郊务。
水仙宫原有三川门、拜亭、大殿、後殿,获誉府城「七寺八庙」胜景之一,後历经清代与日治大正6年(西元1917年)等几次修建,至日治昭和16年(西元1941年)拆除後殿、中殿,民国43年(西元1954年)再修缮仅存的三川门,始成今日样貌。
水仙宫主体建筑的平面布局属两落之建筑格局,三川门与正殿间无廊道与内埕,室内形成连贯性空间,庙内仅设置一座神龛,龛内供奉「一帝二王二大夫」的五尊水仙尊王。
水仙宫主祀水仙尊王,为职司水的水神,广受航运贸易商人、船员、渔夫所信奉。关於水仙宫创建的年代,依据文献有三种说法,分别是清康熙42年(西元1703年)、清康熙54年(西元1715年)、清康熙57年(西元1718年)。
初建时为一座小庙,位在西定坊南势港尽头。清康熙54年(西元1715年)商人歛金出资扩建,历时三年竣工,庙宇建筑规模宏伟,在《台湾县志》里曾被誉为「华丽甲於诸庙」。清乾隆6年(西元1741年)陈逢春(生卒年不详)等人出资重建,乾隆30年(西元1765年)北郊绅商倡修,此时庙前港道已经淤积,知府蒋允焄(生卒年不详)下令填平为庙埕。後来三郊以水仙宫为总部,清嘉庆元年(西元1796年)、清光绪3年(西元1877年)、日治大正6年(西元1917年)水仙宫的修建纪录皆是由三郊绅商倡修。
水仙宫曾为三郊总部,清乾隆6年(西元1741年)三郊於水仙宫内设置「三益堂」处理郊务,三益堂是三郊会馆之名。三郊分指北郊苏万利、南郊金永顺、糖郊李胜兴,北郊苏万利与南郊金永顺分别是指与中国北方、南方城市从事贸易的商业公会,糖郊李胜兴则是指从事糖制品贸易的商业公会。郊又称行郊、郊行,指的是清代商业公会,是由同一地区贸易之商贾,或经营同一行业之商户,或相同籍贯的商户,结合同业共同成立商业同业团体组织,参与郊行的商户则称为郊商。
日治昭和16年(西元1941年)拆除後殿、中殿作为防空用地,今日水仙宫之样貌为民国43年(西元1954年)以仅存的三川门加以修缮,其後墙垣风化、梁栋倾斜,乃在民国77年(西元1988年)进行重修,民国104年(西元2015年)台南市政府启动「直辖市定古蹟台南水仙宫修复工程」,於民国107年(西元2018年)正式完工。
台南俗谚:「上帝庙坅墘,水仙宫檐前」,意指上帝庙(台南北极殿)的庙埁比水仙宫的屋檐还高,这是因为台南水仙宫地处府城城墙外西侧,创建时仅是一座滨海的小庙,庙址一带是地形变迁和海岸线西移所形成的陆地,相较於上帝庙而言,水仙宫的地势较低。
清乾隆6年(西元1741年)修建的水仙宫有三川门、拜亭、大殿、後殿。今日水仙宫主体建筑的平面布局属於两落之建筑格局,两落即三川门与正殿,三川门与正殿间并无设置廊道与内埕,这种空间组构为正殿紧落於三川殿之後,三川门与正殿的栋架虽为各自独立的系统,但之间以劄牵梁相互连系,形成连贯性的空间,因深度过深使得内部呈现出幽暗的空间感。
水仙宫的结构墙体均采砖石造,建筑构造为擡梁式构造及硬山搁檩承重墙系统混合,外檐装修将三川门分为向外的前檐廊与向後的後檐廊,前檐柱为龙柱,前後檐廊的进深约略相等。立面采用板门与隔扇的组合,板门无绘画门神,而是每扇板门各有门钉108颗,取9的倍数代表威仪与崇敬。三川门全部进深共7架,屋顶采双坡水硬山单檐翘脊式屋顶,屋顶铺设筒板瓦,三川门的後屋坡与正殿的前屋坡之间设置天沟。
水仙宫的地坪由庙埕往後逐步抬高,正殿地坪又较三川门高,呈现以正殿为尊的空间位序。建筑以分金线为中轴线,左右对称配置,面宽三开间,正殿前後用3柱,中央点金柱栋架架内采三通四瓜叠斗式,全部进深共9架,屋顶采双坡水硬山单檐翘脊式屋顶,屋顶铺设素烧筒板瓦。
正殿的内檐装修最主要是表现在供奉神像的神龛与牌楼看架,神龛位於後点金柱之间,中间以抱柱分隔成中间是花罩,两侧是格扇,神龛内塑造3尊尺寸巨大的神像,中间是水仙尊王,两旁是侍者,这尊巨大的镇殿水仙尊王为大夏圣帝,镇殿神像前面供奉5尊水仙尊王,分别是大夏圣帝大禹(西元前2123-2055年)、白盟尊王寒奡(生卒年不详)、西楚尊王项羽(西元前232-202年)、伍盟大夫伍子胥(西元前?-484年)、三闾大夫屈原(生卒年不详),这五位水仙尊王的组合也就是台湾民间信仰所谓的一帝二王二大夫。
水仙宫为三川门与正殿的两落建筑,因深度过深使得内部呈现出幽暗的空间感。
水仙宫镇殿水仙尊王为大夏圣帝,因而水仙宫又名为「大禹庙」。
镶嵌于庙壁的「水仙宫清界勒石记」,记载清乾隆30年(公元1765年)水仙宫的建筑规模。