重檐歇山式の屋根を持つ伝統的な建築様式が採用され、主に大雄宝殿、左右の廂房、金母殿、西方境、尊勝陀羅尼塔などで構成されています。大雄宝殿、廂房、金母殿は屋根に金色の琉璃瓦、外壁に白のセメントが使用され、大雄宝殿の屋根の両側には6面の切妻があり、そこに彫刻された密教特有の十字金剛杵(揺るぎない堅固さの象徴で、三毒とあらゆる魔障を消し去る仏、菩薩、金剛の偉大な力を表す)は雷蔵寺の大きな特徴となっています。
雷蔵寺は主に大雄宝殿とその左右両側の廂房から構成されています。大雄宝殿は7階建てで、殿堂内の面積は500坪に達し、台湾で最も高い室内空間を有する廟殿として知られています。大殿内の最も重要な4本の柱「四点金柱」は須弥龍柱と呼ばれるもので、「請多念仏仏現前、請常持呪空行仙。坐禅観想証空性、諸善奉行濟世人。」という詩偈が刻まれています。床にはスペイン産のベージュ色の最上級玉皇石が敷かれ、周囲はブラジル産の花崗岩で建造された回廊に囲まれ、大殿の雄大な佇まいを際立たせています。殿内に祀られた阿弥陀仏、観世音菩薩、大勢至菩薩は金色で高さ32尺、文殊菩薩、普賢菩薩は高さ26尺、韋駄天菩薩、伽藍尊者は金色で高さ22尺、どれも非常に荘厳な雰囲気を醸し出しています。
大雄宝殿の下部は仏部、金剛部、蓮華部、城隍殿、財神殿に分けられ、蓮花童子、無極瑤池金母大天尊、五方五仏、真仏宗八大本尊、四大天王といった仏教、道教、密教などの神々が祀られ、左側には城隍菩薩、右側には紅財神が祀られています。
雷蔵寺の左側の斜面には高さ8メートルの密教の仏頂尊勝陀羅尼塔がそびえ立っています。外壁には「尊勝陀羅尼呪」が刻まれており、信徒は清い心をもって塔の周囲を回り、念仏や呪文を唱えることで、不幸を退けて幸福がもたらされると信じています。