依中華民國73年2月22日頒行之文化資產保存法綜合評定之具歷史、文化、藝術價值。
公元1872年,馬偕牧師、醫師(George Leslie Mackay,漢名又稱偕叡理,1844-1901)初抵淡水,開始沿淡水河傳教。馬偕最初一面步行巡迴佈道,一面教導學生,以路邊、樹下、溪旁、客棧、民家或地方的禮拜堂作為臨時的講堂傳講耶穌。明治9年(公元1876年)3月21日,馬偕在凱達格蘭族北投社設立了「北投教堂」,此地當時多為平埔族原住民。北投教堂早期的信徒,大部分是附近北投社的平埔族人,其歷任的長老多地方知名人士,如:林黑凸、潘水木、李德財等。日本學者伊能嘉矩(1867-1925)在公元1896年至1898年左右對平埔族「北投社」的訪問調查中多次提及北投社健壯的「頭目」林黑凸。會友中還有當年與與林黑凸爭「北投社』頭目落敗的潘朱山的兒子潘水生,而林黑凸的兒子林佛黎也同在北投教會。起初2人因為父輩的恩怨,不相往來。在教會會友勸說同是上帝子民應彼此相待如兄弟之下,兩造終於和好,蔚為佳話。
教堂原本建於「嘎嘮別」(今新北市八里鄉淡水河畔的挖仔尾),後來遷建於「番仔厝」(今北投區豐年里),馬偕過世之後,將其30多年來傳教的基業交棒給同樣出身於加拿大安大略省的傳教士吳威廉 (William Gauld,1861-1923),大正1年(公元1912年)由教友陳近(生卒年不詳)先生捐獻土地,將北投教會遷建於現址。教堂由吳威廉所設計建造,以紅磚與木屋架構建起,風格配置上接近英國鄉村的小教堂。北投教會設教歷史悠久,也成為長老教會往附近傳教的起始據點,後來陸續往鄰近地區開設錫安、清江、新北投等教會。
北投教堂在第二次世界大戰中,曾一度被日本政府徵收做為倉庫,在二次大戰後期,北投教會亦常是長老教會本宗的臺北神學院中的教授兼顧牧養的教會。直至民國35年(公元1946年)聘請林再添牧師(1902-1968)為北投教會第1任獨立堂會牧師,因信徒人數逐漸增多,教會建築稍做擴建。期間一度信徒群體曾經分殖,最後於民國101年(公元2012年)與原清江街的另一「北投教會」復合。
北投教堂也是臺北附近僅存的古老教堂之一。民國87年(公元1998年)3月10日,長老教會北投教堂由臺北市政會議正式通過為古蹟,並於同年3月25日公告。
現今教堂是由接替馬偕傳教事務的吳威廉牧師設計,吳威廉繼續馬偕的傳教,駐在臺灣32年,最後葬於淡水淡江中學的墓園中,可以說畢生菁華歲月都奉獻給臺灣。吳威廉牧師奠定了北部長老教會的組織制度,他以「合議」的精神開創北部教會的議會制度,成立「臺北長老中會」。除了制度上的建立,硬體建築上他更是20世紀初臺灣北部重要的教會建築師,日本治臺時期,曾敦聘他為鐵道局設計火車時刻表,後並擔任臺灣總督府的建築顧問。
吳威廉牧師在臺期間,由其設計的建築包括臺北馬偕醫院(公元1912年)、淡水淡江中學內的姑娘樓(公元1906年)及牧師樓(公元1909年)、淡水婦學堂(公元1910年)等近30座建築作品。
北投教堂屬於吳威廉牧師中期階段所設計的建築,比起其他時期作品,北投教堂顯得十分簡單。可能的因素一為當時的信徒為當地平埔族人,因為文化不同,採取較簡單親和的風格以融入其中;再則可能經費受限。北投教會座東朝西,正門面對中央南路,雖以今日標準看來街道狹小,但在百年前是北投的主要幹道。教會的平面為寬6.5公尺、深16.5公尺的長方形。大門入口突出1個寬3公尺,深2公尺的遮雨庇。入口上方的山牆,紅磚砌出弧形與三角形的組合式天際線。在每2個扶壁之間設有窗子,窗上的牆面有紅磚砌成的三角楣,設計簡單卻點出了西洋古典的風格。
教堂兩側為磚牆,可能因為明治42年(公元1909年)發生了震央於臺北、造成122人死亡的大地震,使吳威廉牧師於外牆上每隔3.5公尺就設計有突出支撐(稱為「扶壁」)結構,用來加強牆體,提高抗震性。
教堂外觀用水泥粉刷的橫帶與牆面上的紅磚形成紅白相間的外型,就像是英國維多利亞時期的鄉間民居。自街上望去,北投教會沒有十分明顯,像是平凡的街屋。這樣巧妙的設計,縮短與民眾的距離,讓教會不會遙不可及,充分展現親和力。
由於吳威廉牧師所設計的作品現大部分多已改建,北投教堂是目前尚存的代表作之一,也承載了教會與平埔族的互動,是臺灣近代宗教發展上的珍貴紀錄,也是北投歷史發展的重要見證。
入口上方的山牆,紅磚砌出弧形與三角形的組合式天際線。
北投教堂在每2個扶壁之間設有窗子,窗上的牆面有紅磚砌成的三角楣,設計簡單卻點出了西洋古典的風格。
北投教堂屬於吳威廉牧師中期階段所設計的建築,大門入口突出一個寬3公尺,深2公尺的遮雨庇。