依「文化资产保存法」，确认其有具历史、文化、艺术价值及保存价值。
咸丰11年(公元1861年)，西班牙道明会士郭德刚(Rev. Fernando Sainz，1832-1895)神父偕传道师卓享昭(生卒年不详)与教友笃哥(生卒年不详)先生，自高雄跋涉60余公里至万金，并在万金建立据点展开传教工作。同治2年(公元1863年)神父于当地建立第1座教堂，但由于受到地震损害与异教徒纵火焚毁，因此神父于同治8年(公元1869年)增购外围树林地重建教堂，并于来年建成。
万金地区在清代属于汉番界线的模糊地带，当地除了有为数不少的平埔族群居住，亦有福佬、客家移民的移民开垦，由于该地也属于清廷权力难以鞭及的边陲地带，不同人群之间因为生存空间所引发的竞争与冲突相当频繁，这也导致当地居民常常面临土地流失、物质缺乏的危机。
天主教传入万金的初期，致力于改善当地居民的生活状况，天主教会在万金购买了许多土地，便宜地租给教友信徒耕作。天主教会陆续成立了「圣母会」、「互助会」等组织，除了帮助村里子弟升学外，也协助婚丧喜庆事宜。这不但吸引了许多当地居民皈依天主教，也接纳了许多外来的人群信奉天主教。根据教会的教友领洗资料，同治1年(公元1862年)至光绪26年公元1900年共有1,142人在万金皈依了天主教，万金本地人有753人，外来者有389人。
然而，天主教传入万金当地的初期，却也不断地受到异教徒与客家人的攻击，教会信徒与非教会信徒之间的冲突不断，阻碍了万金天主教的发展与传教工作。但进入日治时期之后，由于殖民当局严格禁止地方上的人群冲突，这使万金天主教得以顺利地向外发展，历经百年来的持续发展，除了万金本地的居民大多信奉天主教之外，邻近的赤山、佳佐等村也都累积了不少皈依天主的信徒，万金村与邻近几个村落共同构成1个更大的、区域性的「万金堂区」，每逢周期性举行的圣事弥撒时，堂区内的教友便会集合起来共行圣礼。万金堂区是今日台湾天主教单一堂区最多的教友人口，以教堂为中心而运作的「教友村」型态，使得教堂与信徒在宗教、历史、经济和日常生活等方面的连结都有着紧密的依存关系。
民国73年(公元1984年)，教宗若望保禄二世(Pope John Paul II, 1920-2005)敕封万金天主堂为「圣殿」(天主教会中列属第1等级之教堂)后，教堂中央的墙面上旋加饰有「万金圣母圣殿」之字。民国74年(公元1985年)，屏东县政府指定万金圣母圣殿为县定古迹，万金圣母圣殿不但是台湾的首座天主教「圣殿」，亦是台湾现存最古老的教堂建筑。由于万金圣母圣殿在建筑外观采用了大量的西方中世纪建筑元素，建筑风格充满异国情调，因此今日除了有台湾各地天主教信徒与教友的朝圣活动之外，也常会吸引了许多非天主教信徒的观光客前来参观，这使得万金圣母圣殿成为今日屏东平原沿山地带的地标之一。
万金圣母圣殿位于屏东县万峦乡万金村，是1座建立已超过百年的天主教教堂。西班牙道明会士郭德刚神父于咸丰11年(公元1861年)进入屏东沿山地区传教，同治2年(公元1863年)于当地建立第1座教堂，但由于同治5年(公元1866年)教堂受到地震损害与异教徒纵火焚毁，因此同治8年(公元1869)年神父增购外围树林地重建教堂，共费时1年建成，于同治9年(公元1870年)12月8日举行开堂大典，新堂建筑型式是属巴西利卡式的礼拜堂，并奉「圣母玛利亚」为教堂的「主保圣人」(意指教堂的保护者与指导者)。
晚清之钦差大臣沈葆桢(1820-1879)曾因巡视台湾南部开山工事而途经万金，他目睹万金村民在笃信天主教后颇有风行草偃、民情敦厚之裨益，遂发觉源自西方之天主教不无消除种族歧视、教化趋善之良旨，便奏请朝廷册封该堂。清廷准奏并谕令沈葆祯镌刻「奉旨」及「天主堂」花岗石各1块，于光绪元年(公元1875年)镶嵌于教堂正面。民国30年(公元1941年)太平洋战争爆发之后，陆续有日军强行征收教堂作为陆军指挥部麾下之指挥所，并在四周竹丛灌木林中构筑散兵坑、弹药库、粮仓和各种防御阵地，这段期间神父只得到教友家中献祭祈祷，一直到战后始回复正常。民国49年(公元1960年)，主事之齐利诺神父向教友筹募捐献修葺堂顶，并进行大规模之内部重建，除了保留原建筑体的基础结构与外墙，其余部份皆悉告重建，如整栋圣堂内部的木质结构皆更换为钢筋混泥土架构，中殿后方加建环形殿构造、通廊之后加建壁龛等，今所见之天主堂形貌即为当时所建。
万金天主堂的造型构成，基本上是1种正面双塔式的小型教堂的模式，整座教堂可以视为由西正面、中央礼拜堂及东面环形殿3个造型所构成，双塔式的教堂在西方中世纪时是一种相当流行的造型，例如巴黎圣母院、雷姆大教堂及林肯大教堂都是这一类的例子，南面角塔之顶砌建而成的钟楼建筑造型则蕴涵文艺复兴风格。万金圣母圣殿在建筑外观展现上虽然采用了大量西方中世纪的宗教建筑元素，但堂内的摆设与装饰上却融入了汉人的文化元素，如西侧正面中央之马背山墙与「奉旨」花岗石牌、「天主堂」花岗石门匾，以及室内柱列对联与天花彩饰古典中式图案等，皆是该教堂本土化之风格表现，与天主教的融合为圣母圣殿的特色之一。万金圣母圣殿是属于巴西利卡式的天主教堂规制，前方入口两侧各有外凸的角塔，整座堂宇空间是由柱列分隔初中殿及通廊两部份，中殿的宽度约为通廊之两倍，圣坛后面则以墙壁隔出1个环形殿，摆置有1具圣龛，圣龛中央拱圈内部为圣杯及圣鸽图案，上为王冠饰状，两侧为螺旋状柱，柱上凿有天使共同捧抬王冠之形貌。虽然教坛圣龛上的雕刻内容属于教会经书内容，但在雕刻手法上却带有汉人文化的传统色彩，再加上两侧梁柱上贴有对联，更加突显了天主教会与在地文化相互交流后的建筑特色。
圣坛后面则以墙壁隔出1个环形殿，摆置有1具圣龛，圣龛中央拱圈内部为圣杯及圣鸽图案，上为王冠饰状，两侧为螺旋状柱，柱上凿有天使共同捧抬王冠之形貌。
万金圣母圣殿是属于巴西利卡式的天主教堂规制，前方入口两侧各有外凸的角塔，整座堂宇空间是由柱列分隔初中殿及通廊两部份，中殿的宽度约为通廊之两倍。