依「文化资产保存法」27条，确认其有具历史、文化、艺术价值及保存价值，指定为国定古迹。
鄞山寺创建于清道光2年(公元1822年)，奉祀定光古佛。定光古佛俗名郑自严(924-1015)，相传为五代宋初时的1名高僧，年82岁圆寂。出家后，曾到过江西省、福建省西边等地，且为当地除蛟患(蛟为传说中能发洪水，像龙一类的动物)、收猛虎。逝世之后，汀州城遭贼寇围攻，相传他显灵退敌，于是朝廷赐匾，将庵寺命名为定光院，他被尊为定光佛，成为闽西汀州人的守护神。定光佛受到闽西客家人的普遍崇拜，与两宋时期皇帝的屡次加封密切相关，也与其生平事迹和灵验故事有直接关系。
清朝嘉庆、道光之后(公元1796-1850年)，台北地区的汀州移民增多，因为接应同乡的需要，而有建会馆及守护庙之议。道光2年(公元1822年)时，鄞山寺由汀州人张鸣岗(生卒年不详)等捐建，罗可斌(生卒年不详)捐献田地，作为鄞山寺的经费。
鄞山寺的正殿、前殿与两廊可能在道光3年(公元1823年)兴工，至道光4年(公元1824年)完成。建成后，鄞山寺一方面是移民的信仰中心，另一方面也作为汀州会馆，提供同乡外出谋生或考试的暂居之所。
道光23年(公元1843年)时，抽换了正殿的点金柱和付点柱。鄞山寺正殿供奉定光古佛，左右两边神龛祀观音和福德正神，是在道光30年(公元1850年)和咸丰8年(公元1858年)分别添设上去的。鄞山寺的左边护室内，则祀建庙有功的先贤牌位。
鄞山寺建庙初期，随着庙产规模日益扩大，有关庙产管理的权益问题也逐渐显露。同治11年(公元1872年)时，发生争控案，争控的焦点是庙产问题，最后虽由官府裁示，立碑严禁，保护庙产，但仍没有解决。至光绪18年(公元1892年)，渡往台北的汀州人甚多，有关利益上的纠纷也屡屡发生，鄞山寺董事等人又一次向官府禀告，要求示禁。鄞山寺从建庙初期到清末，其庙产的管理经历了一系列演变过程，从建庙初期由渡台信众共建庙宇，转为在台北的汀州人进行管理
到了日治时期，汀州人来台数量渐减，鄞山寺的会馆功能也逐渐转淡。二次世界大战后，鄞山寺成立管理委员会，管理寺产及祭祀事务。民国55年(公元1966年)时，鄞山寺的木结构曾聘工匠重新涂刷油漆与彩绘。民国74年(公元1985年)，鄞山寺经内政部公告为2级古迹。民国80年(公元1991年)，进行修护工程，于来年(公元1992年)年底竣工。
台湾清代定光佛寺有2座，一为位于彰化市的定光庵，另1座便是淡水鄞山寺。清代淡水市街早期所成立的庙宇，主要考量的是保护渔民、船户的航行安全，后随着移民日增，为凝聚群体向心力，以祖籍乡土神为主祀神的寺庙相继成立。鄞山寺不但是汀州移民的心灵寄托，同时也兼具汀州会馆的功能。且鄞山寺初建后，少有变动，连较难保存的屋脊泥塑，都还是道光原物，大体完整保存了道光初年的原貌，是全台完整仅存的定光佛寺。鄞山寺不仅左证了汀州人来台开垦的事实，在台湾建筑史上，也为道光时期的代表作。
鄞山寺座东朝西，以大屯山为靠背，面朝淡水河口，传说地理风水上为蛤蟆穴，寺前的半月形水池，被称为蛤蟆的嘴巴，寺后的两口水井则被喻为蛤蟆的双眼。鄞山寺地形前低后高，其正殿台基较中庭高出80公分，显出正殿之高耸庄严，正殿前置御路，上面不做任何雕饰，颇为简洁，具佛寺之清修精神。寺前有半月池，寺后以石块堆砌成弧形之坡坎，从空中看整体配置，构成1个椭圆形。此一前低后高、左右对称，并隐约形成圆形界线的平面格局，与台湾一般常见的闽式建筑大异其趣，更显示出闽西永定地区民宅的特色。鄞山寺的建筑平面是将三川殿、正殿、两廊皆收纳在1组平行的山墙内，山墙外两侧各有长形厢房左右夹护，前后各有出入口，中间又以过水廊与中轴的正殿空间连结，此平面在中国大陆南方的合院建筑中用得很广，几乎是民宅和家庙的典型平面。鄞山寺的两侧护室，因为兼做会馆之用，平面格局较为特殊，是由3组一堂二室和其他房间所组成。
鄞山寺中有着与定光佛有关的装饰，如三川前廊下对看堵的泥塑，通常一般台湾寺庙的龙墙虎壁，较少配上人物，但此左墙有1和尚手中抓珠戏龙，右墙则是浮塑1只大老虎，蹲踞在1手持玉环的和尚旁边，令人想起定光和尚除蛟、伏虎等故事。
在鄞山寺用柱的系统里，圆柱最高级，再来是八角柱，接下来才是四角柱。当中正殿龙柱下的八角柱珠最精美，各面浮雕花草及暗八仙，顶面如意纹。其下的磉石凸起覆莲，亦为少见之作法。
由于罗可斌兄弟的贡献，鄞山寺有较好的物质基础，因此他们也一直被视为鄞山寺的有功先贤受到后人纪念。在1990年代以前，鄞山寺左侧有罗可斌兄弟之墓，后来迁到庙侧右方，另建了墓塔，并在上面加盖1座罗公亭。
柱子的截面形式以圆形为主，此外，尚有八角形、方形等各种。在鄞山寺用柱的系统里，三川殿用圆柱，正殿用八角柱，两廊用方柱。
在龙柱上方内侧的横梁上，可以看到「狮座」。它的作用是承扥拱或小斗等构件，使屋顶的重量传递到屋墙或柱子上。
鄞山寺地形前低后高，其正殿台基较中庭高出80公分，显出正殿之高耸庄严，正殿前置御路，上面不做任何雕饰，颇为简洁，具佛寺之清修精神。