依「文化资产保存法」,确认其有具历史、文化、艺术价值及具其他古迹价值,由台北市政府指定为直辖市定古迹。
艋舺清水岩祖师庙俗称祖师庙,奉祀清水祖师陈昭应,庙中神像为福建安溪移民自福建原籍的清水本岩分灵而来。安溪移民们公推翁有来(生卒年不详)为董事,募得30,000银元,于清乾隆52年(公元1787年)起造庙宇,乾隆55年(公元1790年)落成。
嘉庆22年(公元1817年)6月,艋舺清水岩受强烈风雨侵袭而庙宇有毁损,信众中的闻人翁有来于是又向乡人募捐5,000银元重修。此次重修后一直维持到咸丰3年(公元1853年),祖师庙于「顶下郊拼」时毁于战火。
清代当时艋舺地区主要为泉州移民,又分为泉州府三邑人(晋江、惠安、南安3地)、同安人、安溪人。分别以艋舺龙山寺、一同安商户家中霞海城隍、艋舺清水岩祖师庙为中心聚集居住。三邑人聚集之处称顶郊;同安人聚居之地称下郊。安溪人居住处在二者之间。艋舺因淡水河运之便利逐渐发展、繁荣。三邑人与同安人之间由于码头商船课税、道路辟建、巡更等利益冲突,信仰又不相同,摩擦越来越多,嫌隙越来越深。清咸丰3年(公元1853年)8月,在历史、商业、信仰上积怨已久三邑与同安人终于爆发冲突,演变为后称为「顶下郊拼」的流血械斗。在相争之中,顶郊的三邑人烧毁介于两者之间的艋舺清水岩祖师庙。
此次械斗事件以同安人聚落的房屋被烧毁、幸存的同安人往北迁徙收场。三邑人势力更加庞大。逢此浩劫祖师庙庙方只好自力向安溪移民募款重建。至同治6年(公元1867年)方重建完成。祖师庙原有三殿,现只余两殿,在顶下郊拼斗时烧毁的后殿迄今未重建。
清水祖师为安溪人的守护神,早期台北盆地周围田地多为安溪移民所开拓。关于清水祖师传说甚多,据说每逢天灾巨变前,其神像鼻子便会掉落以作为警告,因此又有「落鼻祖师」尊称。这样鼻子掉落的神迹据说在艋舺清水岩祖师庙屡次出现,而且从以前一直延续至现代。在中国大陆福建安溪祖庙,只有记载神像鼻子曾被刀割断后人们取而黏回,并无相关神迹显灵记录,因此推测此「落鼻示警」为台湾的清水祖师信仰独有,且由艋舺祖师庙开始的。
清末中法战争,法军侵犯淡水,台北情势危急,民间传说是因为迎请清水祖师助阵,才使法军方败于淡水,因此香火更加兴盛。不过淡水信徒却认为神像原属于淡水,是后来才寄放在艋舺的。由于有艋舺、淡水两派信徒纷争,传说从此时才开始祖师神像由艋舺与淡水轮流供奉的协议,单月供奉于艋舺而双月供奉于淡水。于日治时期,甚至产生淡水祖师庙与艋舺祖师庙两方信徒争抢落鼻祖师神像,而对簿公堂的情况。当时的纪录显示,双方各奉祀该尊神像半年,而在大正年间,淡水的信徒一方同意该尊神像长久安置于艋舺祖师庙。不过,依祖师庙所提供的同治年间史料,可以发现同治6年(公元1867年),有奉祀人刘存(生卒年不详)等人捐助佛银贰百大圆,想要协助遭火灾的艋舺祖师庙进行重建工程,并提及「祖师公艋淡一体」。这显示同治时期淡水、艋舺祖师公即为2地轮流奉祀,而非因光绪年间中法战争才将祖师公迎往淡水助阵。
艋舺清水岩在日治初期的明治29年(公元1896年)被台湾总督府充做为总督府国语学校的附属学校,台北州立第二高级中学后来也在大正11年(公元1922年)于清水岩址草创,即今成功中学前身,在教育史上亦有重大意义。
经历战乱、械斗、艋舺清水岩祖师庙在此见证了台北地区的族群融合与历史发展,穿越时代的风雨,至今依然为艋舺地区泉州安溪人的信仰中心。近年庙内也进行整修,以保存维护这座深富历史价值之古迹。
艋舺清水岩祖师庙为1座受道教、台湾民间信仰影响极多的佛教庙宇。除主祀宋代高僧清水祖师外,并配祀天上圣母妈祖、关帝君、文昌君、地藏菩萨、魁星及福德正神等众神祇,与艋舺龙山寺和大龙峒保安宫合称为台北三大庙门。
清水岩庙体座东朝西,原有三殿但后殿已倒塌,现存为两进两廊两护龙的建筑形制,同时中轴主体建筑面宽三间,因此此种形式又称为「七包三」。两殿间以左右廊相连共同围住中庭,两侧护龙与中轴建筑以过水廊相接,为台湾中型寺庙典型格局。现存各殿栋架都是同治6年(公元1867年)重建时所奠定,大木构造都有保存下来,唯曾经多次重新油漆彩绘。三川殿为两坡「硬山式」属厅堂结构形式,坡度相较其他同年代之古建筑来得缓,两廊栋架为卷棚式,同一般台湾清代寺庙作法。建筑艺术方面,前殿为廖石成(1899- 1984)所建,采「二通三瓜」的栋架,檐口下的木雕由知名木匠黄龟理(1903-1995)执刀;正殿是由郭塔(生卒年不详)所设计,正殿大木作采三通五瓜,雀替雕飞鱼,拜殿两边栋架各有1对狮座,山墙有螃蟹座,称为「二甲传胪」,即求取功名之意。彩绘主要是由洪宝真(1898-?)所绘制,亦有部分彩绘出自台南绘师陈玉峰(1900-1964)之手。交趾陶是名匠师陈天乞(1906-1990)的作品,前殿脊上以「双龙抢珠」剪黏装饰,西施缝装饰「琴、棋、书、画」剪黏,脊肚则装饰「八仙座骑」。入口檐廊四处都刻有丰富的石雕,上面皆保有嘉庆及同治年间的落款。庙埕原应为开阔广场,遭违建长期占用,仅留1条狭长通道,尽管如此,建筑整体仍呈现清代中叶台湾庙宇浑厚朴拙特色与艺术水平,是台北唯一能够保存咸丰、同治年间建筑原貌迄今者。
中法战争为清末少有成功击退外敌的战役,关于这个战役,当时台北盆地人口聚集的艋舺地区两大庙宇,艋舺龙山寺与艋舺清水岩祖师庙,都有相关保佑战事顺利的事迹流传后世。正殿所悬挂的「功资拯济」匾额,正点明了这个事迹。这个匾额是清德宗光绪10年(公元1884年)因清法战争淡水传出胜利的消息,皇帝所御笔赐予的。之后建成的淡水祖师庙,正殿也挂有「功资拯济」匾额的复制品。直至今日,清水祖师的神像,仍然持续着农历单月奉祀于艋舺祖师庙、双月奉祀于淡水祖师庙的方式,每月轮流。
另外,重要庆典方面,艋舺清水岩祖师庙身为台湾北部三大祖师庙之一(另有淡水祖师庙与三峡祖师庙),不同于福建安溪的祖师公信仰的,就是祖师公每年皆安排定期出巡,且进驻民间。在出巡之时所在地的聚落出尽表演艺阵游街,家户摆设香案拜拜。这种盛况也是在台湾的清水祖师信仰群体间独有。因艋舺清水岩祖师庙与淡水祖师庙所供奉的祖师神像为同一尊,而淡水祖师庙固定于农历5月举行绕境出巡,因此农历5月神像仍会留在淡水庙中。
正殿所悬挂的「功资拯济」匾额,是因清法战争时迎请清水祖师助阵,最终淡水传出胜利的消息后,皇帝所御笔赐予的。
艋舺清水岩祖师现存为三开间两进两廊两护龙的建筑形制,又称为「七包三」。两殿间以左右廊相连共同围住中庭,两侧护龙与中轴建筑以过水廊相接,为台湾中型寺庙典型格局。
关于所祭祀之清水祖师传说甚多,根据文献记载,清水祖师又称麻章上人、蓬莱祖师、乌面祖师、落鼻祖师、清水真人和昭应大师。