依「文化資產保存法」，確認其有具歷史、文化、藝術價值及保存價值。
咸豐11年(公元1861年)，西班牙道明會士郭德剛(Rev. Fernando Sainz，1832-1895)神父偕傳道師卓享昭(生卒年不詳)與教友篤哥(生卒年不詳)先生，自高雄跋涉60餘公里至萬金，並在萬金建立據點展開傳教工作。同治2年(公元1863年)神父於當地建立第1座教堂，但由於受到地震損害與異教徒縱火焚毀，因此神父於同治8年(公元1869年)增購週邊樹林地重建教堂，並於隔年建成。
萬金地區在清代屬於漢番界線的模糊地帶，當地除了有為數不少的平埔族群居住，亦有福佬、客家移民的移民開墾，由於該地也屬於清廷權力難以鞭及的邊陲地帶，不同人群之間因為生存空間所引發的競爭與衝突相當頻繁，這也導致當地居民常常面臨土地流失、物質缺乏的危機。
天主教傳入萬金的初期，致力於改善當地居民的生活狀況，天主教會在萬金購買了許多土地，便宜地租給教友信徒耕作。天主教會陸續成立了「聖母會」、「互助會」等組織，除了幫助村里子弟升學外，也協助婚喪喜慶事宜。這不但吸引了許多當地居民皈依天主教，也接納了許多外來的人群信奉天主教。根據教會的教友領洗資料，同治1年(公元1862年)至光緒26年公元1900年共有1,142人在萬金皈依了天主教，萬金本地人有753人，外來者有389人。
然而，天主教傳入萬金當地的初期，卻也不斷地受到異教徒與客家人的攻擊，教會信徒與非教會信徒之間的衝突不斷，阻礙了萬金天主教的發展與傳教工作。但進入日治時期之後，由於殖民當局嚴格禁止地方上的人群衝突，這使萬金天主教得以順利地向外發展，歷經百年來的持續發展，除了萬金本地的居民大多信奉天主教之外，鄰近的赤山、佳佐等村也都累積了不少皈依天主的信徒，萬金村與鄰近幾個村落共同構成1個更大的、區域性的「萬金堂區」，每逢週期性舉行的聖事彌撒時，堂區內的教友便會集合起來共行聖禮。萬金堂區是今日臺灣天主教單一堂區最多的教友人口，以教堂為中心而運作的「教友村」型態，使得教堂與信徒在宗教、歷史、經濟和日常生活等方面的連結都有著緊密的依存關係。
民國73年(公元1984年)，教宗若望保祿二世(Pope John Paul II, 1920-2005)敕封萬金天主堂為「聖殿」(天主教會中列屬第1等級之教堂)後，教堂中央的牆面上旋加飾有「萬金聖母聖殿」之字。民國74年(公元1985年)，屏東縣政府指定萬金聖母聖殿為縣定古蹟，萬金聖母聖殿不但是臺灣的首座天主教「聖殿」，亦是臺灣現存最古老的教堂建築。由於萬金聖母聖殿在建築外觀採用了大量的西方中世紀建築元素，建築風格充滿異國情調，因此今日除了有臺灣各地天主教信徒與教友的朝聖活動之外，也常會吸引了許多非天主教信徒的觀光客前來參觀，這使得萬金聖母聖殿成為今日屏東平原沿山地帶的地標之一。
萬金聖母聖殿位於屏東縣萬巒鄉萬金村，是1座建立已超過百年的天主教教堂。西班牙道明會士郭德剛神父於咸豐11年(公元1861年)進入屏東沿山地區傳教，同治2年(公元1863年)於當地建立第1座教堂，但由於同治5年(公元1866年)教堂受到地震損害與異教徒縱火焚毀，因此同治8年(公元1869)年神父增購週邊樹林地重建教堂，共費時1年建成，於同治9年(公元1870年)12月8日舉行開堂大典，新堂建築型式是屬巴西利卡式的禮拜堂，並奉「聖母瑪利亞」為教堂的「主保聖人」(意指教堂的保護者與指導者)。
晚清之欽差大臣沈葆楨(1820-1879)曾因巡視臺灣南部開山工事而途經萬金，他目睹萬金村民在篤信天主教後頗有風行草偃、民情敦厚之裨益，遂發覺源自西方之天主教不無消除種族歧視、教化趨善之良旨，便奏請朝廷冊封該堂。清廷准奏並諭令沈葆禎鐫刻「奉旨」及「天主堂」花崗石各1塊，於光緒元年(公元1875年)鑲嵌於教堂正面。民國30年(公元1941年)太平洋戰爭爆發之後，陸續有日軍強行徵收教堂作為陸軍指揮部麾下之指揮所，並在四周竹叢灌木林中構築散兵坑、彈藥庫、糧倉和各種防禦陣地，這段期間神父只得到教友家中獻祭祈禱，一直到戰後始回復正常。民國49年(公元1960年)，主事之齊利諾神父向教友籌募捐獻修葺堂頂，並進行大規模之內部重建，除了保留原建築體的基礎結構與外牆，其餘部份皆悉告重建，如整棟聖堂內部的木質結構皆更換為鋼筋混泥土架構，中殿後方加建環形殿構造、通廊之後加建壁龕等，今所見之天主堂形貌即為當時所建。
萬金天主堂的造型構成，基本上是1種正面雙塔式的小型教堂的模式，整座教堂可以視為由西正面、中央禮拜堂及東面環形殿3個造型所構成，雙塔式的教堂在西方中世紀時是一種相當流行的造型，例如巴黎聖母院、雷姆大教堂及林肯大教堂都是這一類的例子，南面角塔之頂砌建而成的鐘樓建築造型則蘊涵文藝復興風格。萬金聖母聖殿在建築外觀展現上雖然採用了大量西方中世紀的宗教建築元素，但堂內的擺設與裝飾上卻融入了漢人的文化元素，如西側正面中央之馬背山牆與「奉旨」花崗石牌、「天主堂」花崗石門匾，以及室內柱列對聯與天花彩飾古典中式圖案等，皆是該教堂本土化之風格表現，與天主教的融合為聖母聖殿的特色之一。萬金聖母聖殿是屬於巴西利卡式的天主教堂規制，前方入口兩側各有外凸的角塔，整座堂宇空間是由柱列分隔初中殿及通廊兩部份，中殿的寬度約為通廊之兩倍，聖壇後面則以牆壁隔出1個環形殿，擺置有1具聖龕，聖龕中央拱圈內部為聖杯及聖鴿圖案，上為王冠飾狀，兩側為螺旋狀柱，柱上鑿有天使共同捧抬王冠之形貌。雖然教壇聖龕上的雕刻內容屬於教會經書內容，但在雕刻手法上卻帶有漢人文化的傳統色彩，再加上兩側樑柱上貼有對聯，更加突顯了天主教會與在地文化相互交流後的建築特色。
萬金聖母聖殿是屬於巴西利卡式的天主教堂規制，前方入口兩側各有外凸的角塔，整座堂宇空間是由柱列分隔初中殿及通廊兩部份，中殿的寬度約為通廊之兩倍。
聖壇後面則以牆壁隔出1個環形殿，擺置有1具聖龕，聖龕中央拱圈內部為聖杯及聖鴿圖案，上為王冠飾狀，兩側為螺旋狀柱，柱上鑿有天使共同捧抬王冠之形貌。